Mientras Peter y Matt descubren la identidad de la persona que disparó a Nathan, Sylar hace una visita a Claire con el fin de conseguir su habilidad regenerativa. Por su parte, Hiro y Ando descubren un secreto sobre la familia Nakamura. Gracias a Maya, Mohinder realiza un gran descubrimiento que podría cambiar el mundo o destruirlo.

Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le ha cambiado. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.

HRG y su nuevo socio van a atracar un banco con cuatro villanos, incluyendo a Peter atrapado en uno de ellos. Hiro y Ando siguen a Daphne hasta Alemania, y se encuentran con el haitiano. Tracy Strauss va a New Orleans para encontrar más información sobre Niki. Meredith enseña a Claire a pelear. Usutu enseña a Matt varios cuadros sobre él.

Peter intenta evitar que un presagio de un futuro apocalíptico se materialice valiéndose de una nueva y peligrosa habilidad.

Claire se acerca a su primer objetivo, un fugitivo del nivel 5 llamado Stephen Canfield que escapó y es capaz de producir agujeros negros.

Claire se acerca a su primer objetivo, un fugitivo del nivel 5 llamado Stephen Canfield que escapó y es capaz de producir agujeros negros.

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy combatirán por su vida contra un muy cambiado y monstruoso Suresh, para poder liberarse y ya de paso liberar a Maya y otros sujetos de prueba del buen doctor. Elle volverá a electrizarnos, algo que supondrá un gran impacto para Claire y su familia. Mientras tanto, enterada de la derrota de Peter por parte de sus rivales de Pinehearst, Angela intentará convencer a Sylar para que salve a su hermano. Daphne se verá en la obligación de asesinar a Matt o será eliminada al no querer éste unirse a los villanos. Por otro lado, asombrado ante el poder del Africano precognitivo, Usutu, Hiro aprenderá por las malas su obligación de detener a los villanos de Pinehearts.

Para prepararse ante la confrontación, Hiro seguirá al respetado hombre de negocios, marido y padre, Arthur Petrelli, en los días antes de su muerte. El objetivo es descubrir lo que le motivó a crear la compañía rival Pinehearst y dejar en jaque a Angela. Más tarde descubriremos a un Sylar, horrorizado y arrepentido por su asesinato, y lo que hubiera significado un momento en el que tal vez hubiera parado su carrera por conseguir habilidades; pero en su camino se cruzan Noah Bennet y Elle. Bajo el amparo de Thompson, su agente en entrenamiento, Meredith, verá como su nueva vida se esfuma delante de ella, siguiendo la llegada de su impulsivo hermano.

Después de un preventivo ataque contra Hiro y Ando en África, Arthur Petrelli ordena a Knox y Flint que de caza a su hijo Peter y su nieta Claire. Nathan está conmocionado al descubrir que su padre aún sigue vivo y dirige un malvado grupo que llevará a cabo una destrucción a escala mundial. Mientras tanto, en las entrañas de Pinehearst, Sylar tendrá un enfrentamiento contra Elle. Suresh empezará a probar su nueva y combinada fórmula de superpoder. Más tarde, con otros muertos, herido e intentando huir, Matt intentará despertar a Angela.

Un poderoso eclipse cubrirá el mundo en una sombra que tendrá grandes consecuencias en los héroes y sus habilidades. Tras reunir a Sylar y Elle, Arthur los enviará en la búsqueda de Claire para que la traigan junto a él. Matt, Hiro y Ando tendrán que formar equipo para seguir a Daphne a su originario pueblo en Lawrence, Kansas, allí descubrirán lo qué la liga a Arthur. Mientras tanto, Nathan y Peter Petrelli viajarán juntos a Haití para buscar al único hombre capaz de detener a su padre en sus planes ante la imparable destrucción del mundo, El Haitiano.

El impacto del eclipse aún perdura en las habilidades de algunos héroes como Elle y Sylar quiénes tendrán que enfrentarse contra un vengativo H.R.G. mientras que Claire lucha por sobrevivir. En Haití, Peter y Nathan unirán sus fuerzas con el Haitiano para combatir contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan tomará una chocante decisión. Mientras tanto, Ando, Sam y Frack, trabajarán duro para conseguir devolverle la memoria a Hiro con la ayuda de los cómics de 9th. Wonders.

Los héroes se unirán para intentar detener por fin a Arthur Petrelli. Con la esperanza de detener a Arthur, Hiro y Claire viajaran juntos 16 años al pasado, cuando Kaito entregó a la pequeña Claire a Noah. Mientras tanto, Peter y el Haitiano harán equipo para acabar de una vez por todas con Arthur Petrelli, pero antes que nada tendrán que encontrarse cara a cara con Sylar. En otra parte, en el laboratorio, Suresh por fin lograra utilizar la fórmula verdadera.

Tras el enfrentamiento contra Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli se verán combatiendo entre sí y Nathan hará algo que tendrá repercusiones a escala global. Mientras tanto, Sylar retiene a Claire, Noah, Meredith y Angela como rehenes en Primatech y todo acabará en una gran batalla. En otra parte, Ando, Matt y Daphne continúan con sus intentos de rescatar a Hiro y puede que el Dr. Suresh sea su única esperanza.

Tres meses después de las explosiones que hicieron desaparecer a Primatech y a Pinesheart todos regresan a sus vidas normales, en cambio, Nathan inicia una cacería de brujas contra los "superdotados" empezando con Tracy. Claire por un lado descubre dicha organización e intenta advertirles a sus amigos. Sylar inicia la búsqueda de su padre biológico. Durante la búsqueda da con una pista que no dejará ir tan fácilmente. Peter se ha convertido en paramédico mientras intenta olvidar a su hermano. Sin perder la esperanza Hiro intentará convencer a Ando que está destinado a ser un héroe con sus habilidades. Pronto todos los héroes son trasladados en un avión, pero Claire en un intento de impedirlo ocasionará un terrible accidente aéreo.

Después del colapso del avión, la lucha por la libertad comienza. Matt se enterará a través de sus habilidades que alguien muy cercano a él peligra, mientras Peter y Tracy buscando vengarse intentarán tomar a Nathan como rehén, hecho que les costará la libertada de uno. Por otro lado Claire liberara una lucha con tal de ayudar a los demás aún teniendo el privilegio de no ser cazada. Sylar en un intento de hacer hablar al agente recurrirá a métodos enfermizos, que le terminarán otorgando a un nuevo mentor. Al final los héroes restantes forman una alianza, jurando combatir a Nathan por el derecho de sus vidas.

Mientras Sylar sigue en la búsqueda de su padre biológico acompañado por Luke, Noah Bennet sigue colaborando en la cacería de los demás héroes mientras trata de mantener a Claire fuera del radar del gobierno. Claire descubre el siguiente objetivo de su padre y decide ayudarlo a escapar. Hiro y Ando se van a la India siguiendo las pinturas de Matt como guía, mientras Nathan mantiene a Tracy y trata de conseguir el respaldo incondicional de la Casa Blanca lo que no será fácil. Claire cansada de las mentiras de su padre decide contarle todo a su madre ocasionando una separación temporal de sus padres. Al final Mohinder, Matt y Peter deciden hacerle una mala jugada al señor Bennet.

Cuando es tomado como rehén, Noah es sometido al estilo único de interrogación de Matt Parkman junto con Peter y Mohinder. Además se revela cómo se unió al plan gubernamental de Nathan para capturar a los que tienen poderes y su historia con la familia Petrelli. Mientras tanto, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a encontrarse cara a cara con el “Cazador”.

Después de un consejo de "Rebelde", Matt y Peter van al edificio 26 para rescatar a Daphne y encontrar pruebas que puedan exponer los planes del gobierno para capturar a aquellos con poder. Sylar descubre la verdad sobre su madre, recuerdos del pasado de su padre, mientras que el cazador prepara un explosivo plan para ellos.

Sylar encuentra a su padre al fin, entonces decide que es el momento de aclarar algunas cosas. Claire debe decidir si ayudar a un enemigo del pasado. Danko explora en los secretos de la familia Petrelli para encontrar detalles importantes. Matt debe encontrar una manera de salir de una situación explosiva.

La identidad de "Rebel" sera descubierta. Noah quiere que Danko deje libre a Tracy con la esperanza de que los conduzca con Rebel. Hiro y Ando continúan con la misión que Rebel les ha encomendado para mantener seguro el nuevo héroe pero después de esto uno de ellos volverá a ser el mismo de antes. Mientras tanto Rebel huye junto con Tracy pero al final ocurrirá un suceso inesperado.

Angela se vera en la obligación de esconderse con Peter en una iglesia hasta alcanzar el estado de paz que necesita para conseguir las respuestas demandantes, mientras tanto Claire y Nathan escondidos en México intentarán reconciliar su relación de padre e hija. Danko tendrá a un peculiar compañero con el cual terminara cooperando para un suceso que podría tener futuras catastróficas consecuencias.

Dispuesto a hacer pagar a Danko, Matt se verá envuelto en un embrollo que terminará golpeando a Danko en lo más profundo de su ser. Angela ya decidida a lo que debe de hacer comenzará a reunir a diversas personas y desenterrar los demonios de su pasado, por otra parte Sylar comienza un juego peligroso que pondrá en peligro el matrimonio de Noah.

Siguiendo el sueño de Angela como guía, Peter, Nathan, Claire y Noah se encuentran desenterrando toda la verdad oculta detrás de Angela y su pasado. Mientras, Angela, luego de tener uno de los peores recuerdos de su infancia, en los que aparece el Dr. Suresh (padre)y como sus estudios influirían en la creación de la compañía "Primatech"; Angela iniciará una búsqueda que tal vez no pueda llegar a ser tan agradable con una sorpresa impresionante, por último Sylar ha iniciado unos desconocidos objetivos utilizando su nueva habilidad de metamorfo.

Sylar se vera enfrentando las propias consecuencias de su habilidad de metamorfo, por otra parte Hiro pronto descubre que su habilidad tiene efectos secundarios letales, mientras tanto Nathan intentará descubrir quién es su amigo tan familiar.

Con todos los elementos a su favor Sylar comenzará a ejecutar su plan macabro. Nathan unirá fuerzas con Peter para de una vez derrocar a Sylar, por un lado todos nuestros héroes finalmente recurrirán a Parkman como la única esperanza de salvar a Nathan y frenar a Sylar.