Frank entra en estado de alerta cuando una amenaza a la ciudad de Nueva York puede ser inminente después de un ataque terrorista en el Oriente Medio.

Un caso de un posible asesino en serie es asignado a Danny y Baez. Erin considera ser juez; un candidato a la alcaldía afirma que Frank ha estado investigando secretamente a su esposa; y Eddie confronta a su padre.

Cuando el reportero de un periódico se convierte en objetivo al vestir un equipo de la policía de Nueva York durante un paseo, Frank piensa que el tirador tiene como objetivos a los policías.

Uno de los informantes de Erin abandona el programa de protección de testigos para dar a su ex jefe una coartada; Frank y el notario del cuerpo de bomberos de la ciudad de Nueva York se meten en una guerra.

Danny se une a la búsqueda de dos convictos que han huído después de saber que uno de ellos es alguien a quien ayudó a ser encarcelado injustamente.

Imágenes de una cámara parecen mostrar a Jamie cometiendo brutalidad policial en una manifestación; Además, Danny y Baez investigan un caso de violación que implica a un abogado de derechos civiles que afirma que los cargos fueron aplicados por venganza.

El único Mustang que queda y que fue conducido por Steve McQueen en "Bullit" es robado; Una orden del fiscal de distrito pone Frank y Erin en desacuerdo.

Cuando Danny y su familia son amenazados por Thomas Wilder, un asesino en serie que Danny ha sido incapaza de capturar, la preocupacion de Linda se intensifica sobre el trabajo de su marido tambien como el estado de su matrimonio. Jamie se enfrenta a su oficial superior el sargento William Mulvey durante una situacion de rehenes.

El investigador Anthony Abetemarco ayuda a Erin cuando se ve obligada a llevar un caso de su colega Kelly Blake; Eddie y Jamie se hacen pasar por una pareja de ancianos con el fin de atrapar a una banda.

Danny es interrogado por un investigador de la Fiscalía cuando su ex pareja es acusada de colocar pruebas con el fin de concluir un caso de homicidio. Además, cuando los activistas anti-gubernamentales radicales amenazan con quemar públicamente una bandera estadounidense, Frank se enfrenta a los límites de la libertad de expresión.

Frank se preocupa por si los detalles desvelados en un libro sobre su pasado en la policía pueden afectar a su actual carrera. Mientras tanto, Erin y el Investigador de la D.A, Abetemarco, investigan el asesinato de otro investigador de la misma unidad en un bar donde acaban en una conspiración.

Un pandillero es encontrado con un disparo en su coche y su chico de los recados está atado en el maletero; un oficial de la policía de Nueva  York pide un nuevo número de placa, el mismo número del hijo fallecido de  Frank,  Joe.

Frank se ocupa de las consecuencias del disparo que realizó un policía retirado contra un asaltante. Por otro lado, un preparador no respeta la autoridad, mezclándose con Janko y el hombre culpable de la muerte de un amiga de Baez hace 25 años ha vuelto, ella y Danny buscan la manera de llevarlo ante la justicia.

Cuatro mujeres utilizadas en un burdel local, admiten haber matado a su jefe. Danny y Baez deben encontrar al verdadero asesino; Frank y su cura discuten sobre la misericordia en la Iglesia Católica, mientras que la bella Nicky Reagan-Boyle se mete en problemas de drogas con sus amigos, pero ninguno asume la culpa.

Erin es sobrepasada por la culpa despues de que un hombre que ella libero es acusado de matar a un policia. Frank y el alcalde Poole continuan su juego politico sobre su reeleccion como comisionado. Danny y Baez investigan el caso de un policia que ha desaparecido.

La mas reciente Presidenta del Consejo de la Ciudad de Nueva York, siempre descontenta, quiere desmantelar la "Política de Ventanas Rotas" de la policía de Nueva York, una propuesta a la que Frank se opone con vehemencia. Mientras, Erin se preocupa cuando la esposa de su buen amigo y mentor, el juez Wilson, muere como consecuencia de un accidente bajo los efectos del alcohol y, de repente, su sentencia se ejecuta fuera de lo establecido.

Jamie y Danny están en desacuerdo sobre cómo tratar con un novato imprudente de la policía de Nueva York. Se trata de Marcus, el hijo de un amigo de Danny. Además, cuando el investigador de Erins, Anthony, entra en una mala inversión por su primo, ella se ofrece a estudiar el caso.

Frank y Danny tratan de ayudar a un ex convicto rehabilitado cuando se ve envuelto en el asesinato de un enemigo; un ex fiscal le niega la ubicación de un supuesto asesino a Erin mientras se prepara para el juicio.

Un agente implicado en un polémico tiroteo con una persona desarmada hace 14 años es propuesto para una promoción, lo que provoca una mezcla de sentimientos de varios agentes de la policía de Nueva York además de obligar a Frank Regan a tomar una difícil decisión.

Cuando el asesino en serie Thomas Wilder le concede un mensaje a su última víctima en el que se burla de Danny, su juego mortal del gato y el ratón se vuelve personal para Danny.

Erin Reagan busca al testigo de un juicio desaparecido que ha huido por temor a posibles represalias.

En el final de temporada, estalla un escándalo público cuando un policía no es acusado por disparar a un adolescente, y las consecuencias afectan a Frank, al alcalde y a la oficina de Erin. Más tarde, un oficial recibe un disparo en un posible caso de venganza, por lo que Danny busca al posible tirador.