El paisaje ha cambiado completamente. Ahora, el doctor Peter Farragut y Sarah Jordan se unen a Kyle Sommer para luchar contra un nuevo virus mortal en una misteriosa isla boscosa, habitada por una secta con ideas utópicas. En la isla descubrirán hasta dónde ha sido capaz de llegar la corporación de Ilaria y cómo un nuevo y mortal virus presenta una amenaza para la humanidad.

El equipo del CDC (Centro de Control de enfermedades) sigue investigando en la isla; al mismo tiempo, descubren que el hermano de Peter, Alan, es un miembro destacado del culto de “El hermano Michael”, y sus advertencias para que abandonen la abadía caen en oídos sordos.

Los contagios en la abadía resultan cada vez más peligrosos, lo que conduce a Alan a tomar decisiones drásticas; mientras, Jordan y Peter comprueban que se encuentran en peligro después de abandonar las puertas. En otro lugar, cambian las tornas cuando Kyle encuentra a un grupo de niños aparentemente inocentes; y, en el futuro, Walker se cruza con un Hatake poco cuerdo.

Michael lucha para mantener la abadía bajo control mientras que el resto del equipo del CDC avanza rastreando el origen del patógeno; al mismo tiempo, Alan trata de reunirse con sus antiguos compañeros, pero debe llegar a un acuerdo con Peter. En el futuro, Walker toma el riesgo de intentar escapar de su delirante padre.

Michael encierra a Peter y a Alan en un hoyo. Alan se escapa y descubre que Kyle guarda un secreto de los suyos. Agnes revela una sorprendente verdad a Michael, que cambia de manera drástica la forma que tiene de pensar sobre él. En el futuro, Caleb descubrirá el engaño de Walker y tomará cartas en el asunto.

Mientras la muerte acecha a Agnes, Amy crea un brote de la enfermedad y Michael atormenta a Peter en el hoyo. Alan, Jordan y Kyle descubren la verdad sobre cadena alimenticia contaminada en la abadía, pero Alan está drogado y ataca a Jordan. Un levantamiento en la abadía amenaza la seguridad de los no infectados. Mientras tanto, en el París actual, Walker convoca a Balleseros.

Las cosas van de mal en peor en la isla. Por otra parte, Walker decide ir a St. Germain tras conocer la existencia del hermano Michael.

A medida que el equipo de los CDC asumen la devastación del suicidio en masa de Michael, la Guardia Costera llega con la noticia de un nuevo brote. Mientras tanto, indignada por su encarcelamiento, Amy toma el control de la abadía, cerrando a Michael en el hoyo. Jordan, convencida de que su bebé todavía vive, revela la verdad de los inmortales a Kyle a cambio de su ayuda. En el futuro, la búsqueda de Walker de la espada perdida de Hatake, profundiza en los secretos de la abadía.

Alan, Kyle y Winger exploran el bosque en busca del misterioso árbol que produce savia roja, una sustancia que podría convertirse en una cura para el patógeno.

En la Abadía, la Hermana Amy hace un trato para conseguir la inmortalidad, mientras que en el bosque comienza una carra para encontrar el Árbol Sangrante que tiene la cura para el patógeno, ahora que Kyle está infectado.

Walker se prepara para implantar el bebé de Jordan dentro de Amy. Al mismo tiempo, la Marina se prepara para implementar el Plan B, una solución final creada para contener al virus y que los infectados por él nunca abandonen la isla.

Kyle y Jordan tratan de escapar de la isla donde están siendo cazados por los seguidores de la secta. Por otro lado, Walker y Alan continúan su búsqueda del Árbol Madre, ya que si lo encuentran podrán detener el plan mortal de ILARIA.

En el último episodio de la temporada, Alan trata de destruir el Árbol Madre, pero cuando Peter le descubre trata de destruirle a él en su lugar al provocar un incendio en la Abadía.