Continuando donde lo dejaron, Michael Vaughn le explica a Sydney Bristow que han pasado dos años y que la han dado por muerta, cuando uno de los cadáveres de su apartamento dio positivo en las pruebas dentales. Sydney hace un rápido movimiento y atrapa a Vaughn, creyendo que es otro doble y que todo es un plan de Sloane. Tras eso escapa por los callejones pero es el propio Vaughn el que consigue atraparla y sedarla con un dardo tranquilizante. Syd despierta en un hospital militar y es saludada por Dixon, ahora jefe de la Fuerza de Acción Conjunta (FAC), que le confirma todo lo dicho por Vaughn. Dixon le explica que Will está vivo y bien, ahora en el programa de protección de testigos y que su padre fue hecho prisionero por el Consejo de Seguridad Nacional (CSN) por graves delitos y que no se le puede visitar. Weiss les interrumpe y hace salir a Dixon. Un nuevo grupo llamado la Coalición anda detrás de un agente de la CIA y un chip con importante información y casi lo han atrapado. De hecho, la Coalición ya ha asesinado al agente y se ha hecho con el chip, que contiene unos planos de lo que parece un caza de avanzada tecnología. A los pocos días, Weiss y Syd vuelven a la FAC, donde todo el mundo saluda a Syd con efusividad. Syd se reúne con Dixon y con Lindsey, el agregado del CSN, para informarles de que recuerda haber estado presa en París por el nuevo grupo terrorista y solicita ser enviada en una misión a París para obtener más información. A cambio, solicita visitar a su padre. En la cárcel, Sydney descubre que su padre fue acusado de resistencia a la autoridad, debido a la persistente búsqueda de su hija, que no le detuvo ante nada ni ante nadie. Entre sus métodos estaba incluida una alianza con Irina, cosa que no hizo gracia al CSN y le acusaron de colaboración con el enemigo. Sydney le confiesa a Jack que no recuerda nada de los dos años y que se lo ha inventado todo para poder verle. Su padre le dice que continúe investigando su desaparición para hallar las respuestas. En París, Weiss, Syd y su equipo caen en una emboscada enemiga y Dixon les ordena reagruparse y abortar la misión. No obstante, Syd decide recuperar el chip por su cuenta y tras confesar a Weiss sus planes y que no recuerda nada, éste la deja marchar, no sin antes aconsejarla que pida ayuda a Sloane, ahora reconvertido en un luchador por la paz mundial. De ese modo, Sydney se convierte en desertora y Lindsey ejecuta una orden que la añade a la lista de enemigos del estado, cosa que no agrada a Dixon. Syd irrumpe en el despacho de Sloane y se produce la esperada tensión y juegos psicológicos que incluso acaban en violencia pero antes de eso, Sloane le da todos los datos que ella requiere. Parece ser que la máquina de Rambaldi, una vez completa, mostró la palabra "Paz" a Sloane y eso le transformó en una persona completamente diferente. Sydney llama a un antiguo contacto que le pone sobre la pista de la persona que busca y la agente se enfunda en un nuevo alias para perseguirle. No le resulta muy complicado y consigue apresarle enseguida, obteniendo el chip que buscan todas las agencias gubernamentales estadounidenses. De vuelta en casa, Sydney exige a Lindsey que libere a su padre a cambio de no destruir el chip con la información. El agregado del CSN firma los papeles no sin hacer ver con sus gestos que Syd se ha ganado un enemigo. Finalmente, Sydney dirige a Vaughn duras palabras respecto a su nueva vida, alejado de la CIA y casado. La amargura desaparece con rapidez cuando se encuentra con su padre y ambos se abrazan tras dos años. Pero la felicidad no dura mucho cuando Jack le enseña a su hija un vídeo donde esta aparece asesinando a un diplomático ruso...

Weiss y Sydney están en la nueva casa de esta, abriendo cajas y poniéndolo todo en orden. Sydney se lamenta de que Will y Francie, sus mejores amigos, hayan desaparecido del mapa pero Weiss le asegura que no está sola y que sí le quedan amigos. Amigos como él. Weiss le cuenta cómo Vaughn conoció a Lauren, su mujer, y como esta le ayudó de nuevo a ser feliz. Mientras, un par de científicos en la nómina de la CIA son secuestrados por la Coalición. El grupo terrorista pide la liberación de Sark como rescate para que puedan ejecutarlo, según les ha contado Sloane. Lindsey está dispuesto a entregarlo, a pesar de las reservas de Sydney. Dixon le dice a Sydney que hay una terapia especial para agentes en su mismo caso (que parece ser muchos) y ella le dice que quizá acuda, pero aún está aturdida por el paso del tiempo, cuyo agujero de dos años está investigando junto a su padre. En Zúrich, Jack visita a Sloane y este le dice que realmente es una persona cambiada después de que la máquina de Rambaldi, una vez ensamblada, diera una sola respuesta, una palabra: paz. Para ganarse aún más la confianza de Jack, Sloane le ofrece un disco con toda la información que ha reunido sobre la desaparición de Sydney. Jack lo coge y se marcha de la oficina. En el desierto, Sark y Sydney están listos para el intercambio, pero el NSC se interpone, creando confusión, que permite a Sark escapar con la Coalición y dejando a la CIA sin los científicos. De vuelta en Los Angeles, Sydney y Lindsey tienen una fuerte discusión a este respecto. La Coalición habla con Sark y le exigen que les dé una gran suma de dinero del que Sark dispone para financiar sus operaciones y hacerle parte de sus dirigentes. Sark no sabe de qué dinero están hablando así que le explican que es el hijo de un diplomático ruso muy rico y fallecido hace meses, lo cual le convierte en su único heredero. El diplomático es Lazarey, la persona que Sydney asesinó, aunque nadie sabe esta cuestión aún. Sydney comenta a Jack que estos datos son demasiado precisos para ser casuales, así que la Coalición quizá esté detrás del asesinato de Lazarey y de la desaparición de Sydney durante dos años. Ambos estarán atentos a los movimientos de la Coalición y buscarán información sobre Lazarey. De nuevo en misión, Sydney acude a una discoteca para contactar con un traficante de drogas, lo cual les permitirá un acceso al científico secuestrado. Sydney accede a un sótano donde un doctor está torturando al científico y le dispara en defensa propia. Cuando este está muriendo, le susurra que sabía que al final ella le mataría, cumpliendo su palabra. Claramente, este científico sabe algo de Sydney y de su desaparición pero muere al instante y a Syd se le escapa esta importante pista. Entre este fracaso y una infructuosa reunión con su grupo de terapia, Sydney va a ver a Dixon y se derrumba en su despacho, diciendo que todo esto es mucho para ella y que, además, quizá sienta algo aún por Vaughn. Dixon se muestra comprensivo, pero ha de interrumpirla para presentarle a una tercera persona que estaba en la habitación y en la que Sydney no había reparado. La mujer se presenta como Lauren Reed, agregada del NSC. Pero Lauren resulta ser también la esposa de Michael Vaughn.

Sydney comienza su rutina diaria con el matrimonio Vaughn trabajando codo con codo, lo cual le hace aún más complicadas las cosas. Además, la NSC quiere hallar a la asesina de Lazarey puesto que eso les dará más pistas sobre la Coalición. Jack le asegura a Sydney que tratará de dañar el vídeo para que no puedan identificarla, pero Marshall ya está trabajando en él y no lo tendrá fácil. Sydney y Weiss han de viajar a México para interceptar a Sark y un militar ruso para averiguar los planes de la Coalición después de que esta haya hecho caer un satélite de telecomunicaciones sobre Rusia. Sydney es descubierta y tras un tiroteo, Sark escapa, aunque Sydney ha podido obtener una copia de las fotos que estaban intercambiando. Esas fotos, les informa Dixon, servirán para que una fuerza de ataque rusa pueda hacerse con el mando de una base de control de satélites en Moscú, situada secretamente en los sótanos de una compañía científica rusa cuyo presidente es amigo de Sloane. La misión es ir a ver a Sloane para conseguir una invitación a visitar el edificio y una vez allí, infiltrarse y recuperar el sistema de posicionamiento de esos misiles, que es lo que Sark está buscando. Los Vaughn y Sydney serán los encargados de visitar a Sloane. Marshall ya casi tiene limpiada la imagen de la asesina de Lazarey, lo cual preocupa a Jack por lo que este acude a un pirata informático para adquirir un potente virus que destruya el trabajo de Marshall y pueda evitar que la verdad sobre Sydney salga a la luz. Tras un intenso juego psicológico con Sloane, Lauren, Vaugh y Sydney consiguen las invitaciones a una fiesta en el edificio al que necesitaban acceder. Michael y Syd acceden a la zona restringida, pero descubren que Sark va unos pasos por delante de ellos y que ya está obteniendo el objeto que deseaba así que la única opción es volar el sótano para hacerlos escapar sin el objeto, cosa que consiguen y la CIA, por fin, se apunta un tanto contra la Coalición. Además, Jack ha conseguido introducir el virus en el sistema y cuando quedan pocos segundos para que Marshall descifre el vídeo, toda la información se pierde al ser destruida por el sistema informático. Sydney puede descansar tranquila porque su padre ha evitado que se conociera la verdad.

En el vídeo del asesinato de Lazarey, Sydney cree reconocer algo. Parece que el diplomático ruso llama Julia o Jules a su asesina. La espía está considerando contárselo a la CIA, pero Jack la disuade ya que eso haría que Sydney tuviera que exponerse a pruebas médicas invasivas muy peligrosas. Lauren Reed, la nueva agregada del NSC en sustitución de Lindsey, reúne a varios agentes para su nueva misión. El miembro de una banda liderada por Simon Walker está en el hospital después de que un vial de virus Ébola se rompiera y se contagiara. La misión de la CIA es recuperar todas las muestras de Ébola, ya que el grupo de Walker tiene intención de modificarlo para hacerlo áun más peligroso. Para ello, Sydney tendrá que infiltrarse en el grupo. En Sevilla, Sydney es recibida por Walker con un saludo muy personal y es saludada como Julia, lo cual pone en alerta a Sydney, que decide arriesgarse, sabiendo que esta misión puede arrojar respuestas sobre el agujero de dos años. Para aceptar a Sydney en la banda, le hacen robar un collar valiosísimo de un hotel y ella lo consigue sin problemas. Su infiltración en un éxito y Sydney regresa junto a Vaughn y Weiss a Los Ángeles, ambos extrañados por el tema de "Julia". A pesar de la insistencia de Jack para mantener en secreto este tema, al final le termina contando a Dixon y a Vaughn el papel de Sydney-como-Julia en el asesinato de Lazarey pero prohíben a Vaughn que se lo cuente a Lauren, para evitar que esta implique a la NSC en el tema. De vuelta en España (Pamplona), Sydney se reúne con Walker y las cosas se ponen feas cuando este saca una foto tomada el día anterior donde se la ve junto a Vaughn. Éste reacciona con celeridad y habla con Marshall, que introduce una personalidad falsa del agente en los archivos de la Interpol, los mismos que Simon Walker está consultando. ¡Salavada por los pelos!, Walker recupera la confianza en Julia y le permite asistir a la reunión informativa de su grupo, que es interrumpida por Sark, el que ha hecho el encargo al grupo, pero afortunadamente este no ve a Sydney. Lauren mantiene una tensa conversación con Sloane en Suiza que juega con ella a los juegos psicológicos que tanto le gustan. Entre ellos, pone sobre la mesa que su padre, el senador Reed, evitó que Lauren obtuviera las credenciales de agente de campo para protegerla y eso hace que Lauren realmente no esté desempeñando el trabajo que más le gusta. Sloane no le va a poner las cosas fáciles a la mujer de Vaughn. En España, el asalto al laboratorio es un éxito y Walker, Julia y compañía escapan con los componentes biológicos. Pero el apoyo de Sydney tiene un problema: Weiss advierte que Vaughn ha desaparecido. El agente ha sido apresado por uno de los secuaces de Walker y además con sus credenciales de agente de la CIA. Walker quiere eliminarlo allí mismo, pero es la propia Sydney la que le pide que se lo deje a ella. La agente saca un cuchillo y se lo clava a Vaughn, tirándole después por un barranco...

Sydney llama a Los Ángeles para advertir de lo que ha sucedido con Vaughn y aunque trata de recuperar el vial de material biológico, el intercambio ya se ha realizado. No es un buen día para la agente. Mientras, Weiss encuentra a Vaughn gracias al localizador que Sydney le puso y son capaces de llevarle hasta un hospital seguro. El agente está grave, pero se salvará. Cuando Sydney pasa por el hospital para verle, Lauren la está esperando y ambas tienen una enorme discusión, dejando caer la tensión que se había acumulado entre las dos. En la CIA, Dixon les informa de que el virus modificado ha sido usado en una cárcel africana para eliminar a todos salvo a uno de los presos, un peligroso traficante de armas llamado Kazari Bomani. Dado que Sloane dio mucha información de Bomani a la CIA a cambio de su indulto, Lauren propone una nueva reunión con él para tratar de seguir la pista al traficante. En el camino, Lauren le sugiere a Sydney que pida el cambio de destino, ya que es lo que más conviene a todos. Jack trata de obtener información sobre Julia reuniéndose directamente con Simon Walker, pero lo que no sabe el agente es que la mano derecha de Walker está tomando fotos del encuentro, claramente para investigar a Jack. Cuando Lauren y Sydney llegan a México para reunirse con Sloane, este es secuestrado a punta de pistola por Sark y aunque ambas agentes persiguen a la furgoneta de los secuestradores, no pueden hacer nada y escapan con Arvin. Un rato después, Sloane es prisionero de Sark y Bomani, y trata de ganarse de nuevo la confianza de Bomani, proponiéndole un lavado de imagen (igual que hizo con él mismo). Tras el trabajo juntas, parece que la tensión entre Lauren y Sydney se rebaja cuando Lauren se disculpa con Syd y le dice que eso del traslado fue una mala opción. En el hospital, Vaughn sueña que arregla las cosas con Sydney y ambos se besan, pero el sueño se torna en pesadilla cuando ella le apuñala de nuevo. Menos mal que es un sueño al despertarse encuentra a su mujer y ambos se abrazan. Sloane aparece ileso y Dixon ordena a las agentes que se reúnan con él. Arvin no da información sobre cómo consiguió escapar o lo que les costó; en su lugar, les da más detalles de nuevas operaciones de la Coalición para que la CIA se adelante. No sólo eso, sino que afirma que se ha infiltrado en la organización y que quiere ser doble agente para la CIA. La CIA no se fía, pero la NSC sí, así que aceptan. Mientras, Javier (el compinche de Walker) entrega las fotos de Jack a Sark. Papá Bristow ya está reunido con Simon cuando este recibe una llamada. Walker, que no sabe con quién se la juega, trata de provocar a Jack haciendo comentarios sexuales sobre Julia mientras acaban el trato y cuando Jack se marcha, Simon trata de dispararle, pero se encuentra con un tiro de Jack primero. En el suelo, Jack le exige más información sobre Julia a lo que Walker responde con más provocaciones. Fiel a su palabra, Jack mata a Simon y se larga. Sydney y Marshall (¡si!) viajan a Japón con la intención de infiltrarse en las bambalinas de un local de juego, cosa que consiguen, obteniendo acceso al virus informático del que Sloane les habló y cambiando su secuencia, segundos antes de que Sark y Bomani entren para obtenerlo. Misión cumplida. Pero no todo es felicidad. De vuelta en Los Ángeles, Sydney ha de presenciar en el hospital, la felicidad del matrimonio Vaughn. La vida es dura para nuestra agente favorita.

Sloane es el nuevo agente doble de la CIA y de la Coalición y su agente de contacto es Sydney Bristow. En su primer trabajo juntos, Sloane le da algo de información sobre unos documentos confidenciales de la Coalición. La información resulta ser un archivo con los datos de una persona que ha inventado un sistema que puede saltarse todas las protecciones informáticas rusas y, por lo tanto, garantizar el control de los sistemas de defensa. La CIA sabe que el científico se ha sometido a cirugía estética y que se dirige a Milán a recoger su nueva documentación. Syd y Vaughn han de viajar a Italia a detener a este científico. En Alemania, Sark saluda a su compañera de misión, la cual es ¡Allison!, cosa que sorprende a la audiencia y al propio Sark, que la creía muerta. Ella le cuenta cómo tras la pelea con Sydney, se desmayó y fue rescatada por la Coalición, despertándose seis meses después en un hospital de esta organización. Lindsey, en una reunión secreta con Lauren, le da una contramisión secreta: ha de viajar a Moscú para seguir un posible rastro sobre la asesina de Lazarey, cuya pista quedó fría tras la destrucción de la foto. Lauren viaja a Rusia para reunirse con un amigo de Lazarey, que le indica a Lauren que la única pista es una grabación de una conversación telefónica realizada poco antes del asesinato de Lazarey. Sydney está disgustada ante el hecho de que Allison, la asesina de su amiga Francie, sigue viva y no duda al afirmar que la matará si tiene esa oportunidad. Con estas intenciones, Sydney se marcha a una discoteca milanesa donde con la ayuda de un aparato hecho por Marshall, podrán localizar al científico a pesar de su nuevo rostro. Justo cuando ambos agentes encuentran al científico, Allison hace su aparición y trata de asesinarle, pero Sydney se lo impide y el hombre consigue huir por los pasillos del edificio, perseguido por las dos agentes. Allison se adelanta y cuando Syd llega, lo encuentra muerto. Allison aparece por detrás y golpea a Sydney, dejándola inconsciente y huyendo. De vuelta en Los Ángeles, Lauren propone una teoría que acaba siendo cierta: Allison le arrancó un diente al científico, cuyo fin es la emisión de una frecuencia que puede abrir alguna caja de seguridad o candado de alta tecnología. Pero la única manera de saber dónde está esa caja es hablar de nuevo con Sloane. Lauren continúa sus pesquisas y un técnico del NSC le dice que la llamada recuperada de Lazarey tiene la voz de una mujer y que han podido seguir su rastro hasta una oficina en el centro de Londres. Lauren viaja hasta allí para descubrir que la oficina fue alquilada por Julia Thorne, lo cual comunica a Lindsey. Sydney acuerda con Sloane que se reúna con Sark y Allison llevando un micrófono para así poder saber donde está la famosa caja. Si los planes salen mal, la pareja podría matar a Sloane, lo cual no es mal plan, según Sydney. Sark confirma que viajarán a Sofía a por la caja. Además, Sloane obtiene información extra: según Allison, la Coalición le ordenó específicamente que no mataran a Sydney puesto que aún quieren recuperar algo que está en su memoria. Sydney le insiste a Jack a proceder a la intervención de su cabeza para poder recuperar esos datos, pero él sigue siendo reacio por los muy probables peligros de la terapia. Mientras, Dixon ordena a Vaughn y a Sydney que viajen a Sofía para adelantarse a la Coalición. Pero de nuevo van un paso por detrás y cuando llegan ya no hay nada que abrir o recuperar. Además, Allison vuelve a golpear a Sydney y le apunta con una pistola. La agente logra zafarse de su enemiga y tras una dura lucha, donde Allison le confiesa que fue una medicina de Rambaldi la que le salvó la vida, Sydney de nuevo la tirotea. Allison es puesta en una ambulancia aunque minutos después, la ambulancia y la herida desaparecen del control de la CIA.

Sydney sufre pesadillas recurrentes con imágenes inconexas y donde despierta en un quirófano, con una herida sangrante en la parte derecha de su vientre. Los sueños son tan reales, que al final Sydney acude a un psiquiatra para que trate de ayudarla a toda costa pero el doctor le muestra a un paciente catatónico recluido, un sujeto que la NSC considera como un "éxito" de la terapia. Mientras, Sloane vuelve a la CIA y se enfrenta cara a cara con Dixon años después de su último encuentro. Ya en la sala de reuniones les informa de que la CIA debe recuperar un objeto en China. Syd y Sloane hacen el viaje juntos y la misión en un éxito. Al regreso, Sloane le da a Sydney un sobre manuscrito por la propia Syd, diciendo que quizá le pueda dar pistas sobre estos dos años. El sobre contiene una llave y un código numérico. En México, Vaughn y Lauren siguen la pista de Javier Pérez, el colaborador de Simon Walker para identificar a Julia Thorne. Vaughn le ha prometido a Jack que tratará de impedir la conexión con Sydney, pero Jack se encarga de la situación él mismo, eliminando a Pérez. En Los Ángeles, Lauren recibe una visita de Sark, que le entrega unas fotos del asesinato de Lazarey, argumentando que desea ver resuelto el caso ya que el ruso era su padre. Lauren se queda atónita cuando ve que es Sydney la asesina. Sydney recibe una llamada de su padre, que le informa de que el código numérico se corresponde con uno inventado por su madre y al descifrarlo ha obtenido una dirección en Roma. Vaughn acude al garaje de la CIA, donde los artificieros están desactivando la bomba que Sark ha puesto en el coche de Lauren. Esta informa a su marido que Sydney es Julia Thorne y cuando Vaughn confiesa saberlo, ambos tienen una enorme pelea que trasciende lo profesional para adentrarse en lo personal. Vaughn se marcha cuando Lauren le informa de que Lindsey ya está informado y que probablemente Sydney ya estará en la lista de más buscados. Sydney y Vaughn quedan en un pequeño aeropuerto desde donde Sydney escapará a Italia. Escena siguiente: Sydney encuentra el apartamento y Vaughn de nuevo está en el Centro de Operaciones Conjuntas. Lauren informa a Dixon de que ha sido relevado por el NSC de su puesto por haber ocultado la información sobre Julia Thorne. Sydney deambula por el apartamento, tratando de encontrar algo familiar en él. Al tumbarse en la cama, descubre que las vistas de su claraboya da a una iglesia cuya simbología religiosa aparecía en el sueño de Syd. En el baño descubre pastillas recetadas a nombre de Julia Thorne. Poco a poco las cosas empiezan a aclararse pero un comando italiano irrumpe en la casa y reduce a Sydney en el suelo...

La NSC, y por extensión Lauren y Lindsey, se han hecho con el control de la Fuerza de Operaciones Conjuntas. Sydney está detenida en una prisión de máxima seguridad y aunque todos temen por su integridad física, Lauren les asegura que la NSC nunca pondrá a Syd en peligro. En cualquier caso, ni Jack ni Vaughn están dispuestos a esperar a comprobarlo y ambos acuerdan un plan de rescate. Pero a los dos se les une un poderoso aliado: el mismo Sloane. Los tres van a liberar a Sydney haciendo que parezca que la Coalición ha sido quien la ha secuestrado. En la prisión, la NSC está sometiendo a pruebas a Sydney, y no parece que Lindsey tenga intención de salvaguardar la integridad física de la agente. Lauren exige ver a Sydney para escribir su informe, pero Lindsey le dice que no hace falta y que rellene el informe de un modo favorable o se atenga a las consecuencias. Mientras, Sydney lo está pasando mal pero el preso de la celda de al lado consigue animarla un poco con su carácter positivo. En uno de los traslados, Sydney usa un clip que ha conseguido robar para escaparse por los pasillos, pero la seguridad del recinto logra detenerla. Lauren es testigo de todo esto. Jack, Vaughn y Sloane están en camino a un lugar donde tienen los planos de la prisión. Para acceder a ese lugar, cortan su seguridad y se presentan con la intención de arreglarla. Aunque no es tarea fácil, logran escapar con los planos. En la huida, Sloane se interpone entre Jack y una de las balas, salvándole del tiro. A pesar de este contratiempo, Jack extrae la bala con la precisión de un cirujano, y continúan sus planes de rescate. Lauren ha escrito el informe al estilo de Lindsey, dejando claro que puede amoldarse a sus condiciones, lo cual complace a Lindsey al ver que su subordinada utiliza sus mismas poco ortodoxas tácticas. Todo resulta ser una pose, ya que Lauren regresa a Los Ángeles para informarle a Vaughn de todo lo que está pasando y de que Sydney no lo está pasando bien. En la prisión, Lindsey amenaza con matar al compañero de Sydney si esta no descifra el código de Irina. Sydney no quiere hacerlo pero al ver que Lindsey va en serio, les dice que se trata de una longitud y una latitud. Al hacerlo, se revela la trampa: el compañero de celda no es tal sino que es un señuelo para que Sydney confesara. Y ahora que la agente ha dado los códigos que querían, pueden someterla a cirugía cerebral sin temer las consecuencias. Afortunadamente, con la ayuda de Lauren, logran infiltrarse en la prisión antes de que Syd sea intervenida y los cinco (Jack, Vaughn, Lauren, Sloane y Syd) escapan sanos y salvos en un helicóptero.

Juntos en el refugio, Jack, Sloane, Vaughn, Lauren y Sydney elaboran un plan para culpar a la Coalición del rescate de Sydney. Mientras, con los datos obtenidos, Jack y Sydney viajan al desierto para desenterrar una caja, cuyo contenido es una mano con el símbolo de Rambaldi y en estado de descomposición. Los Bristow deciden enviar la mano a Marshall para que pueda identificar a su dueño. Lauren será una pieza clave en el plan del falso rescate, ya que habrá que fingir que ella misma ha sido secuestrada, torturada y posteriormente liberada. Lindsley no se termina de creer del todo la farsa, pero Lauren consigue más tiempo para el grupo. El tiempo lo invierten en visitar al doctor Brezzel, un excéntrico neurólogo que puede ayudar a Sydney a recuperar su memoria perdida a través de cócteles de drogas, una terapia muy peligrosa para la agente, pero parece que es el método menos agresivo para su cerebro. Ninguno de los tres confía en Brezzel tras ver su comportamiento, pero saben que no hay alternativa. Sydney consigue entrar en el sueño y hacerse consciente dentro de él, reconstruyendo con partes de su memoria y de su imaginación pasajes que parecen ser más alegóricos que reales, incluyendo una pelea a muerte con Lauren. También ve a Lazarey y es ella, pero en la fiesta de su séptimo cumpleaños, quien le corta la mano. Además, en su estado onírico se repiten dos palabras: St. Aidan. Marshall no consigue indentificar al dueño de la mano pero dice que su mutilación fue hace cuatro meses. Tras el sueño, Jack está convencido de que se trata de Lazarey y de que su muerte, la que vieron en el vídeo, fue sólo un montaje. Eso significaría que Sydney es inocente de demostrarse que Lazarey estaba vivo al menos hasta hace cuatro meses. Marshall comprueba el ADN y constata que, efectivamente, la mano pertenecía a Lazarey. Lindsey se reúne con Sloane y le propone un intercambio de información sobre Rambaldi a cambio de que elimine a Sydney cuando se produzca el canje del objeto de Rambaldi que sustrajeron de las instalaciones de la NSC. Pobre Lindsey, jugando con Sloane:) Sydney, de nuevo inducida por las drogas, está soñando de nuevo, esta vez con la intención de entrar en la habitación 47, cuyo intento anterior fue frustrado. Tras pasar por una serie de visiones extrañas con gente familiar en su vida, finalmente vuelve a la zona de la habitación y pelea de nuevo con Lauren, que se acaba transformando en la propia Sydney. La Sydney oscura cae en la pelea frente a nuestra Syd y finalmente abre la puerta 47...

Sydney abre la puerta 47 y en ella aparece ¡Will Tippin! comiendo cereales St. Aidan. Sin tiempo para nada más, Sydney despierta violentamente: Brezzel ha tenido que sacarla del sueño puesto que su pulso se había parado. El grupo decide poner fin a los experimentos y Sydney comienza a pensar cómo puede ponerse en contacto con Will, aunque este está en el programa de protección de testigos. Will está ahora en Wisconsin, con el nombre de Jonah, y trabaja en la construcción. Al principio no cree a Sydney, piensa que es un doble, pero esta le demuestra que es su vieja amiga y ambos se abrazan emocionados por el inesperado reencuentro. La alegría no dura demasiado. Por un lado, Lindsey amenaza a Sloane para asegurarse que mate a Syd mientras que Sark se desplaza hasta el laboratorio de Brezzel, al que tortura para averiguar datos sobre Sydney. Will y Syd se ponen al día. Will explica cómo huyó del apartamento en llamas la noche en que Sydney desapareció. Además, reconoce el nombre de St. Aidan: es el contacto a través del cual se comunicaba con la CIA. Ambos acuerdan llamarle de nuevo para seguir la investigación. La noche del encuentro, St. Aidan aparece: es Lazarey. Sydney juega la carta de Julia Thorne y Will hace que Lazarey les hable de Graz, un lugar donde, teóricamente, han de recuperar algo. Antes de descubrir de qué se trata, Sark interrumpe la reunión y captura a Lazarey, aunque Syd y Will escapan ilesos. En diferentes sitios, otras historias se desarrollan: Vaughn y Jack son hechos prisioneros por Lindsey, que no se cree que hayan estado buscando a Sydney por su lado, mientras que Sloane contrata un tirador para matar a un "empleado del gobierno". Sark, por su parte, interroga a Lazarey, que resulta ser su padre, revelando su verdadero nombre: Julian Lazarey. El ruso le da más información a su hijo: hay un objeto muy importante en Graz. Sark y Allison deciden viajar allí y recuperarlo por su cuenta. Sydney y Will, tras una noche juntos, viajan a Graz y se registran en un hotel que Julia Thorne utilizaba como base de operaciones, cosa que descubren cuando entran en su base de datos. Allí, ven que Julia tenía una caja de seguridad a su nombre, así que ambos amigos tratan de abrirla...sólo para descubrir que Sark se les ha adelantado y les ha robado, por unos segundos, una pequeña cajita que contenía la cámara. Will y Sydney se separan: ella va tras Sark y él, tras Allison. Ambos les dan caza. Sydney se conforma con una paliza y obtener la caja, pero Will se venga mortalmente de Allison por lo que le hizo a Francie y a él mismo. Con la caja, por fin se produce el intercambio. Todas las fuerzas están en su posición, incluyendo el tirador contratado por Sloane, que cumple su función; pero no es Sydney su objetivo, sino el propio Lindsey, que cae abatido al primer disparo. Muerto Lindsey, Jack, Vaughn y Dixon (también apresado por el director del NSC) son liberados y sus puestos les son devueltos. Marshall informa que la caja contiene tejido humano, tejidos del propio Rambaldi de los que se podría extraer fácilmente el ADN del genio italiano.

Vuelve a escena el Departamento de Investigaciones Especiales (Preguntas y Respuestas) y consigue hacerse con el cubo de Rambaldi pasando por encima de la CIA. Sydney está frustrada de que tras tanto esfuerzo por hallar esta pieza clave en su lucha personal por recuperar sus recuerdos, ahora se le escape con facilidad y le pregunta a Marshall si sabe algo. Marshall le dice que no pero que le hubiera gustado poner un trazador al cubo..."bueno, en realidad lo he hecho", responde a continuación. Así que Syd y Jack se ponen a trabajar en un plan para acceder a la información. En casa, Syd escucha ruidos y coge un arma para hallar su origen pero alguien le dispara un dardo que le deja inconsciente. Tiempo después se despierta en un avión en pleno vuelo para descubrir que su compañero de cabina es...¡Kendall! (Preguntas y Respuestas et al.). Este le confiesa que pertenece al DIE y que alguien les ha robado el cubo. No sólo eso, sino que él guarda el secreto que Sydney ansía. Kendall sabe lo que le ha pasado en estos dos años a Sydney. Atentos. Rebobinamos dos años. Tras la pelea a muerte con Allison (La Revelación), Sydney despertó atada en una camilla junto a un hombre (Oleg Mavejik) que le explica cómo falseron su muerte y la de Francie y que ahora es su prisionera. De hecho, para hacer las cosas más sádicas, Sydney se encuentra en una furgoneta situada estratégicamente junto al lugar donde su padre y amigos están arrojando sus cenizas al mar, despidiéndose para siempre de ella. Maveijik le explica que ahora tendrá que olvidarse de Sydney Bristow, ya que ha muerto, y que ahora se convenza que su nombre es Julia Thorne (Una Relación Perdida et al.). Cuanto antes se haga a esta idea, más fácil le será su "nueva vida". La Coalición (Los Dos et al.), pues, comienza un programa de lavado de cerebro con Sydney al que ésta se resiste con todas sus fuerzas. Pasan las semanas y el programa, consistente en electroshocks, juegos psicológicos, condicionantes y drogas, no tiene éxito puesto que Syd se aferra a su verdadera vida, con la esperanza de que un día pudiera recuperarla. Tras unos meses, el condicionamiento parece funcionar así que Sydney, ahora Julia, es presentada ante algunos altos cargos de la Coalición y asesina a sangre fría a un hombre para probar que su conversión ha tenido éxito. Pero, como Kendall le explica, en realidad no llegó a tener éxito debido a unas directrices que Jack incorporó al Proyecto Navidad que usó con Syd, sino que Sydney finalmente dedudjo que su única posibilidad de escapar de todo aquello era hacer ver que ahora era Julia, ganando más libertad y ampliando sus posibilidades de contactar con el mundo exterior. Y eso hizo: contacto con Kendall en cuanto tuvo la mínima oportunidad. Lo primero que quiere Sydney es contactar con Jack y Vaughn pero Kendall se lo prohíbe debido a la misión actual de Jack y ante el hecho de que Sydney podría poner en peligro su plan si contacta con alguien más de la CIA. La cosa se complica más cuando Sydney observa a Vaughn en la distancia y ve que ha rehecho su vida junto a Lauren (Sucesión et al.). Convencida, llama a Kendall para proponerle trabajar de nuevo como doble agente: Sydney Bristow para Kendall y Julia Thorne para la Coalición. Kendall continúa añadiendo piezas al rompecabezas, confesando que siempre trabajo para el DIE, nunca para el FBI, y que tanto ellos como la Coalición creen que Sydney es la mujer de la profecía de la página 47 (La Profecía). La Coalición envía a Julia y Simon Walker para recuperar el cubo de Rambaldi, que se encuentra en poder de Lazarey. Sydney habla con Lazarey y ambos acuerdan fingir su muerte (Los Dos et al.) a cambio de que Lazarey trabaje con la CIA. Ambos viajan hasta África, donde descubren que se encuentra el cubo, y tratan de extraerlo pero en el proceso, Lazarey pierde la mano (Consciencia), que Sydney ha de cortar para salvarle la vida. Con el cubo y Lazarey en poder del gobierno, Sydney debía entregar el material a Kendall pero en vez de eso, Sydney envió un vídeo de sí misma. Un mensaje para Kendall. En él le dice que el cubo (que contiene ADN del mismísimo Rambaldi) le parece algo realmente importante como para dejarlos en manos de cualquier gobierno o grupo terrorista, así que va a ocultarlo ella misma y, tras eso, borrar los recuerdos de los pasados dos años, para evitar que nadie pueda extraerlos a la fuerza. Dos días después de la obtención del vídeo, Sydney apareció en Hong Kong (La Revelación). La revelación no acaba ahí, sino que Kendall informa Sydney de que la Coalición tiene el ADN de Rambaldi y van a precipitar el regreso de Rambaldi a través de su ADN. Pero para tal cosa necesitan una madre, denominada "la elegida", ¿y qué mejor madre que la mujer de la Profecía?. Efectivamente, la cicatriz de Sydney corresponde a una extracción quirúrgica de sus óvulos. Y más revelaciones: Dixon sabía todo lo relacionado con Syd debido a que se encontraba con Kendall cuando recibió su primera llamada. También ha tenido que evitar revelar la verdad a su amiga. El destino los ha hecho empatar a uno. Aún con muchas preguntas en su cabeza, Sydney decide impedir la fertilización de sus óvulos, si es que aún hay tiempo, de modo que gracias al trazador de Marshall, se dirige junto a un equipo de la CIA a la destrucción del laboratorio, cosa que logra sin problemas. Del laboratorio también rescatan a Lazarey, que sigue vivo. Sark, por otro lado, hace unas llamadas para evitar que Lazarey consiga recuperarse. En la ambulancia, Lazarey le pregunta a Sydney que qué sabe sobre "el pasajero". Sydney no sabe nada y no parece que vaya a obtener la respuesta pronto puesto que al sacar a Lazarey de la ambulancia, un francotirador dispara sobre el ruso, matándole. El tirador no es otro que Lauren.

La CIA ordena a Sydney y a Vaughn que viajen a Corea para rescatar a un miembro de la Coalición que quiere desertar y traerle a Estados Unidos para que facilite información a la CIA. Lauren, presente en la reunión, inmediatamente informa a sus superiores y estos le ordenan que facilite los datos de la misión para poderla interceptar. Lauren se los da y les advierte de que no fallen, puesto que ello podría ponerla a ella en un grave compromiso. Con los datos, la Coalición consigue hacer caer el avión de Sydney y Vaughn, pero estos logran salir con vida. En la CIA descubren el ataque del avión y Jack propone una misión de rescate, pero Dixon se niega oficialmente, pero extraoficialmente se pone a disposición de Jack para montar una misión de rescate. Y Jack contacta de nuevo con Irina a través de sus canales habituales. A pesar de la implicación de Lauren, ésta parece genuinamente entristecida por la muerte de Vaughn. Sydney y Vaughn vuelan los restos del avión para librarse de un destacamento del ejército coreano y así ganar tiempo para alcanzar su punto de encuentro en un coche que han conseguido robar. Una vez allí, aparece Sark haciéndose pasar por la CIA para asesinar al agente arrepentido de la Coalición. Vaughn y Syd consiguen evitarlo, pero Sark llama la atención del ejército coreano y éste detiene a Vaugh, Syd y al agente. La ayuda de Irina llega en forma de Katya, su hermana, una persona mucho más dura, calculadora y fría que Irina. Katya y Jack mueven hilos para conseguir un contacto en Corea del Norte y poder extraer así a Syd y Vaughn o, al menos, sus cuerpos. A cambio, Katya exige a Jack que asesine a Arvin Sloane. Mientras, los tres agente están apresados en una cárcel norcoreana donde están siendo sometidos a interrogatorios y torturas. Finalmente, cuando el agente de la Coalición confiesa que Syd y Vaughn son la CIA, deciden fusilarlos. En la celda, Vaughn confiesa a Syd que aún la quiere y ella le responde diciendo "siempre nos encontraremos". Pero en el momento en que van a fusilarlos, uno de sus verdugos gira el arma y asesina a todo el pelotón de fusilamiento, liberando a los tres agentes, que pueden regresar a casa sanos y salvos. Cuando Jack entra en la oficina de Sloane con la intención de asesinarle, Katya avisa a Arvin de las intenciones de Jack, ganando su confianza, y acto seguido llama a Jack para indicarle que sus planes han cambiado y que ya no necesita matar a Sloane. Jack, perplejo, sale de las oficinas de Sloane y pide explicaciones a Katya, preguntando por qué su ex mujer y ella le han utilizado de este modo. Katya no contesta a sus cuestiones, diciéndole simplemente que los planes de Irina le serán revelados algún día de un modo claro y manifiesto.

La CIA descubre una casa donde la Coalición guarda una agenda de contactos y agentes así que diseñan un plan para entrar a robarla. El problema es que el sistema de seguridad es extremadamente sofisticado y solamente su creadora, Toni Cummings, tiene la información suficiente para saltárselo, de modo que la CIA manda a Sydney y a Vaughn para hablar con Cummings. En lo personal, la cosa va de psiquiatras. Mientras Sydney habla con Barnett sobre sus sentimientos, Jack aconseja a Sloane que acuda a un psiquiatra. Vaughn, en vez de ir al médico, habla con su amigo Weiss y le pregunta si se pueden amar a dos personas a la vez. Eric es tajante: no, no se puede. Mientras, Sark le propone a Lauren una maniobra que les puede colocar varios escalones más arriba dentro de la jerarquía de la Coalición; se trata de asesinar a seis de los jefes más destacados para robarles cierta tecnología y chantajear a la Coalición con destruirla si no les ascienden. Lauren está de acuerdo con Sark. Jack le aconseja a Sydney que pida a Dixon un cambio de compañero para formar equipo con Weiss, al menos hasta que las cosas se calmen. Algo reticente, Sydney habla con Dixon que hace el cambio de compañero, emparejándola con Weiss. El plan de Sark y Lauren sale a la perfección y consiguen aniquilar a todos los que están en su lista. Lauren parece disfrutar mucho con esta nueva misión, lo cual complace y asusta a la vez a Sark. Weiss y Sydney se reúnen con Cummings haciéndose pasar por unos magnates de los diamantes en África. Como la tapadera no convence a Toni, al final se ven obligados a mostrar su placa de la CIA y se llevan a la experta con la excusa de usarla como consultora. Junto a Marshall, elaboran un plan para acceder a la casa. En su despacho, Sloane parece distante y desesperado. Descubrimos que está preparando algo parecido a una droga con aspecto de kriptonita verde. Una vez elaborado el líquido, lo introduce en una jeringuilla y se lo inyecta, sin que produzca ningún efecto aparente. Horas después, Sloane llama a Jack y le dice que si consultará con un médico. La doctora encargada de Sloane será Judy Barnett. Sloane intenta jugar con ella como hace con todos, pero Barnett le corta enseguida y le dice que quizá no ha sido buena idea todo esto. La doctora insiste, diciendo que aún estará dos días más en la ciudad, por si cambia de idea. Jack, Vaughn y Sydney vuelven a la mansión; Sydney y Vaughn se infiltrarán en la casa mientras que Jack les dará apoyo táctico en el lugar y Marshall remotamente desde Los Angeles. O eso es en teoría, ya que Carrie informa a su novio de que ha roto agua y el niño viene de camino. Así que mientras presta apoyo a los agentes, Marshall ha de atender a su novia no sin antes afirmar que no será padre hasta que se case con ella. Menos mal que Weiss, recién ordenado pastor de la Iglesia de los Mamíferos por Internet, les puede casar a tiempo para que Carrie se suba en la ambulancia y un minuto después, tras que la misión de Syd y Vaughn haya salido bien, es Marshall quien sale corriendo al hospital. Antes de volver a EEUU, Barnett hace un nuevo intento con Sloane, que ahora parece más receptivo y acepta ser tratado por la psiquiátrica, no sin antes afirmar que posee un secreto que afecta directamente a los Bristow pero que por ahora no confesará. En Rusia, Sark se reúne con McKeenas Cole, liberado recientemente y ahora miembro de la Coalición en una alta posición. En todo momento, Cole estuvo al tanto de los planes de Sark y Lauren porque esta le mantuvo siempre informado. A pesar de esta alta traición, ni el jefe de la Coalción ni Cole están enfadados ya que como han asesinado a los seis jefes, la agenda recién robada por la CIA es totalmente inservible. Al final obtienen lo que quieren: Lauren y Sark son nombrados responsables de la celda norteamericana de la Coalición. Pero no todo va bien para Lauren. Antes de dejarles marchar, Cole le aconseja que controle a su marido y su cercanía con Sydney tras el reciente incidente de Corea. El comentario envenenado de Cole surte efecto y a Lauren le falta tiempo para advertir seriamente a Sydney que se aleje de Vaughn.

Dixon informa a los agentes que desde Langley están muy preocupados porque la Coalición se les adelanta con demasiada frecuencia y sospechan que pueda existir un topo en la Fuerza de Operaciones Conjuntas así que asigna a Jack que abra una investigación interna para descubrirlo. Sydney y Vaughn viajan a Canadá donde tienen que extraer información relativa a la Coalición de un servidor. Sin embargo, Sark y Lauren se les adelantan y no sólo impiden que Marshall recupere la información sino que además introducen un virus en los sistemas de la CIA. Syd y Vaughn huyen del edificio persiguiendo a los intrusos de la Coalición que, aunque ellos no lo saben, son Sark y Lauren. A pesar de pisarles los talones en una persecución de coches en el garaje, finalmente logran escapar y cuando están a salvo, ambos agentes se besan apasionadamente celebrando su victoria. La misión de la CIA es un desastre y ni siquiera Marshall cree que podrá extraer la parte de la información que le ha llegado. En Zúrich, la doctora Barnett acepta una invitación de Sloane a cenar en un restaurante, con la excusa de tener allí una sesión pero ni el uno ni el otro parecen demasiado profesionales en su trato a pesar de una falsa reticencia por parte de Barnett. Ella le pregunta por su obsesión con Rambaldi y Sloane le cuenta la historia de la máquina que ponía "Paz" pero a la doctora le cuesta creer que Sloane no encontrara nada más y él se siente ofendido por lo que sugiere Barnett. Además, Sloane le dice que no revelará su secreto y se crea tanta tensión que la psiquiatra se levanta ofendida y se marcha. Las cosas no están tan mal. Marshall ha logrado obtener la localización de la bomba en un barco atracado en Lisboa y Dixon envía a Vaughn y a Sydney a recuperarla pero, naturalmente, la otra pareja de espías formada por Lauren y Sark ya están por allí y reciben a los agentes de la CIA con disparos, aunque logran ponerse a salvo. En Zúrich, Sloane sigue a Barnett y se disculpa con ella en el vestidor del restaurante. El agente le confiesa su secreto: desde hace más de veinte años vive con el remordimiento de haber traicionado a su amigo Jack Bristow al tener una aventura con Irina. Barnett le pregunta si es él el padre de Sydney a lo que Sloane no responde. En el barco, Sydney encuentra la bomba y Vaughn encuentra a uno de los agentes rivales: se trata de Lauren pero como va con la cabeza cubierta, no la reconoce. Cuando le dice que se quite la capucha, Sark le grita desde abajo, apuntando a Sydney a la cabeza, que tire el arma ya que "si quiere a su compañera, lo hará". Vaughn lo hace y es golpeado por Lauren, que huye. Syd y Vaughn logran coger a Sark que en vez de escapar, activa la bomba y se la lanza a los dos. Gracias Marshall, sin embargo, Vaughn puede desactivar el artefacto explosivo.

Daniel Ryan, un terrorista irlandés, hace explotar una avanzada bomba en un edificio como prueba para la Coalición, con la que ha contactado para venderles estos explosivos. La idea es reunirse con Ryan haciéndose pasar por la Coalición e interferir con la venta. Para hacer creíble la tapadera, la CIA, haciéndose pasar por la Coalición, salva a Ryan de una detención por parte de Weiss y así ganar su confianza. Sedado, se llevan a Ryan a una habitación de hotel que ellos mismos han construido con las indicaciones de Lisenker. Ryan sospecha de todo este montaje a pesar de los esfuerzos de la CIA para hacerlo convincente por lo que Lisenker tiene que entrar en escena y ayudar a que Ryan se trague toda la tapadera. El truco parece funcionar, pero el terrorista exige tratar directamente con el corresponsable de la célula estadounidense de la Coalición, Sark. Lisenker dice que Ryan nunca se ha reunido con Sark, o eso cree, por lo que la CIA envía a Vaughn haciéndose pasar por Sark. El trato es que Sark viaje en un avión donde le darán los datos sobre la bomba. Como el socio sí conoce a Sark, la CIA tiene que engañar a Sark para que suba al mismo avión y robar el disquete tras el intercambio. Lo consiguen, pero en el avión no aparece ningún socio. Syd vuelve a la habitación y le dice a Ryan que llame a su contacto inmediatamente pero Ryan se niega, de modo que Syd llama a Sloane, en la cama con Barnett, y este le dice que Ryan es un mercenario que se vende a cualquiera, aunque desde que su hermano murió hace dos años, ahora sólo lo hace por interés político. Resulta que su hermano fue al que Sydney tuvo que asesinar como Julia Thorne para la Coalición, de modo que si destruyera el avión con Sark, obtendrá su venganza y mucha más publicidad que con su anterior bomba. De este modo, Vaughn y Sark han de unir esfuerzos para desactivar la bomba, encontrada entre unos cables del avión. La CIA revela su tapadera, con la idea de que si Ryan trata de hacer daño a la Coalición, puede que le convenzan para ayudarles. A cambio de desactivar la bomba y entregar los planos, puede que lleguen a un acuerdo justo con el terrorista. Pero él no accede y Sydney trata de convencerle de nuevo, cometiendo el error de darle su alias, Julia Thorne, que Ryan reconoce como la asesina de su hermano. Ahora quiere venganza, sabiendo que en el avión viaja un ser querido para Syd/Julia y, engañando a la CIA, activa la bomba a distancia y también la otra bomba que está en el despacho de Marshall, lo cual hace que Jack tenga que intervenir y convencerle con métodos poco ortodoxos a que la desactive. Naturalmente, papá espía lo consigue. Al final del día no sólo han conseguido salvar la vida sino que la CIA tiene a Sark de nuevo en su cuestodia.

Sark es extraditado desde Francia y en EEUU, Sydney aguarda su llegada. Dixon le informa de que la información está muy contenida para evitar filtraciones y detectar a quien las haga si estas se producen. Además, el senador Reed, padre de Lauren y encargado en el senado de la Fuerza de Operaciones Conjuntas, será el interrogador de Sark. Pero todo se viene abajo cuando Dixon recibe una llamada fatal: Sark ha escapado del avión, asesinado a los guardias y secuestrado a sus hijos. Si los quiere ver de nuevo con vida, la CIA ha de liberar a cinco agentes del Consorcio. George Reed no quiere negociar con terroristas pero Jack sugiere que se abran las negociaciones para ganar un poco de tiempo. Aunque la tensión entre los agentes y el político es palpable, al final acuerdan seguir el plan de Jack de lo cual Sark es perfectamente informado por Lauren. Mientras Sloane y Barnett deciden terminar su corta relación, Marshall ha localizado un refugio donde probablemente se encuentren los hijos de Dixon y ha interceptado parte de una conversación de Sark. La CIA monta un operativo de rescate con Dixon a la cabeza y confirman la posición de los hijos de Dixon, aunque resulta ser una trampa mortal de la que afortunadamente todos escapan con vida. La investigación del topo en la CIA lleva hasta las oficinas de Sloane en Suiza, pero es todo una trampa de Lauren, aunque Jack y Marshall no lo saben, así que Sloane es arrestado. Uno de los hijos de Dixon es liberado pero la demanda de Sark aumenta a diez prisioneros y advierte que no habrá una segunda oportunidad. Es demasiado para el director, que decide dejar el mando temporalmente. En realidad Dixon tiene que robar un invento de Rambaldi de las instalaciones de Nevada si quiere volver a ver a su hijo con vida y se lo confiesa a Sydney, que promete ayudarle. Ambos lo consiguen (¿había alguna duda?) y obtienen lo demandado: una extraña caja en uno de cuyos lados está escrito "Irina". Reed es informado de que falta la caja y observa que Dixon es uno de los que ha visitado las instalaciones secretas así que ordena que busquen al agente, pero Lauren habla con Vaughn y le dice que han de ayudar a Dixon. Gracias a esa ayuda, el intercambio del objeto por la hija de Dixon tiene lugar con éxito. Pero la sorpresa llega cuando Jack escucha una frase familiar salir de la boca de Lauren. De repente, todo encaja y Jack ya sabe quién ha estado saboteando sus misiones...

En México, Vaughn y Sydney son informados de que Bomani ha hallado la llave que abre la caja del episodio anterior y que tiene un verdadero interés en hacerse con lo que contiene. Las cámaras que grabaron el momento también captaron que el camión que llevaba Bomani pertenecía a Onmifam, la empresa de Sloane. Sloane, que está en prisión aguardando su ejecución, le cuenta a la CIA que los camiones fueron parte de su tapadera como doble agente de la Coalición y que puede facilitar el modo de localizarlos para probar su buena voluntad. Las dudas de Vaughn sobre su matrimonio se hacen cada vez más patentes y así se lo hace saber a su amigo Weiss y, más tarde, a su propia esposa con la que habla de separación. Lauren informa a Sark de la conversación y a este se le ocurre un plan algo descabellado: si el senador Reed muriera, Vaughn volvería a su lado a consolarla y eso les uniría de nuevo. Lauren no quiere ni oír hablar de la idea. Pero los pasos de Lauren ya no son tan secretos como antes ya que Jack está llevando a cabo su propia investigación sobre la señora Vaughn. Cuando reúne un número respetable de pruebas, se las entrega a George Reed, que no las cree en absoluto. Al regreso de una misión en Rusia, Vaughn le cuenta a Syd el tema de su separación y Sydney prefiere contener sus emociones y ser, por ahora, amiga de su ex amante. Lauren descubre que Jack ha estado siguiendo sus andanzas y Sark le sugiere de nuevo que asesine a su padre y le culpe de todo, argumentando que hizo que pareciese Lauren la espía. Mientras, Reed llama a Jack y le dice que quiere hablar con él. El objeto traído por Vaughn y Sydney de Rusia no muestra un mapa reconocible así que de nuevo recurren a Sloane, que confirma el hecho de que se trata de un mapa marino y no de una tierra en superficie. Con el satélite localizan el lugar en la costa de Japón y envían a Syd y a Vaughn a recuperar el objeto rambaldino. Lauren visita a su padre con la intención de asesinarle y el senador Reed, en un visible estado de sorpresa y shock, comprende que Jack tenía razón. Pero Lauren no es capaz de pulsar el gatillo aunque una inesperada aliada le hace el trabajo sucio. Cuando Jack llega, ya es tarde y encuentra a la desconsolada viuda Olivia Reed, que informa a Jack de que su marido, acorralado por las pruebas que apuntaban a él como traidor, les contó todo sobre el Consorcio y se suicidó. La misión en Japón no tiene éxito y al regreso, los lazos de Sydney y Vaughn se afianzan aunque todo se disuelve de nuevo cuando al regresar, Vaughn encuentra a su desconsolada mujer y decide volver con ella, como Sark predijo. Pero Dixon obtiene su venganza: aunque el senador Reed ha sido identificado como el traidor y eso elimina las sospechas sobre Dixon, se descubre que Sloane dio alguna información secreta a Reed que violaba los términos del acuerdo gubernamental y, por ello, su ejecución seguirá su curso...

Bomani y Sark abren la caja para descubrir que en su interior, Sloane había guardado el corazón de DiRegno. Según Sloane, el corazón es el motor de Il Dire (La Revelación), una máquina que al ponerse en marcha es capaz de escribir un mensaje del propio Rambaldi y así lo hacen Bomani y Sark. Dixon le pregunta a Sloane sobre el Pasajero y Sloane le dice que hablará sólo con Jack del tema, a pesar de que no quieran perdonarle la vida. El Consorcio también busca al Pasajero a través de las bases de datos médicas de todo el mundo y su gusano buscador ha llamado la atención de la CIA. Su modo de actuación hace pensar a Marshall que se puede tratar de un ingenio creado por un pirata llamado Cifra y envía a Sydney y a Vaughn a Berlín para localizarle, pero Lauren se adelanta y mata a Cifra, que tiene tiempo de entregar algo a Vaughn antes de morir. Jack habla con Sloane y confirma los cargos que el gobierno le imputa pero informa a Jack de que todo era parte de su trabajo en la Unión, un secreto grupo gubernamental al mando de George Reed que, a cambio de la obtención de información sobre Rambaldi, perdonaría la vida a Sloane. Jack le dice que si la Unión existe, por qué no hace que lo liberen a lo que Sloane no sabe responder, pero recuerda a Jack las deudas que tiene con él y le pide que demuestre la existencia de ese grupo. Sydney informa a Vaughn de sus sospechas: que creyó ver a Lauren en la discoteca de Berlín y que piensa que es una doble agente trabajando para el Consorcio. Vaughn no quiere creer una palabra pero antes de que finalice la discusión, Lauren aparece en el refugio berlinés donde están ambos agentes y se abraza a su marido, que creía que su esposa estaba en Inglaterra, arrojando las cenizas del senador al mar. La visita de Lauren no es casual: usando un anillo especial, logra corromper los datos que Cifra le dio a Vaughn en el pequeño disco duro, pero Marshall les informa de que en realidad no necesitan el código del gusano, ya que este no destruye información a propósito sino que la recopila, así que sólo tienen que extraerla del programa. Como Vaughn no escuchó a Sydney cuando le advirtió, esta vez es Jack el que va a hablar con el agente y ambos tienen un intenso enfrentamiento, a pesar de la insual apertura de Jack hacia Vaughn. Finalmente este le dice que ni Lauren es Irina ni él es Jack y que se meta en sus asuntos. Marshall ha obtenido la información que deseaba: el gusano contiene el ADN de una mujer pero no saben para qué podría necesitarlo, así que deciden identificar a la misteriosa mujer y localizarla para saber más de ella. Lauren también obtiene los datos del ADN y los descarga para entregárselos al Consorcio. La CIA, y el Consorcio a través de Lauren, localizan a la mujer en Milán, donde está siendo tratada por un doctor, pero Lauren llega primero, asesina al doctor y obtiene la información que busca. A pesar de ello, Bomani trata de eliminarla pero Sark acude al rescarte de Lauren y es Bomani el que acaba muerto. Jack obtiene la información que desea sobre la Unión, cuyo programa clave se llama Proyecto Centígrado. Cuando acude a Dixon para informarle, este le dice que las notas de la doctora Barnett sobre Sloane revelan que este tuvo una aventura con Irina durante el matrimonio con Jack. Lleno de rabia, informa a Sloane de que no ha encontrado información sobre la Unión. Las sorpresas no acabam. Vaughn registra las pertenencias de Lauren y halla entre ellas el material que usó para viajar a Berlín y matar a Cifra...

Cuando Jack pregunta a Irina qué es el Pasajero, esta desaparece misteriosamente sin mediar palabra. Jack intenta establecer una nueva comunicación con ella, pero no le resulta posible. Sark trata de obtener la misma información, esta vez de Conrad, con la ayuda de Olivia Reed. Al final ambos toman a Conrad y van a buscar ellos mismos al Pasajero. Vaughn, Jack y Sydney se reúnen en secreto y aquel les informa de lo que ha hallado sobre Lauren. Jack le dice a Vaughn que ha de actuar como si no lo supiera para que puedan obtener información sobre el Consorcio. Pero Vaughn no tiene mucho tiempo para reconciliar sus sentimientos porque la CIA le encarga junto a Sydney que intercepte en el desierto un convoy del Consorcio donde viaja Conrad y sus secuestradores. Desafortunadamente, Sark mata a Conrad cuando este está escapando pero antes de morir, tiene tiempo de decirle a Sydney que no se trata del Pasajero sino de la Pasajera: la hermana de Syd. Aún alucinada por la noticia, Sydney se lo cuenta a su padre y este le informa de que, dado que su madre tuvo una aventura con Sloane, es posible que su hermana sea la hija de ambos. Sydney va a visitar a Sloane a la cárcel y este le dice que se enteró de la existencia de su hija hace dos años (Cuentatrás) y que por eso construyó la Revelación, para obtener su ADN y localizarla a través de su organización médica mundial. Ahora el Consorcio va detrás de ella y Sloane pide a Syd que le ayude a ponerla a salvo. Mientras, la CIA descubre que el Consorcio va detrás de un documento llamado la Restauración que habla de la Pasajera así que Jack elabora un plan para obtenerlo y, a la vez, tenderle una trampa a Lauren que permita desenmascararla. Vaughn y Sydney siguen a Lauren que se reúne con su madre la cual dice a su hija que la Restauración está a salvo en su casa. Con la ayuda de Barnett, la CIA hace que Vaughn viaje con Lauren a casa de su madre para que allí, pueda robar la Restauración. Allí, Vaughn consigue hacer una copia del documento extrayéndolo de la caja fuerte de Olivia aunque casi es sorprendido por Lauren en el proceso. A través del documento descubren que la posición de la Pasajera será revelada por otro artefacto de Rambaldi llamado el Reloj de Arena y que sólo puede ser usado por el padre de la Pasajera, pero Sloane está apenas a unas horas de su ejecución. Jack va a visitar a Sloane y ambos tienen una tensa conversación junto a un vino que trae Jack sobre las deudas del pasado, Irina y sus hijas. Jack advierte a Sloane que lo que este hizo a su hija no es nada comparado con lo que le hará él a la suya. Chinchín. Mientras la ejecución de Sloane tiene lugar, Sydney está en misión secreta para recuperar el Reloj de Arena. Lo consigue y Sloane muere con Dixon, Jack y Lauren de testigos. ¿Sloane muerto? Claro que no. En el depósito de cadáveres, alguien saca el cuerpo de Sloane y le inyecta algo que le devuelve a la vida. Es Jack, el cual puso un misterioso componente en el vino anterior que, combinado con lo inyectado, falsificó la muerte de Sloane primero y permitió regresarle a la vida después. Ahora ambos pueden buscar a la Pasajera...

Jack le cuenta a Sydney que no entregó los papeles de la Unión al agente del Departamento de Justicia porque este era parte de la Unión así que improvisó la muerte y resurrección de Sloane. Este, por su parte, cuenta a Jack que según los manuscritos de Rambaldi, la Pasajera está considerada como un "conducto directo" a Rambaldi. Lo único que tiene que hacer es inyectarse con el líquido verde que Sloane probó en sí mismo y la Pasajera daría un mensaje procedente del mismo Rambaldi. Tras eso, toma el Reloj de Arena y obtienen la posición de la Pasajera. Mientras, Lauren ya sabe que Vaughn sabe que es una espía así que se pone en guardia frente a su marido. Este recibe una llamada de Brill en la que le dice que tiene información sobre su padre y que tiene que verle, así que Vaughn sale de Operaciones Conjuntas para reunirse con él y Lauren le sigue, pero Weiss sigue a Lauren a su vez. Brill le dice a Vaughn que su padre también era un seguidor de Rambaldi y que parte de su cometido secreto era liberar a la Pasajera de la KGB y llevarla con los seguidores de Rambaldi. Ahora Vaughn ha de continuar el trabajo de su padre o este habría muerto en vano. Tras una conversación, ambos acuerdan qué hacer pero cuando se separan, dos hombres enmascarados asaltan a Vaughn y se lo llevan. Mientras, Jack, Syd y Sloane necesitan contactar con cinco miembros de la Unión para acceder a un artefacto Rambaldi así que les tienden una trampa para que se reúnan y, gracias a la pericia de Sloane, obtienen el mapa de retina que necesitan. Mientras, Vaughn está siendo torturado por Sark, que quiere saber dónde se encuentra la Pasajera, información que aparentemente le dio Brill, pero por ahora Vaughn está aguantando el dolor sin soltar prenda, a pesar de la presencia de Lauren en el interrogatorio. La CIA, mientras, monta un operativo de búsqueda y rescate de Vaughn. Las pesquisas del trío de agentes les lleva a una prisión chechena donde la Pasajera se encuentra recluida. Los tres van a por ella. Jack advierte a Sydney que, a pesar de ser su hermana, no conocen nada a la Pasajera y que no deje que sus sentimientos la traicionen como sucedió con su madre. Los esfuerzos de Lauren y Sark para obtener la información les lleva a crear un montaje para que Vaughn crea estar hablando con la CIA y, así, obtener la información de la Pasajera. Vaughn logra darse cuenta y escapa pero de nuevo es apresado por su esposa, que le golpea y deja inconsciente. Como Sark obtiene la información por otros cauces, ambos deciden dejar a Vaughn seminconsciente y unido a una bolsa con una toxina que le vaya matando poco a poco. Afortunadamente, la CIA le rescata a tiempo. Syd se infiltra en la prisión y logra crear una situación de emergencia para salvar a la Pasajera, que se encuentra medio comatosa y atada a una cama. A pesar de lo dura que parecía con anterioridad, Sydney se ve superada por la situación y le dice que ella es su hermana y que va a rescatarla. En la huida, son alcanzadas por unos guardias pero la Pasajera reacciona, ya que su estado comatoso era sólo un engaño y, juntas, ambas hermanas consiguen escapar. La prisionera le dice a Sydney que es una agente secreta argentina y que por eso estaba fingiendo su estado. Además, le dice que su nombre es Nadia. En un refugio, Jack vuelve a advertir a su hija de que no cometa el mismo error que cometió con su madre, aunque Sydney no puede evitar que tiene una hermana. Nadia le dice a Sloane que sabe quien es pero este le asegura que ahora es un hombre nuevo desde que se enteró de su existencia. De repente, una explosión inunda la habitación y Sloane y Nadia desaparecen, dejando a Jack y Sydney apenas tiempo para esconderse de Sark y Lauren, que entran en el refugio. Parece que los días de traidor de Sloane aún no han llegado a su fin. Sloane huye con Nadia y, en un nuevo refugio, le inyecta el líquido verde, para horror de la paciente. Mientras, en el hospital, Sydney visita a Vaughn y le cuenta que la Pasajera es en realidad su hermana. Vaughn le cuenta a Sydney el destino de su padre y le advierte de una nueva profecía de Rambaldi: "La Pasajera y la Elegida lucharán pero ninguna sobrevivirá"...

En el refugio, Nadia está en un estado de trance a través del cuál escribe con los extraños símbolos de Rambaldi en papeles, que unidos, conforman el símbolo de Rambaldi. Cuando se repone del trance, trata de librarse de su sufrimiento y en el proceso rompe todos los frascos de líquido verde, aunque Sloane logra reducirla e inyectarle un sedante. Sin embargo, ahora tiene que obtener más líquido. Mientras, en Los Ángeles, Dixon presenta la información que han conseguido reunir de Nadia, que vivió hasta hace seis años en un orfanato y que fue reclutada por la inteligencia argentina, que la envió a Chechenia en su primera misión. Poco después, la CIA ha detectado al contrabandista que va a venderle el líquido verde a Sark (en lugar de a Sloane) y saben que es un modo de localizar a Nadia, así que los de la CIA pretenden poner un trazador en el líquido para poder llegar hasta el refugio de Sloane. Ambos viajan a Rusia y se infiltran en un antiguo laboratorio ruso donde son interceptados por Katya Derevko, que les ayuda a escapar. Katya les cuenta que cuando Irina regresó de EEUU a Rusia fue apresada bajo los cargos de espía y dio a luz a Nadia en la cárcel, donde le robaron a su hija para someterla a experimentos, incluyendo la escritura de Rambaldi que no pudo finalizar porque el padre de Vaughn la liberó a tiempo. Tras eso, Katya se unió a la KGB para ayudar a Irina a encontrar a Nadia. Mientras Sloane descubre que el vendedor de líquido verde no aparece sino que son Sark y Lauren los que le entregan el líquido a cambio de beneficiarse de sus resultados, en Los Ángeles Marshall informa a sus jefes que el líquido contiene una serie de sustancias que hace que Nadia mueva el brazo inconscientemente y escriba los papeles. Viendo de nuevo el vídeo de Nadia niña sujeta a experimentos descubren que el doctor responsable era el mismo Traje y Gafas. Como este ha tenido contactos recientes con Sloane, Syd y Jack han de localizar a Jong Lee (su verdadero nombre) en Cuba mientras que Jack ha de ir a la casa de Katya a buscar pistas sobre su conexión con todo este asunto. Pero Jack tiene más cosas en la cabeza. Antes de salir de Operaciones Conjuntas, le da a Vaughn una llave de su depósito y le sugiere que "acabe" con la situación actual de su esposa, lo cual le ayudará a concentrarse en sus tareas y continuar con su vida. Aunque Vaughn rechaza la ayuda, Jack le dice que se quede con la llave y se marcha a ver a Katya, con la cual tiene una interesante conversación sobre el pasado de Jack con Irina y algunas otras cuestiones personales. Traje y Gafas no supone mucha ayuda pero Jack si consigue tirar un poco del hilo lo que le lleva hasta Toni Cummings, aún en custodia de la CIA. Al parecer, Sloane encargó a Cummings un sistema de seguridad y esta le dice a Jack que si la liberan, podrá llevarles hasta él. Junto a Marshall, descubren que Sloane está en Kyoto. Mientras la CIA está en camino, se produce un tiroteo entre los hombres de Sloane y Sark y Lauren, por lo que al llegar Toni y compañía, la situación es bastante confusa. Todos entran a salvar a Nadia pero Vaughn y Cummings persiguen a Lauren aunque logra escapar, lo mismo que Sloane. Junto a Nadia, Sydney y Vaughn son evacuados en helicóptero y aunque Sydney jura proteger a su hermana, esta le dice que Sloane, en realidad, no quería hacerle daño. Marshall anuncia que aunque Nadia no completó los documentos, probablemente haya sufiente texto para obtener la información que contiene: el paradero de Rambaldi (según el doctor Lee). Dixon quiere saber por qué Sloane se escapó y Sydney responde que no se pudo hacer otra cosa aunque sabe que fue culpa de Vaughn y así se lo hace saber en privado. Vaughn sabe que Syd tiene razón así que decide acabar con el asunto como le sugirió Jack y visita el almacén que el agente le cedió. Y Jack decide visitar a su cuñada para no pasar por todo esto a solas...

Es un día normal y Sydney atraviesa los controles de seguridad para accederá a la Fuerza de Operaciones Conjuntas, depositando en las papeleras algo que parecen teléfonos móviles. Se dirige directamente al despacho de Marshall y comienza a descargar una serie de datos. Enseguida descubrimos que es Lauren con una máscara increíblemente bien hecha y al ser descubierta por Marshall, Lauren/Sydney le dispara y huye de la Fuerza, momento que aprovecha Sark para activar los explosivos de las papeleras. Aunque Lauren logra huir, Sark es detenido y su interrogatorio será llevado a cabo por Vaughn. Tras obtener la información que desea, la localización de Lauren, Vaughn va tras ella con el claro objetivo de matarla (a pesar de que Sydney trata de disuadirle) antes de que la CIA la aprese, sabiendo que ha sido ella la que ha atacado Operaciones Conjuntas. Sydney trata de seguir los pasos de Vaughn pero no puede acceder a la transcripción del interrogatorio porque Jack ha clasificado la información y no está dispuesto a impedir que Vaughn asesine a Lauren. Pero parece que esta no morirá esta noche; Vaughn ha reflexionado y, por Syd, no matará a Lauren. Por Syd y por algún misterioso aliado de Lauren, que apuñala a Vaughn por la espalda. Más tarde, viendo a Vaughn en el hospital, Sydney le dice a su padre que Lauren merece morir. Mientras, Sloane habla con Nadia y le habla de la Esfera de la Vida, un lugar lleno de cosas de Rambaldi pero su hija le dice que no le seguirá, aunque Sloane le informa de donde se encontrará por si cambia de idea. En la prisión, Lauren es encarcelada junto a Sark que le dice dónde se encuentra la ecuación de Rambaldi y su clave de acceso pero, sorpresa, Lauren no era tal sino Sydney disfrazada como ella. Accediendo al servidor, descubren que la información son unas coordenadas correspondientes a una zona de Palermo. Jack le advierta a Sydney que allí habrá muchos agentes del Consorcio y que le deje a él ir en su lugar pero Syd, extrañada, dice que no importa y que ya se encargará ella del asunto. El lugar concreto es una excavación al aire libre. En el hospital, Vaughn y Weiss trazan un plan para que aquel pueda escapar del hospital ya que están convencidos de que Sydney se dirige a una trampa porque fue Katya quien le apuñaló. El plan funciona y Vaughn escapa. En la excavación de Palermo ya es de noche, por lo que Sydney aprovecha para infiltrarse pero se encuentra con Katya, que le dice que al ser una operación del Consorcio, quiere infiltrarse también por si está relacionada con Rambaldi. Sydney le da una pistola a Katya y esta aprieta el gatillo contra su sobrina pero Syd había vaciado el cargador y es ella la que dispara un tranquilizante contra su tía. Justo en ese momento, Lauren llega a la excavación. Nadia cambia de idea y se reúne con Sloane, informándole de que alteró a propósito las ecuaciones de Rambaldi para que el Consorcio no hallara nada, así que le propone que ambos busquen los artefactos. En la excavación, Sydney y Lauren pelean y cuando la segunda se ve acorralada empieza a gritarle a Syd que si le mata, nunca sabrá nada de la verdad que ella sí conoce como que la CIA conocía su paradero durante los dos años que estuvo desaparecida o por qué no ha visto a su madre o si el hecho de que su hermana y ella sean agentes es una casualidad o algo más... Lauren le dice que existen pruebas sobre lo que dice en una cámara de seguridad pero entonces aparece Vaughn y mata a Lauren, aunque esta tiene tiempo de darle a Sydney los datos de la cámara. Tiempo después, Sydney viaja hasta la ciudad donde se encuentra la cámara de seguridad y allí halla lo que parecen papeles gubernamentales clasificados como alto secreto. En ellos se describe un proyecto denominado S.A.B. 47, iniciado el día del nacimiento de Sydney y siendo la propia Syd la cobaya del proyecto. La sorpresa llega cuando descubre que el responsable del S.A.B. 47 es Jack Bristow. Sydney sigue leyendo algo que parece terrible y descorazonador pero es interrumpida por el propio Jack que le dice: "nunca deberías haberlo visto"...