James Cole viaja en el tiempo de 2043 a 2015 donde, junto a la viróloga Cassie Railly, tendrá que encontrar a una exagente de la NSA para detener una inminente plaga.

Jones  cree que una paciente en un psiquiátrico es la clave para encontrar al Ejército de los 12 Monos y envía a Cola al año 2015 para que investigue.

Cole interroga al colega de Cassie, el Dr. Henri Toussaint, la única persona además de Jennifer que conoce El Cuarto Oscuro y dónde se encuentra el virus.

Cole, Ramse y Jones luchas por salvar la máquina del tiempo cuando un  grupo de supervivientes, al que pertenecieron, invade su santuario.

Ramse está preocupado pro el comportamiento irreflexivo de Jones y Cola. No obstante, Cole viaja a 2015 para recabar datos sobre el Cuarto Oscuro.

Cole, atrapado en un bucle temporal, tiene que escapar de una realidad alternativa en 2043 y unirse a un reacio Aaron para evitar el asesinato de Cassie.

Cole, Cassie y Aaron emprenden una compleja misión para descubrir la conexión entre la CIA y la Operación Troya. El nivel de compromiso de Cassie se pondrá a prueba.

Frustados por la desaparición de Cole, Jones y Ramse urden un plan para poner en funcionamiento la máquina del tiempo. Mientras, en 2015, Cassie busca a Cole.

Todavía atrapado en 2017, Cole ve a Cassie en televisión hablando sobre los riesgos de la plaga. De vuelta en 2043, Jones ignora las teorías de Foster sobre la cura.

Ramse y Cole se ponen de acuerdo sobre cuál es la mejor forma de proteger a la humanidad. Cole vuelve a 2015 en busca del doctor que desarrolló el virus.

Tokio, corre el trascendental año 1987. Dos amigos enfrentados en una lucha que solo uno ganará. Esta victoria tendrá sus consecuencias: la propagación del virus.

Cuando un herido Cole acaba en 2015, Cassie y una joven Jones tendrán que idear un plan para lograr salvarlo.

Las decisiones de Cole ponen en peligro al ejército. Aparece un nuevo viajero del tiempo.