Sydney Bristow contempla perpleja al misterioso hombre cuya identidad no es otra que Irina Derevko, la madre de Sydney que fue dada por muerta hace más de veinte años bajo el alias de Laura Bristow. Aún no recuperada de la sorpresa, Syd es disparada en el hombro por su madre. A pesar de ello, consigue escapar y contactar con su padre, el cual consigue extraerla de Taiwán. Junto a padre e hija se encuentra Will, que aún no puede comprender el tipo de vida que llevan las personas a las que cree conocer. Pero Will no tiene tiempo de reflexionar sobre esos temas debido a que se encuentra en peligro mortal; su investigación sobre el SD-6 ha salido a la luz y ahora Sloane no parará hasta asesinarle. Sin embargo, Jack argumenta ante Sloane que matar al periodista disparará las especulaciones y dará más credibilidad a su historia. Sloane concede y deja que Jack se encargue del problema. De este modo, Jack inyecta drogas a Will y le sitúa en un fumadero, asegurando su detención en una redada policial premeditada. Como consecuencia, Will es condenado a realizar trabajos sociales y comparece ante las cámaras para asegurar que la historia del SD-6 fue producto de su imaginación y las drogas. Sloane envía a Sydney a Francia, donde ha de pinchar un teléfono de un cercano colaborador de Khasinau. El micrófono ha sido modificado por Weiss para que la CIA decida lo que deja escuchar o no al SD-6. En Francia, descubre un laboratorio lleno de cuerpos con los que Khasinau está experimentando y entre ellos encuentra a un moribundo Vaughn, al cual consigue salvar y ambos escapan con vida del lugar. El pinchazo del teléfono cumple su fin y la CIA organiza una misión a Barcelona donde va a tener lugar un intercambio de unos documentos conocidos como "La Biblia" cuyo conocimiento por parte de la CIA podría ayudar mucho a poner fin al grupo liderado por Irina. Se produce un cruce de disparos y Weiss es herido gravemente en el cuello. Sydney queda a merced de Khasinau. Cuando este está a punto de matarla, Irina dispara a Khasinau salvando a Sydney, coge la Biblia y huye diciendo a su hija "La verdad lleva tiempo". Días después, Irina entra por su propio pie en el edificio central de la CIA y se entrega voluntariamente...

Irina Derevko es puesta bajo custodia de un cuerpo especial de agentes de la CIA y el FBI comandados por Kendall. Sydney Bristow se encuentra muy dolida por todo lo que su madre ha hecho mientras que Jack Bristow advierte a Kendall de lo peligrosa que puede ser Irina. Michael Vaughn es el encargado de interrogarla y se establece un duro juego psicológico entre ambos. Sin embargo, Irina da una serie de datos al agente para ayudar en la misión que se le ha encomendado a Sydney. La misión, ordenada por Arvin Sloane, es recuperar un disquete en el que Irina guardaba información confidencial destinada a chantajear a varias personas. La Alianza sabe que Khasinau está muerto y cree que Irina se esconde en algún lugar. Sydney no sigue las pautas que su madre dio a Vaughn por temor a que sea una trampa y por ello su contramisión fracasa y la CIA es incapaz de copiar el disco que sí obtiene el SD-6. Al no haber obtenido el disquete, Sydney se ve obligada a reunirse con su madre para obtener la información que en él estaba contenida y ésta le informa de cuál iba a ser su próximo movimiento: chantajear al inventor de una cámara por satélite capaz de atravesar las paredes y cuyo destinatario era el Pentágono. La CIA ordena a Sydney recuperar la cámara antes que el SD-6, cosa que consigue. Sloane mata al inventor cuando éste le informa de que le han robado el aparato. De vuelta en Los Ángeles, Will se ofrece como ayudante a Francie para su restaurante y ésta accede. Mientras, Sydney deja claro a Irina que su relación será meramente profesional y que para ella, su madre está muerta.

Syney continúa luchando contra la realidad y sus sentimientos debido a la cada vez más estrecha relación que tiene con su madre. La CIA quiere extraer toda la información posible de Irina y ésta deja claro que sólo hablará con su hija. Jack tampoco lo está pasando bien y reconoce ante Barnett que tiene miedo de perder a Sydney. Finalmente, Jack visita a Irina en su celda y de nuevo esta se hace con la ventaja de la conversación, sobre todo cuando pregunta a su todavía marido si ha sido totalmente sincero con Sydney respecto a lo que le hizo cuando ella desapareció. Mientras todo eso sucede, Sydney ha de pinchar la cámara de Onda-T (vista en Confía en Mí) para el SD-6 ya que la que robó se trataba sólo de un prototipo y la verdadera, cuyo control caerá sobre el Sr. Sark (ahora jefe del grupo de Irina y Khasinau), va a ser lanzada al espacio. Sark no sólo ha heredado el grupo de Irina sino también sus fines que no son otros que obtener los artefactos Rambaldi. Gracias a la cámara de onda T, Sark (y el SD-6) pueden rastrear el planeta entero en su búsqueda. Por ello, Sydney ha de viajar a una cueva siberiana donde se encuentra una caja de música cuya melodía lleva codificada la ecuación la energía de consumo 0. Sloane confronta sus propios miedos cuando recibe una llamada anónima desde un lugar al que él y Emily tenían planeado viajar antes de que esta falleciera. Por otro lado, Will es sometido a una hipnosis regresiva con la intención de extraer toda la información posible que pueda recordar sobre el cautiverio al que Sark le sometió. No es una experiencia agradable pero Will es capaz de recordar con claridad varios alias de colaboradores. Con la ayuda de Irina, la CIA obtiene los nombres reales de estos alias. Ésta es la segunda colaboración importante de Irina y aprovechando la coyuntura, le dice a Sydney que desea una oportunidad para explicarse. Sydney viaja a Siberia para obtener la caja de música. Con un dispositivo graba la melodía y tras eso arroja un líquido corrosivo que destruye la caja evitando así que pueda caer en manos de Sark o del SD-6. Cuando Dixon y ella se disponen a huir con las manos vacías, son atacados por un comando de Sark. Matan a dos de los ayudantes de SD6. Dixon alerta a Sidney y cuando ella decide salir de la caerna de hielo, Sark le apunta con una pistola. Ella le da la caja y luego le tira un picahielos en el pie. Sidney empieza a correr hacia la salida. Sark dispara en el piso y se abre. Sidney cae en el agua helada. Cuando intenta salir, el piso se cierra sobre ella.

Sloane está preocupado por la extraña llamada de teléfono que recibió hace poco de modo que ordena a Dixon que investigue todo el asunto. Sydney le comunica que Sark huyó con la caja de música aunque no le serviría de nada porque estaba absolutamente destruida. Poco después, Sloane informa de que han recuperado los restos de la caja en un refugio de Sark en el que también estaba un hombre moribundo debido a un suero que el propio Sark le inyectó. El hombre era uno de los lacayos de Irina y se encargó de ocultar la Biblia, el documento que Irina obtuvo en Barcelona (Entra el Enemigo), aunque confeccionó un mapa para llegar a ella. El mapa se encuentra en una biblioteca militar rusa y allí ha de viajar Sydney a recuperarlo. Jack continúa obsesionado con la relación de su hija con Irina y le advierte a Sydney que lo que ella busca es una madre, cosa que Irina no será nunca para ella. Más tarde, Sydney asegura que lo único que quiere de Irina es obtener la suficiente información para destruir al SD-6 y abandonar para siempre el mundo del espionaje. Sin embargo, Irina continúa con su cruzada emocional y le dice a Sydney que le dirá donde encontrar el mapa a cambio de sus pendientes. La investigación de Dixon arroja algunas pruebas preocupantes. El agente se presenta ante Sloane con un recibo del 'bed and breakfast' californiano desde donde se hizo la llamada y la firma de éste no es otra que la de Emily. Estas noticias no impiden que Sloane continúe con sus manipulaciones. El jefe del SD-6 ha infiltrado a una agente en el grupo de rehabilitación al que Will se ve obligado a asistir y ésta le anima a que continúe con sus pesquisas sobre el SD-6. Will rechaza de todo punto tal cosa y se adhiere a su falsa historia de las drogas. Tal decisión le salva la vida, dado que Sloane considera probada la buena voluntad de Will. Sydney se cruza con Sark en Moscú, ambos intentando recuperar el mapa. Sydney es la ganadora pero en su enfrentamiento, Sark le propone a Sydney que se una a él y que ambos lleven los mandos de su grupo. Ella rechaza la oferta y Sark huye dejándola atrapada ante varios guardas rusos. Sydney llama a la CIA y obliga a Vaughn a hablar con su madre para que le ayude a escapar. Irina lo hace, salvando de nuevo a su hija. Irina descifra el mapa que apunta a Madagascar. Antes de que la CIA monte la misión de recuperación, Jack se asegura de llenar el lugar de explosivos sin saber que serán Syd y Vaughn los encargados de recuperar la Biblia. Antes de entrar, Jack advierte al equipo de la existencia de explosivos (naturalmente, conocía su posición) y evita la muerte de los agentes. Irina es transferida bajo fuerte custodia, acusada de facilitar deliberadamente información falsa y poner en peligro a sus agentes. Sydney reconoce ante Jack que él tenía razón y que nunca debió confiar en su madre.

Sydney testifica ante un tribunal de la CIA para confirmar que su padre le salvó la vida frente a la trampa de Irina. Tras el juicio, hija y padre se reconcilian respecto a la cuestión de Irina. Mientras en Viena, el contacto austríaco del SD-6 es asesinado después de informar al SD-6 del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney ha de viajar a Budapest para fotografiar las armas y obtener sus características. Jack es ahora el nuevo superior de Sydney y no Vaughn, y le encarga su contramisión. Jack informa a su hija de que Irina se enfrenta a la pena de muerte. Vaughn sugiere a Sydney la posibilidad de que fuera Jack quien orquestara toda la cuestión de los explosivos, comentario que pone furiosa a Sydney. Sin embargo, Vaughn confirma sus sospechas cuando localiza a Souza, la persona a la que Jack encargó el tema de los explosivos. Sydney descubre con horror que las armas de nueva generación no son otra cosa que niños a los cuales se les programa mediante sofisticadas técnicas y se les entrena como agentes mortales, según Sloane, y que son localizados mediante pruebas de inteligencia por toda Europa. Jack y Sloane discuten sobre el problema de Emily. Sloane está convencido de que la firma de Emily es una falsa dado que él fue el encargado de envenenarla, como le confiesa a Jack. Cuando más tarde Sloane sale de la ducha descubre una copa de vino sobre el lavabo del baño. Un análisis de la copa indica la existencia de un antídoto al veneno que Sloane administró a Emily y que, además, también es capaz de simular la muerte de una persona. El profesor de los niños arma es identificado como un antiguo psicólogo del KGB que ahora reside en Buenos Aires por lo que Sydney ha de viajar a Argentina para interrogarle, a pesar de la reticencia de Jack. Una vez allí, Sydney es atacada por el psicólogo y éste muere en la pelea. Sobre la mesa encuentra unas pruebas de razonamiento espacial que consigue descifrar en pocos segundos. Preocupada por este hecho, Sydney decide someterse a hipnosis regresiva, obteniendo una horrible visión de su pasado...

Sydney y Jack han de viajar como padre e hija de clase alta para infiltrarse en un hospital donde Sark está realizando experimentos con un virus mortal, el mismo con el que el cartógrafo de Irina (Entrega) estaba infectado. Jack le explica a Sydney que nunca la condicionó a ser espía sino que usó el Proyecto Navidad para darle protección en caso de que su entorno se volviera peligroso aunque Sloane se le adelantó y la reclutó para el SD-6. Sydney no se cree nada de lo que le dice su padre y cuando Irina se declara culpable de los cargos que se le imputan, escribe una carta al director de la CIA en la que afirma que su padre ha engañado a la agencia. Su padre se entera de la carta y le advierte a Sydney de que la decisión de Irina está fríamente calculada para apelar a la buena voluntad de Sydney. Devlin hace llamar a Vaughn y éste le explica que las pruebas de inteligencia soviéticas son muy similares a las estadounidenses, quizá porque Irina las pasara al KGB, y que podrían existir agentes latentes entre los niños norteamericanos. Como las pruebas no son concluyentes, Vaughn contrata a Will para que investigue todo el asunto. En el hospital, Sydney extrae sangre a uno de los enfermos el cual en su delirio llama Irina a Sydney. Jack se encara con Sydney y le dice que su madre infectó a sus propios agentes con el suero viral para usarlos como cobayas, ¿qué clase de persona haría tal cosa?. En Los Ángeles, Sloane cree ver a Emily paseando por la calle pero la pierde de vista. Junto a Jack llega a la conclusión de que, o bien Emily está viva o alguien de la Alianza quiere hacerle creer tal cosa. Jack le dice que todo es producto de su propia imaginación por el estrés pero cuando Sloane desentierra el ataúd de su esposa, lo encuentra vacío. Sydney y Vaughn son puestos en cuarentena debido a que el extraño artefacto Rambaldi de Taiwán (Casi Treinta Años) es en realidad el origen del extraño virus. Sydney da negativo a las pruebas aunque los resultados de Vaughn son poco concluyentes. A pesar de todo, poco después se le da permiso para abandonar la cuarentena. Pero quizá ese permiso sea un poco prematuro... Sydney observa por las pantallas el juicio a su madre y, tras la presentación de su carta como prueba, el senador Douglas, juez del caso, decide condenar a Jack a prisión y a Irina a la pena de muerte. Sydney, desesperada, ataca al senador y con argumentos falsos le conmina a deshacer el veredicto. El arriesgado farol funciona.

Vaughn acude desesperado a la única persona que le puede ayudar: Irina. Ésta le dice que le ayudará a cambio de que le confiese sus verdaderos sentimientos respecto a Sydney. Sydney es la encargada de viajar a Estonia para buscar el antídoto, al enterarse de la enfermedad de Vaughn. Por otro lado, Sydney le habla a Will del Proyecto Navidad después de que éste le comente que las pruebas psicotécnicas de 1982 son imposibles de localizar, lo cual hace sospechar que el proyecto siga en pie de algún modo. Cuando Will se hace con un test de 1982 se da cuenta de que faltan ciertos tipos de preguntas, aunque más tarde descubre que las pruebas fechadas en 1982 son en realidad de 1983. Cuando localiza a un secretario del Ministerio de Educación para obtener una prueba de 1982, se da cuenta de que hasta las copias oficiales carecen de las preguntas clave que Will está buscando. Sydney se expone ante sus enemigos cuando hace saltar una alarma conscientemente para obtener el vial de antitoxina necesaria para Vaughn. Es apresada por Sark y éste decide perdonarle la vida si colabora con él para apresar a Sloane. Sydney acepta. Sloane se encuentra en una reunión de la Alianza en Tokyo, tal y como le informa su padre, de modo que Sydney se dirige hacia allá para asesinar a su jefe en el SD-6. Cuando Syd completa su misión Sark facilita el antídoto a Jack. Pero Sloane no está muerto! sino que se encuentra sano y salvo en el SD-6 cuando Sydney regresa y no sólo eso sino que Sark ha sido reclutado por Sloane para colaborar con ellos. Todo ha sido una trampa de Sark para colarse en el SD-6. Sydney, destrozada, acude a la CIA y habla con Vaughn, que acaba de confesar sus verdaderos sentimientos a Irina. Cuando Syd se marcha, Vaughn está a punto de comentarle algo, pero se lo piensa mejor y deja que la agente se marche.

La relación entre Sydney y Sark, ahora que éste es parte del SD-6 es tensa, pero ambos acuerdan que exponer la condición de traidora de Sydney les traería problemas a ambos. Irina, a su vez, asegura a su hija que nunca le dijo a Sark que era una doble agente. La tensión se palpa en el ambiente y los agentes del SD-6 no confían en Sark, a pesar de la aparente excelente relación entre Sloane y el nuevo recluta. Irina solicita que la liberen de su confinamiento para acompañar a Sydney a su nueva misión encargada por el SD-6 pero la CIA rechaza su petición tajantemente. La misión consiste en recuperar una serie de claves de un grupo terrorista. Sloane y Sark acuerdan no revelar el uso de los códigos a Jack, ante el temor de que pueda influir negativamente en la actitud de su hija. La misión es un éxito. Sloane recibe una misteriosa llamada donde se le chantajea: o entrega los números de cuentas del SD-6 o saldrán a la luz pruebas donde se le hace responsable de la muerte de Emily. Will informa a Vaughn de los progresos de su investigación, pero es informado de que abandone la investigación a petición del director de la CIA ya que podría sacar a la luz ciertos elementos secretos sobre los que la CIA no quiere dar muchas explicaciones. Sin embargo, prosigue en privado su investigación y obtiene una lista con los mejores resultados para aquellos tests y se la facilita a Vaughn. En la CIA descubren que los códigos secretos que recuperó Sydney están relacionados con la secuencia de lanzamiento de seis cabezas nucleares y que Sark los ha enviado secretamente a otro grupo terrorista desconocido, cuya localización descubren que está en Cachemira. Sydney decide que su compañera en esta misión debe de ser su propia madre y la CIA autoriza tal plan, pero Jack decide unirse al equipo también para vigilar a Irina, a la cual pone un collar con explosivos que no vacilará en detonar si trata de escapar. La familia de espías unida... Tras un largo periplo hasta llegar a la India, la familia Bristow caen en una emboscada por parte de los terroristas a los que persiguen, pero logran zafarse gracias a la estrecha colaboración entre los tres. Perdidos en medio de la India, deciden ponerse en camino hasta llegar a un refugio de la CIA...

Los Bristow consiguen llegar hasta el pequeño pueblo donde se encuentra el contacto de Jack. Allí pueden hablar con la CIA pero ésta no va a mandar ningún equipo de rescate puesto que eso podría alertar a los pakistaníes. La CIA les encarga recuperar las cabezas nucleares, que están listas para su pronta detonación. Irina tiene un plan para infiltrarse en la base, aunque Jack no confía en ella. No obstante, tras salvarle la vida en una emboscada, Irina demuestra de nuevo que no va a traicionarles. Sloane recibe una misteriosa llamada donde le informan de que si no paga una enorme cantidad, harán saber a la Alianza que su mujer sigue viva. Sloane decide ir a hablar con la Alianza y les sugiere cooperar para poder atrapar así al chantajista. De ese modo, marcan los billetes con un trazador y efectúan la entrega pero a los pocos segundos de separarse del dinero, el trazador deja de ser efectivo: los chantajistas han huido con el dinero. En Pakistán, Irina sugiere una línea de acción que la separaría del grupo. Los tres acceden y cuando Jack y Sydney entran en el laboratorio, las armas han desaparecido e Irina aparece, junto a Cuvee, al jefe de los terroristas, y encarcela a Jack y Syd. Cuvee revela que fue él quien dio la misión a Irina para que se casara con un oficial de la CIA. Cuando sale de la habitación, Irina les dice que está actuando, les da las llaves de sus esposas y se marcha. Kendall les ordena que abandonen el laboratorio debido al inminente ataque indio. Vaughn aparece con un helicóptero segundos antes del ataque aéreo y puede extraerlos a los tres. En los Ángeles, Irina le cuenta a su hija que el disparo que le dio en Taipéi fue debido sólo a que Khasinau estaba escuchando la conversación y que de ello dependía de si seguía confiando en ella o no. Sydney decide creerla. Cuando vuelve a su celda, Irina se encuentra con una agradable sorpresa: una almohada y sábanas, como recompensa por su colaboración en la misión.

Sydney le cuenta Will que Devlin estaría dispuesto a dejarle continuar su investigación si pasara una prueba de evaluación psicológica. Irina intenta explicarle a Syd por qué trabajó con la KGB y que se considera una idiota por haber abandonado a su hija. Sloane amenaza a Sark con la tortura, inquiriendo sobre su lealtad después de la misión fracasada en Cachemira. Sark declara su lealtad a Sloane y sugiere que el escape de información pudiera haber venido de dentro del SD-6. Sloane organiza una misión para Sydney y Sark. Han de recuperar el sistema del satélite Echelon de la Agencia de Seguridad Nacional, que filtra transmisiones e indica amenazas a la seguridad nacional. Sark informa que el grupo de Cuvee está en la posesión de un terminal de acceso al satélite y lo está transportando desde su posición parisina mediante un transporte terrestre armado. Su misión es robar el terminal y devolverlo al SD-6. En la CIA, Vaughn da la contramisión a Syd: le entregan un programa que debe cargar al terminal de modo que cuando el SD-6 lo encienda, éste será borrado. Vaughn dice que el padre de Alice ha muerto y Syd le muestra sus condolencias. Mientras tanto, Jack le dice a Irina que cree que ella y Sark están todavía trabajando juntos y le ofrece un trato: trasladarla a una casa privada bajo estrecha vigilancia a cambio de una explicación de por qué ella se entregó. En París, Sydney y Sark van tras su objetivo, un camión cauteloso, pero esto resulta ser un señuelo de modo que Sydney tiene que perseguir a un hombre que sale de otro vehículo con un maletín que contiene el terminal. Mientras tanto, Sloane presenta a Jack a Ariana Kane, la jefa de contraespionaje de la Alianza que está investigando la reaparición misteriosa de Emily. Más tarde, Kane interroga a Jack, que explica que fue Sloane quien reclutó Syd sin su conocimiento para asegurar su lealtad. Will se somete a las pruebas psicológicas y tras eso va con Syd a un bar donde coinciden con Vaughn y Alice. Se presentan entre ellos, creándose una situación embarazosa. En el SD-6, Sloane dice que el disco duro de la terminal de grado del equipo se ha borrado y que necesitan un software especial para duplicar su programación y que está almacenado en un servidor seguro en Londres, para lo cual envía a Syd. Marshall dice que el servidor puede descubrir cualquier intrusión electrónica por lo que debe de hackearse a mano mediante un algoritmo polimorfo y eso es algo que sólo él puede hacer. Marshall, nervioso, acepta su misión. Vaughn comunica a Sydney su contramisión: Marshall debe ser tomado en detención preventiva dado que él tiene una memoria fotográfica y recordará los archivos de sistema aunque sean suprimidos. Sydney le advierte que el SD-6 es la vida de Marshall y que le resultaría complicado aceptar la verdad. En Londres, Sydney y Marshall llegan al Royal Albert Hall y se sientan detrás de Thatcher Powell, el jefe de seguridad de Cuvee, que es la única persona con el acceso al servidor seguro. Le roban la llave de acceso y entran al servidor. Recuperan el software y devuelven la llave antes de que Powell se despierte. Sin embargo son observados por un hombre misterioso en una silla de ruedas. Cuando vuelven de su misión, Marshall es interceptado como se esperaba, ¡pero no por la CIA! En SD-6, Ariana insiste a Sloane en que Jack es el sospechoso principal dado que no teme a Sloane y porque oculta algo. Cuando Jack visita Irina, ésta le dice que no tiene nada para confesar y que se entregó sólo para compensar sus errores. Y le dice que permitirá a Jack hablar con ella también, además de Sydney. Marshall, aterrorizado, ha sido apresado por Traje y Gafas.

Traje y Gafas exige los códigos del satélite Echelon a Marshall, el cual se ofrece a colaborar cuando es amenazado con horribles torturas. Cuando Marshall no aparece, la CIA descubre que ha sido secuestrado por Cuvee y sus secuaces y Sydney decide ir a rescatarle. Antes del secuestro, Marshall envió los códigos Echelon mediante paquetes cifrados a través de todo el mundo, algunos de los cuales han quedado retenidos en un servidor vietnamita, de modo que Sydney y Dixon han de viajar allí para recuperarlos y poder obtener la información completa. El problema es doble dado que han de destruir la copia de Cuvee para que éste no pueda acceder al satélite. Irina comenta que se puede hacer con facilidad pero necesitará acceso total al Echelon, a lo que Kendall se niega pero cuando comienzan las dificultades informáticas, cambian de opinión e Irina realiza su tarea como prometió, impidiendo al SD-6 hacerse con el Echelon. Sydney y Dixon se las arreglan para liberar a Marshall después de que éste lanzara un aviso al servidor del SD-6, saltando el cortafuegos de Traje y Gafas, dando su localización precisa. Entra Ariana Kane en juego. Kane es una especialista de la Alianza, destinada al SD-6 para tratar de aclarar la "muerte" de Emily y quién puede estar detrás de todo. Kane está convencida de que Jack es el responsable de todo el problema, pero éste habla con Sloane en su casa y le asegura que Kane sólo está intentando inculparle, puesto que él no ha hecho nada. Sin embargo, Sloane informa a Kane de los movimientos de Jack cuándo éste deja su casa. Vaughn ofrece a Will un trabajo como investigador independiente para cubrir cuestiones menores, que él no puede atender, y su tapadera será una revista de viajes. Will acepta, aún sabiendo lo raro que se hará trabajar con él.

Kane ordena la búsqueda de Jack, que ahora es fugitivo de la Alianza. Acorralado en un cine, Sydney le salva y Jack le explica su complicada situación. Sloane le explica mediante un mensaje cifrado todo lo concerniente al dispositivo implantado por la Alianza y que ese era el único motivo por el que le delató a Ariana Kane. Sloane le explica cómo mató a Jacques Breo y que puede que sea alguien relacionado con él el que esté detrás de todo este asunto. Jack está desesperado y solicita ayuda a Irina, la cual sugiere que comience por investigar el entorno de Breo. Para empeorar aún más las cosas, Kane informa a Sloane de que Sydney puede ser una doble agente. Las sospechas de Kane se confirman cuando observa a Sydney hablando con un personas ajena al SD-6 en una misión secreta. Esa persona no es otra que Vaughn, el cual ha pedido a Sydney que cene con él en Francia. Dos agentes de la Alianza entran en el restaurante donde están cenando aunque pueden escapar. En la calle, Vaughn mata a los dos agentes y sugiere a Syd que entregue el material original que ha obtenido en Francia al SD-6 para no levantar más sospechas. Irina y Jack continúan su investigación que les lleva hasta un hotel de Perú, del cual Jack obtiene las cintas de seguridad del hotel y en ellas ve claramente a Kane y a Breo juntos. Sucesivas pistas involucran a Kane en el robo de los bonos de la Alianza. De ese modo, se dirige al SD-6 donde es apresado por los agentes de Kane, pero en el último segundo llega Sloane, que lo libera y pone a Kane bajo custodia. Tras resolver el tema de Kane, Sloane acude a una pequeña tienda de electrónica donde habla con un hombre que ha replicado el dispositivo de la Alianza pero lo ha puesto en un anillo. Sloane toma el anillo y mata al hombre. Poco después, en una remota playa de Filipinas, Sloane llama a la puerta de una pequeña casa y ¡Emily abre la puerta!. "Soy libre, cariño", le dice Sloane y ambos se abrazan, evidenciando el dedo que a Emily le falta en una mano.

La CIA se entera de la desaparición de Sloane e informa de que la Alianza ha enviado un nuevo director provisional al SD-6 llamado Anthony Geiger. La nueva misión de Sydney y Jack es acercarse a Geiger, ahora que Jack ya no es "amigo" del director. Incluso Sark está preocupado por el nuevo director e informa Sydney de que ha estado curioseando en el servidor 47, un servidor secreto de la Alianza. Sydney se da cuenta enseguida de que este servidor puede ser el tendón de Aquiles de la Alianza así que informa a la CIA de la existencia del mismo. Vaughn localiza el servidor en un Boeing 747 que está constantemente volando y que sólo aterriza para repostar y proveer de víveres y "diversiones" al encargado del servidor. La misión de Sydney será infiltrarse como una de las diversiones y una vez allí acceder al servidor y descargar su información. La misión es un éxito y Sydney obtiene los ficheros, destruyendo el avión y escapando mediante un paracaídas. Cuestiones personales. Vaughn le dice a Sydney que no puede seguir viviendo de este modo, que no puede dormir cuando ella está en una misión y que le resulta imposible continuar con la idea de que las personas que los juntaron (el SD-6, la Alianza y Sloane) son las mismas que los matarían si se enteraran de que trabajan codo con codo. Por otro lado, Will le dice a Francie que no va a seguir trabajando de camarero dado que tiene un trabajo de periodista. Francie se alegra mucho por él y acaban besándose. Geiger descubre que Sloane sospechaba que Jack y Sydney eran agentes dobles y aprovecha el hecho de que Jack está en el SD-6 para confirmar los datos del servidor 47 para detenerle. Jack es capaz de avisar a Sydney, la cual se pone muy nerviosa al saber que su padre podría morir a manos de Geiger en las próximas horas. La CIA descarta un ataque al SD-6 hasta que los datos no se confirmen pero Sydney no puede entrar al SD-6 sin ser apresada así que decide confiar en el único agente del SD-6 en el que puede hacerlo: Dixon. Cuando le revela toda la verdad, Dixon se queda perplejo y absolutamente boquiabierto. Sydney le dice que hay que actuar rápidamente y que si es capaz de verificar los datos, él mismo será capaz de ver que todo lo que le cuenta es cierto. Sydney, viendo lo que se avecina, avisa a Will para que se vaya de la ciudad con Francie y ponerse a salvo hasta que todo pase. Dixon contacta con la CIA mediante correo electrónico: ha confirmado la información del servidor 47, la CIA tiene a la Alianza en la palma de su mano. Inmediatamente, Kendall organiza un comando de ataque al SD-6 y desde el centro de operaciones conjuntas coordinan el ataque al resto de los SD repartidos por el mundo gracias a los ficheros de Sloane. Vaughn, Weiss y Sydney estarán en el comando que ataque al SD-6. Su misión será neutralizar dicha célula y rescatar a Jack. Ambas tienen éxito, el SD-6 cae y Sydney salva a su padre, matando a Geiger en el proceso. Segundos después del ataque, y libres ya de ataduras, Sydney y Vaughn se besan. En una habitación, Sark está hablando con el propio Sloane, informándole de todo lo sucedido y de que "la misión ha sido un éxito". Sloane parece complacido y le comunica de que se alegra de que la fase uno del plan esté completada, que ya pueden pasar a la fase dos. Ordena además a Sark que compruebe si su nuevo aliado está en posición. Sark marca el teléfono de su otro aliado. La persona que descuelga es Francie, o alguien que se parece a ella, puesto que su lado yace con un tiro en la frente el cadáver de la verdadera Francie.

En Berlín, dos agentes de la CIA están haciendo planes para cuando finalice su misión. Cuando él se va a la ducha, ella escribe un correo electrónico donde dice que cancelen la misión, pero Lennox, su compañero, le golpea antes de que pueda acabar de redactarlo. Lennox llama a Sloane y éste le dice que ponga en marcha el plan. Poco después, Wallace, la compañera de Lennox aparece atada con C4 en una céntrica calle berlinesa, que más tarde explota, para el horror de la CIA, que trata de evitar la explosión mediante un enlace por satélite con la policía alemana. Kendall explica a sus hombres que la misión de Wallace era infiltrarse en el círculo del Dr Markovic, el cual estaba desarrollando algo llamado Proyecto Hélice. La CIA cree que Lennox está atrapado en el centro de investigación, situado en el Caribe, o quizá muerto. Sydney ha de viajar con Vaughn para rescatar a Lennox y obtener los datos de la investigación. Ambos rescatan a Lennox y lo devuelven a Los Ángeles para interrogarlo. El agente cuenta como fue atrapado en el momento en que iba a pasarle la información a Wallace y queda devastado al saber que su prometida está muerta. Sydney se compadece por él, debido a que ella le pasó algo parecido con Danny, y cuando va a verla, él la besa aunque se arrepiente al momento. Dos agentes federales aparecen en el refugio para detener a Lennox y aunque éste se defiende, Sydney le convence para que se entregue, que no tenga nada que temer. Jack informa de que el Proyecto Hélice consiste en la creación de copias exactas de otras personas a partir de su ADN y que Lennox podría ser el propio Dr. Markovic. La única manera de saber si alguien es verdaderamente quien dice ser es a través de un barrido del fondo de ojo. Para Sydney está claro que el Lennox que tienen es el verdadero, cosa que se confirma, y ambos agentes son enviados a Polonia para recuperar todo el aparataje del Proyecto Hélice. Lennox descubre que él no ha sido el primero en ser copiado sino que hay otra copia por ahí, aunque no puede saber quien es. Vaughn recibe una llamada de una persona que dice ser el verdadero Lennox, afirmando que el tema del barrido ocular es falso y que detengan al Lennox que está junto a Sydney. El Lennox del teléfono afirma dirigirse hacia allí para destruir el laboratorio. Ambos Lennox confluyen en la zona de los laboratorios y se produce un momento de duda. El Lennox verdadero mata al falso y Sydney vuela el complejo. De vuelta en Los Ángeles, Vaughn y Sydney charlan en la cama sobre la misión, datos secretos y comprometedores, sin saber que la otra doble, Francie, les está observando a través de una cámara que ha ocultado en la televisión de la habitación de Sydney.

Sydney informa a Vaughn de que ha terminado sus estudios de prosgrado y de que en ese día se gradúa e incluso está pensando en dejar la CIA. Sin embargo, Kendall le presiona para que no se vaya, informándole de que como civil no podría ver a su madre, aunque Irina le dice que si se queda en la CIA, no permitirá que su hija pueda verla más. En el día de su graduación, Sloane llama a Sydney y le dice que conocía su situación de doble agente, pero no reveló nada porque le resultaba beneficioso para su plan de escapar de la Alianza. Así mismo, le informa de que si intenta involucrarse en sus planes, él misno se encargará de hacerle la vida imposible. Pero Sydney no se deja amedrentar y Kendall le informa de que Sloane ha secuestrado a un matemático cuyas teorías podrían servirle para crear un arma a partir de los artefactos de Rambaldi. Caplan, que así se llama el matemático, no tiene otro remedio que ayudar a Sloane puesto que éste ha secuestrado a su mujer y a su hijo. Lo que Caplan no sabe es que la CIA ha liberado a su familia y se encuentran sanos y salvos. Mientras que Marshall se ajusta perfectamente a su vida como, ahora sí, agente de la CIA, Dixon aún está muy molesto y confuso por haber descubierto la verdad sobre el SD-6. El agente intenta apoyarse en su mujer, revelando cuál ha sido su vida hasta ahora y Diane le dice que si considera unirse a la CIA, como Sydney le ha propuesto, le dejará al no poder soportar la presión. Las investigaciones de Marshall llevan a Sydney y Vaughn a un banco en Zúrich, donde se encuentran con Sloane, que ha alterado su cara con maquillaje y prótesis para que el sistema de reconocimiento visual no le pueda identificar como Sloane, ahora en todas las listas de la Interpol. Aunque consiguen acorralarle, Sloane amenaza con volar el edificio entero si no le dejan salir sano y salvo. La CIA le deja libre, por lo que Sloane le da las llaves del coche a Sydney y le dice que ella será su chófer en la huida.

Sloane consigue escapar saltando del coche en una persecución donde le asisten sus subordinados. Sydney y Kendall discuten sus frustraciones por lo escurridizo que es Sloane. La casualidad hace a Vaughn descubrir un micrófono en el apartamento de Sydney y Marshall lo identifica como suyo propio, ya que él mismo lo fabricó cuando trabajaba en el SD-6. Ahora el pequeño genio tendrá que desmontarlo para tratar de averiguar quién lo implantó allí, hacia donde transmitía y qué conversaciones había grabado. Francie informa a Sark de que han descubierto los micrófonos así que le aconsejan que encuentre rápidamente un chivo expiatorio. Francie asesina al fontanero y dispone una serie de pruebas que le incriminan, dando carpetazo al tema. Sloane intenta obtener un aliado en Afganistán, para conseguir una serie de materiales que sólo él puede entregarle. La CIA descubre esta reunión y parece que sólo Dixon puede encargarse de este tema, debido a alguna misión suya en el pasado de modo que Kendall ordena a Syd que convenza a Dixon para que se una a la CIA, pero de nuevo rechaza la proposición. Will, que estaba investigando a Kabir, el potencial aliado de Sloane, recomienda que contacten con su ex mujer, la cual puede ofrecerles información sensible para llegar a él y usarla para que colabore con la CIA. La casualidad hace que Sark se dirija al mismo lugar, con la intención de asesinar a la ex esposa de Kabir con el arma Rambaldi que acaban de construir. Syd y Kazabi, la ex mujer, huyen del lugar justo cuando Sark hace uso del arma. Aunque no ocurre nada en un principio, de repente las personas ¡¡comienzan a arder espontáneamente!! resultando todas muertas. Kazabi, al ser convencida de que su ex marido está por medio, decide colaborar. Los vídeos de las muertes son suficientes para que Sloane cuente con un nuevo aliado mientras que la CIA tome con preocupación esta nueva arma. De ese modo Sydney viaja con un traje especial que la protege, a la base de Kabir para desmantelar esta nueva arma. Sydney es apresada pero la CIA decide no montar un equipo de rescate, de modo que Vaughn solicita ayuda a Dixon. Éste decide ayudar y consiguen salvar a Sydney, aunque tienen que matar a Kabir. Aparentemente, la pérdida del arma es un revés para Sloane pero éste mira la pieza de artesanía que Kabir le entregó a cambio del arma y la rompe, extrayendo de ella el trozo de página del manuscrito de Rambaldi que le faltaba.

Cuando el grupo de Sloane roba a Karpachev, un traficante de armas ruso, la llave de una cámara acorazada con la intención de robar algunas páginas del manuscrito Rambaldi, Irina, que era una de sus socios, sugiere a la CIA una reunión entre ella y Karpachev para obtener el manuscrito, puesto que éste no está en la cámara acorazada. El plan de Irina tiene una doble finalidad: si Sloane se entera de que ha reaparecido, querrá reunirse con ella y podrán apresarlo, lo cual precipitará la salida de Sydney de la CIA. Este argumento en particular convence a Jack, el cual apoya el plan de Irina, a pesar de las reticencias de Kendall. La promesa de escoltarla él mismo disipa algo las dudas de Kendall. Además, le implantan un localizador para tenerla controlada en todo momento. Mientras tanto, Sydney es reclamada por un investigador de la CIA, que está detrás de Vaughn por algunos contactos que ha tenido con un antiguo agente del KGB. Sydney se niega en redondo, pero más tarde la convencen y descubre algunos documentos en el portafolio de Vaughn que parecen confirmar las tesis de la CIA. Finalmente localiza a Vaughn en un bar donde se enfrenta a él. Vaughn le dice que desde que Irina apareció en el mapa, ha estado siguiendo algunas pistas, tratando de averiguar si era trigo limpio. Al final concluye que no hay nada que diga que Irina tiene dobles intenciones respecto a su entrega a la CIA. Sloane se entera de la aparición de Irina y pide un encuentro con ella por lo que la CIA envía a Irina, Jack y todo el comando delta a Panamá, donde tendrá lugar el encuentro. La noche anterior, Jack e Irina tienen una conversación muy personal (todo el encuentro lo es) y ella le convence para que le retire el dispositivo de seguimiento del hombro y ambos se besan. Al día siguiente se encuentran con Sark, que hace entrar a Irina a la limusina. En ese momento la CIA pierde contacto con Irina debido al uso que Francie hace de información confidencial extraída de Will gracias la hipnosis. Se produce una persecución para recuperar a Irina pero ésta es infructuosa: Irina ha escapado de la CIA. Cuando Irina y Sloane se ve, ella le dice "Gracias por liberarme".

Jack informa a Sydney del escape de su madre y esta acude a la celda de Irina donde encuentra sus pendientes. A pesar del odio que siente hacia esa mujer, como le reconoce a Dixon, decide guardar los pendientes. Para empeorar las cosas, la CIA declara abiertamente que Vaughn se encuentra bajo investigación oficial. Kendall y Jack tienen una agria discusión cuando la CIA asciende a Jack a director del Centro de Operaciones Conjuntas. Su nueva misión es la localización y captura de Irina y Sloane. Para ello, usarán un localizador que Jack inyectó secretamente en Irina y cuya activación tendrá lugar en 12 horas. De nuevo en libertad, Irina y Sloane viajan en un avión privado donde están realizando sus planes. Aunque Sloane trata de sacar a relucir cuestiones personales, Irina le advierte de que no hable de su amor por Sydney delante de ella. El avión se dirige a la Toscana italiana, donde Sloane quiere fijar su residencia junto a Emily. Vaughn ha sido degradado y restringido en sus tareas, aunque sigue formando parte de Operaciones Conjuntas. Le aconseja a Vaughn que pida un traslado puesto que no cree saludable para ella que su misión actual sea perseguir a su madre para apresarla. Sydney le asegura que está más que preparada incluso para dispar a Irina si fuese necesario. En Stuttgart, donde Irina y Sark viajan para acceder a una serie de datos genéricos, se activa el trazador y Sark detecta presencia de la CIA por lo que deciden abandonar el edificio. Sark y Vaughn se enfrentan en un tiroteo y Vaughn es alcanzado, aunque afortunadamente viste un chaleco antibalas. Irina se hace perseguir por Sydney y Vaughn, con la única intención de sacarles del edificio y salvarles de la explosión del mismo. La CIA cree que la obtención de la base genética tiene como objetivo el desarrollo de armas dirigidas específicamente a ciertos sujetos. En la Toscana, Sloane hace llamar a Emily y esta queda boquiabierta al ver a Irina, a la que creía muerta desde hace años. Emily está confusa y muy enfadada con su marido, al que acusa de seguir jugando con la verdad pero Sloane dice que todo lo hace por ella, que con lo que está descubriendo podrá salvarla del cáncer para siempre. Poco después, Emily acude al consulado estadounidense en la Toscana y a través de él contacta con Sydney. Emily ofrece entregar a su marido si a cambio no es condenado a la pena de muerte. La CIA acepta el trato. Lo que Emily no sabe es que Sloane ha ofrecido a Irina la venta de todos sus artefactos Rambaldi y que está dispuesto a abandonar su vida por su mujer. Acuerdan un encuentro en su casa. El asalto a la villa es inminente, toda la CIA, incluyendo Sydney, Vaughn y Dixon, están en posición para atrapar a Sloane. Sin embargo, Emily se arrepiente de lo hecho y en la intimidad, con su marido, se desabrocha la camisa mostrando el micrófono oculto. Sloane decide escapar, ofreciendo a Emily que huya con él, y el matrimonio junto a Irina huyen a través de un conducto subterráneo, aunque Sydney les pisa los talones. Sydney cumple su amenaza y dispara a su madre en el brazo cuando esta escapa a través de una escalera, aunque Irina es capaz de huir de la CIA. Dixon, mientras, apunta con un rifle a Emily y Sloane y cuando tiene a Sloane en el punto de mira dispara, aunque acierta en Emily. Irina tira de Sloane que no quiere separarse de su mujer y ambos huyen en un helicóptero. Tanto la CIA como Sloane están destrozados por el resultado del asalto, especialmente Sydney. De vuelta en su casa, ella y Vaughn están en el dormitorio cuando los pendientes de Irina comienzan a emitir un sonido rítmico que ambos reconocen como morse. El mensaje dice "La verdad lleva tiempo".

Caplan, aún en poder de Sloane, continúa desarrollando modelos matemáticos así como resolviendo las misiones que le encargan. La que lleva el grupo de Sloane es Irina, dado que este no desea continuar con su gesta Rambaldi, sólo descubrir quién ha matado a su mujer. La CIA no tiene ninguna pista para localizar a Caplan y su esposa se enfrenta a Sydney, diciendo que no están haciendo todo lo que deberían. Sydney intenta encontrar varias pistas más y termina descubriendo que Elsa Caplan es en realidad una agente rusa cuya misión fue seducir y casarse con Caplan para extraer información. Elsa asegura que quiere a su marido y que hará todo lo posible por encontrarlo. Además, Elsa les dice que sus jefes han activado una píldora mortal que ella implantó a su marido y que si no es desactivada, en 42 horas morirá. Jack no cree ni una sola palabra, puesto la historia de Caplan y su esposa le recuerda mucho a la suya con Laura/Irina, pero Sydney cree que los sentimientos de Elsa son verdaderos y acuerda secretamente con ella la obtención de un dispositivo que permitiría encontrar a Caplan, siempre que pudiera ser activado por el código secreto que sólo Elsa conoce. Como la CIA la tiene prisionera, Elsa le da el código a Syd y ésta en secreto viaja para obtener el dispositivo. Sloane salva a Irina de un ataque de Caplan y poco después contacta con Francie para hacerle obtener una serie de informaciones importantes para él. Se trata de la obtención de una foto por satélite del ataque a su villa de Toscana, para averiguar quién apretó el gatillo. Francie lo hace a través de Will, el cual no sabe que su teléfono móvil tiene un dispositivo que permite a Francie entrar en los servidores de la CIA. De este modo, Fran obtiene la información pero el registro queda a nombre del ordenador de Will. Sydney y Vaughn se encuentran en Soria, donde Sloane tiene apresado a Caplan. Vaughn va tras Sark, pero éste escapa de nuevo, mientras Sydney extrae la píldora del cuerpo del matemático. De regreso, Jack concede el estado oficial de "desertora" a Elsa, dado que sus accciones le han convencido, y el matrimonio Caplan pueden salir por su propio pie de la CIA. Marshall detecta la obtención de la foto de la Toscana, aunque por ahora no puede determinar desde donde se ha hecho pero sí que la descarga se realizó desde Operaciones Conjuntas. Fuera del trabajo, Syd, Vaughn y el matrimonio Dixon cenan tranquilamente. Diane se disculpa con Sydney por haberla tratado mal tras enterarse de su filiación a la CIA. Finalmente reconoce que lo mejor es que Marcus siga en la CIA por el bien que hacen. A la salida, Diane se separa de ellos y coge otro coche, diciendo que va a buscar a sus hijos, y cuando ha conducido unos metros, el coche explota en una gran bola de fuego, matándola. La encargada ha sido Francie, que desde lejos guarda el detonador a distancia al ver que ha cumplido su misión.

Sydney y Dixon han de viajar a Panamá para localizar a DiRegno, una persona que aparece ligada a una profecía apocalíptica de Rambaldi. Sin embargo, cuando llegan allí, Di Regno ha sido asesinado y su corazón extirpado y robado. La CIA descubre que el nombre de su asesino es Vargas de modo que tratan de capturarle para resolver este nuevo rompecabezas relacionado con Rambaldi y que en este caso plantea la NSA a través de su experta en Rambaldi, la agente Carrie Bowman, que cautiva inmediatamente a Marshall (y la atracción es mutua). Pero Vaughn está preocupado por Dixon, al cual ha visto tomar pastillas desde el funeral de Diane. Como Jack no está dispuesto a creerle, Vaughn llama a la Barnett para que valore a Dixon. Ésta cita a Marcus para una sesión y un test de drogas. Dixon le confiesa a Sydney que está tomando vicodín por su cuenta y ahora tiene miedo. Sydney le asegura que todo saldrá bien y tiene una buena pelea con Vaughn por haber delatado a su amigo. Dixon, por su parte, falsifica los resultados del test de drogas para que salgan negativos y se lo confiesa a Sydney, la cual tapa su mentira. Mientras, Sloane se reúne en el Himalaya con Conrad, un misterioso monje al que conoció hace muchos años y que le inició en su cruzada Rambaldi. Sloane le culpa del rumbo que ha tomado su vida, especialmente su obsesión por el profeta italiano. Conrad le dice a Sloane que todo lo sucedido hasta ahora fue profetizado y le indica que en este momento se encuentra en la posición ideal para comenzar su misión, la misión que Rambaldi tenía para él. Le muestra un papel y Sloane parece maravillado al verlo. La CIA llega hasta un puerto donde se encuentra el corazón de Di Regno pero al llegar no encuentra nada. Dixon se altera mucho y amenaza a uno de los mozos del puerto con hacer explotar una bomba si no le dice lo que sabe. El equipo de la CIA no sabe como reaccionar, creyendo que Dixon es capaz de hacer lo que dice. Cuando se acerca peligrosamente a cero, el mozo confiesa que el corazón está en uno de los barcos, y Dixon, complacido, muestra el temporizador de la bomba, que estaba desconectado, de modo que no hubiese explotado. Muy aliviados, el equipo va al barco a recuperar el órgano, pero cuando abren la caja se encuentran con un raro corazón artificial. Más misterios apocalípticos...

Francie informa a Sark de que Will es sospechoso para la CIA, de modo que Irina ordena a Francie que altere la retina de Will para que piensen que es el segundo doble. De este modo, Fran hipnotiza a Will, haciéndole que reprima una serie de recuerdos clave y quemando parte de sus retinas para que parezca que es un doble. La CIA le detiene y al escanearle, confirman las sospechas. Syd trata de sonsacarle información personal pero Will es incapaz de recordar. No obstante, Syd sigue convencida de que es su amigo Will. Cuando Will no aparece por casa, Francie comienza a preguntar y Sydney entonces le revela toda la verdad para protegerla. Las cosas se ponen peor cuando las huellas de Will aparecen en el control remoto del detonador de la bomba que mató a Diane y Dixon se enfrenta a él, estrangulándole y casi matándolo. Dado que todas las pruebas están en su contra, Will es sentenciado a un traslado forzoso a una prisión de máxima seguridad. Sark ordena a Francie que mate a Will para preservar su identidad secreta. El creador del Proyecto Hélice es localizado pero dice no saber quién es el doble aunque les dice donde pueden encontrar la información que buscan. La furgoneta donde trasladan a Will es atacada pero él consigue escapar. Para Dixon y la CIA, esto es la prueba de que Will es un traidor y de que cuenta con ayuda del exterior. Más tarde, Will llama a Sydney y le dice que no quiere verla y que conocerla destruyó su vida, aunque le da una pista sobre donde pueden encontrar el servidor con la información del segundo doble. De camino a esa localización, donde cuenta con refuerzos enviados por Jack, que ahora está convencido de que Will no es un impostor, Sydney se encuentra con su madre, que ha obtenido la información que buscaba antes de destruir el servidor. No obstante, Irina promete hacerle llegar a su hija la información que busca. Will, que no quiere confiar ni en Syd, llama a Francie para que le venga recoger, y ambos huyen para esconderse.

Irina no mentía y en la CIA reciben la información que prometió a Sydney, el ADN original del doble. Éste pertenece a una tal H.E. Doren. Will descubre a una joven dada por muerta hace años llamada Allison Georgia Doren. Tras seguir otras pistas concluye que la muerte de Doren fue fingida y que se la reclutó como parte del Proyecto Navidad. Irina aparece de repente ante Sydney y aunque esta la ataca, Irina se zafa de ella y la inmoviliza para contarle su plan. El gran invento de Rambaldi se compone de 47 piezas, inventos más pequeños. Ella y Sloane tienen 23 y la CIA posee el resto y que trabajó junto a Sloane para destruir la Alianza y hacerse con los artefactos de la CIA. A cambio de revelarle su plan, Irina le pide a Sydney que dirija una operación en la que roben un almacén donde Sloane tiene sus artefactos Rambaldi. Sydney accede y dirige la misión pero al llegar, ven que el almacén sólo contienen objetos de teletienda y cosas así. Sark se encuentra con Francie y le llama Allison. Entristecido le dice que no pueden volver a darle su aspecto anterior porque el laboratorio ha sido destruido pero que hará todo lo posible para conseguirlo y ambos se besan. Jack es capturado por Sloane, para robarle el corazón de Di Regno. Según Sloane, es la pieza que falta en la máquina Rambaldi, llamada "La Revelación". Sloane parece mucho más calmado y le dice a Jack que no importa lo que haya sucedido entre ellos, y que siempre le considerará un buen amigo. Sydney recibe una llamada de su madre donde le dice que Sloane fue el que intercambió el material, que ella no quiso traicionarla. Aunque no sabe donde están, Sark si lo sabe y aunque no confían en ella, deciden hacerle caso porque no tienen otra pista sobre Sloane ni Jack. La información de Irina es correcta y Sark se rinde con facilidad, revelando la localización de Sloane. La CIA envía un equipo a por él, tratando de buscar a Jack, Irina y Sloane. Jack es hallado por Dixon, Vaughn va tras Sloane y Syd persigue a su madre la cual es acorralada en lo alto de un edificio. Irina le dice a Syd que sólo ella puede parar a Sloane porque Sydney es la mujer del manuscrito. Y diciendo "te quiero", Irina salta al vacío ayudada por un arnés y huye de su hija. En casa, Will encuentra una medicina que toman los dobles (él lo sabe porque ha elaborado parte de la investigación para la CIA) y concluye que la doble es Francie. Pero Allison/Francie descubre los papeles que tiene Will sobre Allison y coge un gran cuchillo. Will deja un mensaje en el móvil de Sydney donde expone su hallazgo aunque Francie le apuñala, lanzando tras eso un grito de horror por haberlo hecho. Sydney regresa a casa sin haber escuchado sus mensajes y saluda a Francie con toda naturalidad. A los pocos segundos escucha el mensaje de Will (que Allison no sabe que envió) y con una actitud realmente fría le ofrece a Francie helado de café. Allison lo acepta con una sonrisa, pero Sydney sabe que a Francie no le gustaba el helado de café, cosa que Allison descubre enseguida, de modo que ambas agentes tienen una espectacular pelea. Finalmente Sydney pega dos tiros a Allison y, exhausta, se derrumba en el suelo... ...para despertarse en Hong Kong con unas ropas completamente distintas y absolutamente desorientada. Sydney observa una cicatriz en su abdomen mientras busca una cabina a través de la cual llama a Kendall y se identifica. Kendall le indica la posición del refugio de la CIA más cercano. Al llegar allí, aún confusa, se sienta y poco después lleva Vaughn, con una cara desencajada y aún más confuso que ella. Vaughn lleva un anillo de matrimonio y apenas es capaz de pronunciar palabra. Con mucha dificultad, Vaughn le informa de que lleva desaparecida dos años...