Estados Unidos, 2045. La comandante y su equipo —además del novato Stan— trabajan como mercenarios y protegen la Ciudad Cerrada de criminales. Togusa recibe una llamada.

Los Saqueadores atacan a GHOST con drones inteligentes, obsequio de un generoso benefactor. Togusa acepta una nueva misión del pacifista primer ministro japonés.

Mientras Togusa rastrea el ciberespacio en busca de los miembros de su antigua brigada, una misteriosa organización estadounidense quiere contratar al equipo.

Togusa asume algunos riesgos mientras investiga la desaparición del equipo y de John Smith. Los miembros de Ghost empiezan a cuestionar la naturaleza de su misión.

Aramaki busca a Kusanagi contrarreloj. Los miembros de Ghost empiezan su misión, pero la seguridad cibernética de Huge los obliga a cambiar de planes.

Tras la reunión de la Sección 9, Kusanagi y el resto del equipo estudian a los "poshumanos", una amenaza desconocida para la humanidad.

De vuelta en Japón tras seis años, Bato se toma un respiro mientras espera la llegada del equipo. Su alegría se ve interrumpida por unos ladrones de bancos de poca monta.

La nueva misión de la Sección 9 enfrenta a Kusunagi y Smith. Togusa, por orden de la comandante, investiga a un posible espía próximo al primer ministro.

Las complicaciones para la Sección 9 surgen cuando uno de los tres poshumanos de Japón asesina a varios políticos y ataca al suegro del primer ministro.

La Sección 9 investiga el rastro de un posible hacker poshumano que usa la red para inducir ataques físicos en personas. Las pistas conducen a un estudiante de instituto.

Pudding ayuda a analizar el programa Policía del Pensamiento mientras la comandante y Togusa buscan pistas sobre un estudiante poshumano llamado Takashi Shimamura.

Togusa sufre un extraño incidente mientras analiza los datos confiscados a Shimamura. Cuando se despierta, él y Bato se van a investigar.