2009, el Capitán Richard Phillips (Tom Hanks) navega a bordo del barco mercante norteamericano Maersk Alabama por el cuerno de África, durante dicha travesía una banda de piratas somalíes comandados por el Capitán Muse (Barkhad Abdi) aborda el barco mercante e intenta obtener un rescate al secuestrar al barco y su tripulación, por lo cual el Capitán Phillips trata de mantener al resto de los navegantes con vida ofreciéndose como moneda de cambio. Lo que aumenta la tensión entre ambos capitanes, Philliphs y Muse, ya que se verán enfrentados a fuerzas que escapan de su control.