En 2036, la División Fringe debe localizar a uno de sus miembros principales si quieren ser capaces de luchar contra la opresión de los Observadores. Los conocimientos de Etta y ciertos recuerdos del pasado serán vitales para conseguirlo.

La División Fringe regresa al laboratorio de Walter en Harvard, que ahora está controlado por los Observadores, para intentar encontrar la información que necesitan para salvar el mundo.

En su intento de luchar contra la opresión de los Observadores, la División Fringe termina en un bosque en el que se encuentran con un extraño grupo de personas dedicadas a conservar la historia de la especie humana.

Cuando la División Fringe localiza una pista en un lugar fuertemente custodiado, Phillip Broyles reaparece, pero no está claro si sigue siendo una persona de fiar.

Cada uno de los miembros de la División Fringe se enfrenta de una forma diferente a la tragedia que han sufrido, y esto afecta a la forma de plantearse su próximo golpe a los Observadores.

Walter intenta buscar por su cuenta una pieza fundamental para la batalla contra los Observadores en un lugar en el que las normas son diferentes. Mientras tanto, Olivia intenta salvaguardar su relación con Peter a pesar de la pérdida que han sufrido, pero no sabe que él ha tomado una decisión que podría cambiarlo todo.

Peter cada vez está más implicado en su lucha particular, y no le importa arriesgarlo todo para obtener su venganza. Mientras tanto, una nueva cinta de Walter conduce a la División Fringe a intentar recuperar un artilugio del pasado, y a reconectar con una persona muy querida.

Mientras intenta recuperar una pieza fundamental del plan de Walter, Olivia se encuentra con una persona muy intuitiva llamada Simone. Además, Peter se pone en peligro cuando está espiando a su principal enemigo.

Intentando recordar su plan para vencer a los Observadores, Walter decide recurrir a las drogas, con resultados impredecibles. Mientras tanto, Peter y Olivia tratan de localizar el origen de una misteriosa señal que les conduce a un bosque... y a una macabra escena.

La División Fringe está llegando a un punto crítico: se quedan sin tiempo para salvar el mundo, y son incapaces de comunicarse con Michael, por lo que toman una decisión arriesgada pero necesaria: pedir ayuda a Nina Sharp.

A Peter, Olivia y Walter se les está acabando el tiempo, pero no se detendrán ante nada con tal de salvar al mundo del dominio de los Observadores. Walter está decidido a hacer lo que sea necesario para averiguar más cosas sobre Donald y, en el camino, obtiene información inesperada. Mientras tanto, el capitán Windmark también trata de atar ciertos cabos.

Un imprevisto relacionado con Michael hace que la División Fringe tenga que embarcarse en un plan desesperado, que implica que Olivia arriesgue su vida realizando un peligroso viaje para evitar que los Observadores frustren el plan.

En el último capítulo de la serie, para conseguir la última pieza necesaria para el plan, Septiembre necesita la ayuda de otro Observador. Broyles va camino del lugar en que se encuentra la División Fringe, sin saber que Windmark le sigue los pasos de cerca. Peter se entera de la dolorosa decisión que ha tomado Walter, y Olivia tendrá, de nuevo, que jugar un papel fundamental para salvar el mundo. La batalla definitiva contra los Observadores por el destino de la Humanidad está servida, y no hay vuelta atrás.