Steve McGarrett y Wo Fat consiguen escapar de la cárcel de máxima seguridad y poco después un grupo de hombres armados del Frente de Liberación Nacional irrumpe en la sede del unidad 5.0, hecho que podría revelar el paradero secreto de Kono y Adam en Hong Kong y obligar a McGarrett a saltarse la ley. Además, Steve tratará de hacer todo lo que esté en su mano para encontrar a Catherine, víctima de un secuestro.

Una investigación de asesinato lleva al equipo a donde un Guardabosques de Texas (Tim Daly) que ha llegado a Hawaii para buscar a su hija desaparecida. Mientras tanto, en Hong Kong y con su ubicación expuesta, Kono y Adam lucha por sus vidas.

Un teórico de la conspiración (Jorge Garcia) ayuda al 5.0, cuando un artefacto que falta es la clave para resolver un doble asesinato.

El 5.0 investiga el asesinato de un intruso en una boda, y su principal sospechoso es la novia la cual sale a la fuga. Mientras tanto, Danny toma una gran decisión con respecto a su relación con Gabby.

Cuando el trabajo de vigilancia de Catherine aparentemente inofensivo da un giro mortal. Adam considera hacer el último sacrificio para salvar a Kono.

Es Halloween y un tiroteo tienen al 5.0 en busca de un hombre que lleva a cabo experimentos convirtiendo a los humanos en criaturas parecidas a los zombis.

Steve es encargado del cuidado del recien adoptado bebé de Mary su hermana , a pesar de que el 5.0 debe investigar el asesinato de un agente encubierto de la ATF (Agencia de Alcohol, Tabaco, Armas de Fuego y Explosivos).

McGarrett y Grover deben trabajar juntos para proteger la seguridad nacional después de que el gobernador les ordena que sigan las órdenes instrucciones de un joven hacker.

Es Acción de Gracias y McGarrett y el resto del equipo están jugando al fútbol hasta que McGarrett tuvo que volver corriendo a su casa donde su hermana olvidó descongelar el pavo. Y de repente suena el timbre y sorpresibamente es la tía de McGarrett Deb (Carol Burnett), que los visita inesperadamente. Mientras tanto, Chin está en el teléfono con Kono la cual se entera que Adam podría estar escondido en Seattle y va hacia allí para comprobarlo.

Cuando alguien intenta matar a un veterano de Pearl Harbor, el 5.0 investiga y desentierran décadas de evidencia de un crimen horrible en un campo de internamiento en Oahu durante la Segunda Guerra Mundial. Pero afortunadamente, McGarrett encuentra un final feliz cuando comparte una conexión conmovedora con alguien de su propio pasado.

La vida de Chin se pone en peligro cuando una investigación de asesinato revela que la persona detrás del crimen puede ser un asesino en serie. Mientras tanto, Danny y Grace encuentran una caja misteriosa e intrigante varada en las costas de Oahu.

Danny coquetea con una mujer en una estación de gasolina y luego la rescata después, de que le disparán, mientras tanto el resto del equipo van detrás de un amigo de Grover que resulta que está huyendo.

El asesinato del padre de Chin, hace 15 años se convierte en el foco de Asuntos Interior, y hay preguntas sobre la relación con Malia y su impacto a la investigación previa.

McGarrett y Danny son secuestrados por un preso fugado que quiere al 5.0 para probar que es inocente. Mientras tanto, Grace se mete en problemas cuando ella le pega a alguien en la escuela.

El equipo investiga el cuerpo de un agente de bienes raíces que es encontrado, enterrado en uno de sus anuncios. mientras tanto la Madre de Danny llega inesperadamente a la ciudad con algunas noticias muy sorprendentes.

El 5.0 investiga tres asesinatos que parecen relacionados con un satélite chino de alto secreto derribado. Mientras tanto el Capitán Grover permite a Clara que lo acompañe en un viaje.

El 5.0 intenta descubrir lo que se esconde detrás de una desaparición de una chica que fue secuestrada en su casa y su padre fue disparado.

Durante la reunión de la secundaria de Chin Ho, uno de sus compañeros es asesinado con un tacón de aguja y tiene un efecto sobre Jerry. Mientras tanto, McGarrett y Danny van a un lugar para encontrar un cuerpo que a McGarrett le revelara un secreto. El 5.0 investiga sobre el asesinato y el novio de la víctima en el pasado que estuvo desaparecido durante los últimos 25 años, pero más tarde se revela que el hermano de la víctima es un cómplice del asesinato.

Kono, Chin Ho, Catherine y Lou están en una carrera contra el tiempo para salvar a Danny y McGarrett de un edificio que explotó encima de ellos, mientras tanto están en la búsqueda de un sospechoso de un caso.

Un limpiador de la piscina es asesinado y la investigación descubre una posible amenaza terrorista de estudiantes radicalizados que planean atacar en territorio de EE.UU.. Mientras tanto, Chin Ho hace pesca submarina con Grover. Por otra parte, Danny se recupera de la explosión del edificio.

Steve y Catherine viajan a Afganistán para ayudar a un niño cuya familia es responsable de salvarle la vida de Catherine, hace muchos años.

El Capitán Grover debe robar 100 millones de dólares con el fin de recuperar a su hija secuestrada.