Un profesor de genética sigue la investigación secreta de su padre: hallar personas cuyos superpoderes pueden ser el próximo paso en la evolución humana.

Hiro viaja desde el 2 de octubre en un metro en Japón al 8 de noviembre en Nueva York. Nathan Petrelli intenta olvidar su vuelo reciente para salvar a su hermano, Peter Petrelli, y le miente. El agente de policía Matt Parkman puede oír los pensamientos de cada uno a su alrededor.

Hiro requiere la ayuda de su amigo Ando. Claire sufre una lesión que ella no puede curar inmediatamente. Mohinder descubre las conexiones de su padre con Sylar. Matt sufre un desvanecimiento en un bar después de ver al haitiano.

Matt es secuestrado por el Sr. Bennet y el haitiano. Hiro y Ando juegan en Las Vegas y consiguen, más adelante, ser atrapados por cuatro hombres. En el mismo casino Niki conoce a Nathan. Peter Petrelli se encuentra en el Metro con el Hiro Nakamura del futuro, quién le pide que cumpla una misión en concreto, finalizando con la frase "Salva a la animadora, salva al mundo".

Mohinder para de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece y es buscado por el policía.

Mohinder deja de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece, y es buscado por el policía.

El hermano de Claire descubre la cinta. Matt y Audrey Hanson investigan un asesinato. Peter le pide ayuda a Nathan para encontrar una pintura. Se revela casi al final que Micah Sanders tiene una habilidad.

Hiro conoce a Charlie Andrews, la cual tiene el poder de una supermemoria, en un restaurante. Sylar mata a Charlie cortándole el cerebro. Un muchacho misterioso visita a Mohinder en sus sueños, lo que hace que éste reconsidere el seguir la búsqueda de los superdotados que iniciara su padre.

La fiesta de bienvenida de la secundaria de Claire da signos de mortalidad. Peter intenta salvar a la animadora. Hiro intenta corregir lo que él cree que ha hecho mal. Sylar confunde a Jackie Wilcox con Claire y se da cuenta, demasiado tarde, de que Claire es a la que él quiere. Sylar y Peter luchan y caen de la azotea, quedando ambos heridos y tumbados en el suelo. Peter se cura de sus heridas al acercársele Claire, por la capacidad de absorber poderes que posee. Mientras, Sylar ha desaparecido. Sylar, más tarde, es capturado por Eden. Claire revela su secreto a su padre.

Hiro intenta cambiar la muerte de Charlie yendo atrás en el tiempo seis meses antes desde el comienzo de la serie. La tragedia pulsa a la familia Petrelli, Claire hace un descubrimiento sorprendente, y Chandra Suresh llega a Nueva York con la lista, y visita a un relojero que resulta ser Sylar.

Isaac intenta pintar el futuro sin usar las drogas. Matt y Audrey investigan el desastre de "Homecoming". Niki hace un movimiento peligroso para proteger a su familia. Peter teme lo impensable: él es responsable del desastre que viene.

Mientras está en coma, Peter tiene otra visión que esté inquietante también para que él haga frente solamente. Hiro comienza su búsqueda de la espada de Kensei. Claire comienza a reconstruir su vida.

Peter continúa siguiendo al hombre invisible mientras que su hermano Nathan búsca la ayuda de Mohinder. La esposa de Matt llega a un arreglo con la habilidad telepática de Matt. Hiro y Ando son secuestrados por los hombres que trabajan para su padre. Claire busca a sus padres biológicos. Micah utiliza sus energías para tomar grandes cantidades de dinero de un cajero automático.

Claude sirve como un mentor para Peter y lo fuerza reevaluar sus relaciones con sus seres amados. Claire se encuentra con su madre biológica, Meredith Gordon. Hiro intenta explicar su misión a su padre y hermana, quienes tienen otros planes para él. Sylar escapa y hace una visita a la señora Bennet. Niki sale de la prisión, pero ella se encuentra encarcelada por Jessica.

Mientras que baja la autoestima de Claire en el casa aparte, ella busca ayuda de sus padres biológicos, pero las cosas no van como ella desea. Una mujer se interpone entre Hiro y Ando, forzando a los dos amigos a separarse. Mohinder es inconsciente que él está resolviendo el asesino de su padre, Sylar. Matt y Jessica juegan un juego mortal del gato y del ratón.

Sylar viaja con Mohinder y obtiene una nueva habilidad. Después de juntarse con Ando, Hiro hace una opción difícil. El Sr. Bennet y el haitiano intentan sin éxito capturar a Claude y a Peter, y Claude decide abandonar a Peter. Ted Sprague, Matt, y un nuevo heroe, Hana Gitelman, buscan respuestas de una sobre las marcas en sus cuellos. Cuando llevan señora Bennet al hospital, Claire revela al Sr. Bennet que ella no confía en él. Peter abre sus habilidades para atacar a Isaac, lo que da lugar a una tragedia.

Matt y Ted toman de rehén a la familia de Bennet en busca de respuestas. Más se revela sobre Sr. Bennet, la agencia para quien él trabaja, y cómo él adoptó a Claire. Ted pierde el control de sus habilidades y quema la casa de los Bennet. El haitiano se escapa con Claire. Revelan a una nueva persona con energías, Candice Wilmer. Historia lateral sobre el Sr. Bennet.

Con la elección asomandose, Nathan tiene una reunión que inquieta a Linderman y hace frente a una decisión difícil. Niki intenta parar a Jessica. Hiro encuentra la espada con ayuda de Nathan y de Ando, pero después descubre un futuro oscuro. Claire encuentra respuestas mientras que su padre sustituto consigue en apuro con Primatech. Sylar se encuentra cara a cara Mohinder y Peter.

Linderman revela su visión del futuro a Nathan. Thompson y Candice tienen al Sr. Bennet como prisionero, mientras que Sylar captura a Isaac. Claire se encuentra con Peter nuevamente y ve a su padre por primera vez. Hiro conoce a alguien inesperado.

Hiro y Ando se encuentran cinco años después de la destrucción masiva de Nueva York. Etiquetan como terroristas y se está colocando, buscado, y se está matando a la gente con capacidades extraordinarias. Hiro y Ando se reúnen con versiones más oscuras de los otros héroes con objeto de un arreglo de cuentas con el presidente. Esto incluye un lado más oscuro de Matt, de una Jessica/Niki con un ganador claro en su batalla, de una Claire con cabello marrón, versión futura Hiro, y de un Sylar cambiante.

Hiro y Ando están determinados a parar la explosión. Nathan toma medidas que sorprenden para ganar la elección. Jessica y D.L. descubren cómo su familia fue ajustada en los planes de Linderman. Sylar visita a su madre. Thompson trae a alguien nuevo en la compañía. Historia lateral sobre Sylar.

Nathan se hace un miembro del congreso, pero debe considerar ésos que él ama o el consejo de su madre y Linderman. Hiro aprende del linaje de su padre, y se prepara para hacer frente a Sylar a la muerte. Peter y Ted procuran salir de Nueva York antes de la explosión. Matt y Sr. Bennet aprenden la verdad detrás del sistema que sigue de la compañía.

Las horribles predicciones de Isaac comienzan a revelarse, y las personas normales con capacidades extraordinarias hacen frente a momentos del dolor y del peligro en la Plaza Kirby con fuerza y heroísmo mientras que el primer volumen de “Héroes” termina y el siguiente comienza.