Un giro inesperado cambia la vida de los policías de San Antonio. Paco, Mariano e Ika vigilan el parking donde se va a producir una venta ilegal de escopetas de caza. La misión se complica cuando descubren que la furgoneta sospechosa esconde una ojiva nuclear. Aunque logran escabullirse de las bandas rusas y angoleñas implicadas en el tráfico de armas nucleares, los tres agentes se empeñan en seguir la pista de la ojiva. Acabarán en un aeródromo en medio de un tiroteo que nadie sabe cómo ha empezado. Sara, que ahora ejerce de inspectora en Barcelona, visita a su padre. Es evidente que Paco añora a su nieto Paquito y que todavía conserva la esperanza de recuperar a Lola, su exmujer. Descubrimos que Sara y Lucas mantienen su relación de pareja y que este tendrá mucho que ver con el cambio radical en la trayectoria profesional de los policías de San Antonio

Mariano es el encargado de recuperar a los restos de Franco, la próxima misión de los hombres de Paco en su nuevo destino. Paco, Mariano e Ika se incorporan a una unidad especializada de investigación. Dolores Urbizu, que será la encargada de coordinar al equipo junto con Paco, les presenta al resto del equipo: Rita, la antigua compañera de la comisaría de San Antonio, y Rober, un joven agente con el Ika intercambia un par de miradas. Ahora sólo falta convencer a Povedilla de que abandone su trabajo en la autoescuela y se una a ellos. Dolores explica que su primera misión tiene que ver con que la exhumación del cuerpo de Franco, algo que nunca sucedió. Mariano será el encargado de recuperar los restos del caudillo, en manos de unos delincuentes desde hace más de un año. El agente acabará encerrado en un zulo y abocado a pasar el resto de sus días junto a Franco, si no se paga el rescate exigido por los secuestradores.

El nuevo equipo del CNI, a las órdenes de Paco y Dolores, se encarga de detener a un asesino que se come a sus víctimas. Para ello dependen de otra caníbal, ahora en prisión, que insiste en que Paco y Mariano degusten con ella un buen plato de carne humana a cambio de pistas. Ika y Rober, cada vez más cómplices en lo personal, se verán en grave peligro tras acercarse demasiado al asesino. Povedilla le cuenta a Mariano lo que ha descubierto revisando los vídeos del tiroteo en el aeródromo: Lucas es el tirador que abrió el fuego cuando intentaban detener a la banda de congoleños que se escapaban con la ojiva nuclear. El dato descoloca a Mariano, que no entiende la actuación de Lucas y prefiere no informar a Paco de sus sospechas.

El equipo del CNI debe encontrar una doble para la reina Letizia, que no puede acudir a un acto oficial organizado por Arabia Saudí. Rita propone como sustituta a una amiga de Povedilla con un parecido más que razonable. Los agentes se encargarán de la difícil tarea de convertir a Covadonga en reina. Mariano no encuentra el momento de enseñar a Paco unas fotografías relacionadas con el caso de la ojiva nuclear robada. El material podría inculpar a Lucas como traficante de armas. A pesar de que todo el equipo sospecha de Lucas, Mariano se niega a creer que su amigo sea un corrupto.

El CNI busca a Lombard, un líder neonazi perseguido a nivel internacional. Mientras colocan las cámaras y micros en la sede de la organización liderada por Lombard, Mariano descubre que su sobrino es uno de los afiliados. El agente deberá infiltrarse en una reunión de neonazis para desarticular la organización desde dentro. La atracción entre Ika y Rober es superior a las dificultades que presenta el hecho de que él sea transexual. Ika hace un esfuerzo para aceptar la situación y busca consejo en una asociación LGTBI. Paco ve el folleto y empieza a preocuparse por la orientación sexual de su sobrina. Las conclusiones a las que llega están muy alejadas de la realidad.

El CNI sufre el ataque de un virus informático. El equipo de Dolores y Paco sólo tiene 8 horas para recuperar la información desaparecida, pero los dispositivos inteligentes han sido inutilizados. Todos deberán volver a la era analógica si quieren detener al ciber- terrorista. Mientras el CNI descubre que un adolescente es el hacker que buscan, los dos vendedores rusos de la ojiva nuclear consiguen escapar de la cárcel aprovechando el caos provocado por el corte de internet. Mariano se queda muy preocupado por la noticia.

El equipo de Paco y Dolores se enfrenta a una misión fundamental para mantener la integridad de España: conseguir una acuarela del siglo XVII, bajo la cual se esconde un documento firmado por Felipe IV que concede la independencia a Cataluña. Animado por sus compañeros, Paco intenta ligar a través de las modernas aplicaciones de citas tan de moda en la actualidad. Mientras, su sobrina Ika tiene cada vez más claro que debe superar el hecho de que Rober sea transexual y dar un paso más en su relación.

Hace 20 años, el CNI colocó unos micrófonos en el Air Force One para espiar al Presidente de los Estados Unidos. El avión presidencial ha sufrido una avería que ha provocado un aterrizaje forzoso en suelo español, lo que supone una oportunidad para recuperar esos micros y evitar un conflicto diplomático. Mariano, Rober e Ika se infiltran en el aparato como operarios de reparaciones, pero lo que parecía una operación sencilla se complica cuando descubren una bomba en el avión y uno de los pilotos les confunde con terroristas. Mientras tanto, en las oficinas del CNI, Paco descubre que la mujer con la que se acostó para olvidar a Dolores no solo trabaja en el CNI, sino que es la hermana de la propia Dolores.

Norman, uno de los pilotos del Air Force One, se ha encerrado en la cabina del avión y lo ha hecho despegar con Mariano, Ika y Róber a bordo. Él es el verdadero responsable de la bomba que han descubierto en el aparato y que se acaba de activar. Los agentes del CNI tiene 50 minutos para hacerse con el control si quieren salir con vida.

Paco, Mariano e Ika están encerrados en una central nuclear tras intentar detener a unos activistas medioambientales que pretendían llamar la atención saboteando la planta. El ataque provoca el bloqueo de todas las puertas y el peligro de radiación es inminente. Sus compañeros del CNI tienen 45 minutos para rescatarlos gracias al prototipo IA-21, un robot humanoide que Povedilla se encargará de manejar.

Paco, Mariano y Povedilla se encargan del caso de la desaparición del doctor Carreño Juárez, responsable de importantes investigaciones clasificadas sobre teoría de cuerdas y teletransportación que podrían afectar a la seguridad nacional. Registrando el laboratorio de científico desaparecido, descubren un universo paralelo donde Paco se encuentra con su exmujer. Ahora Lola es ministra y él ejerce como su guardaespaldas.

El CNI anda tras la pista de La Llorona, la mayor narcotraficante de Latinoamérica desde Pablo Escobar. El plan sencillo: infiltrar a Róber y a Mariano en la misma discoteca donde los hombres de “La Llorona” pasarán la noche y colocarles microGPSs que los lleven hasta ella. Lo que no esperan en que Yolanda, la mujer de Mariano, se iba a cruzar en el camino. Mientras, Paco se recupera en el hospital del accidente sufrido con la máquina del doctor Carreño. Allí se encuentra con Don Lorenzo que, tan cascarrabias como siempre, está empeñado en que uno de los enfermeros anda metido en algo turbio.

Las cosas no podrían ir peor para Paco y Mariano: no solo no hallan respuestas que expliquen la relación entre los rusos y las fotos de Lucas con otra familia, sino que esta investigación ha llevado a Povedilla a una muerte segura en una cárcel de Libia. De nuevo, el compañerismo que se respiraba en la antigua comisaría de San Antonio ejercerá de espíritu salvador de la situación: Aitor, que ahora trabaja en la embajada de Libia, hará todo lo posible que Povedilla vuelva sano y salvo: incluso pegarse en un ring de peleas clandestinas.

Avisados sobre la venta de un virus mortal por parte de unos bioterroristas, los agentes del CNI llegan al lugar del intercambio donde se encuentran un cadáver desfigurado y un chihuahua. Tras analizar las extrañas circunstancias que envuelven el crimen, llegan a la conclusión de que el perro es el portador del virus. El chihuahua escapa por los conductos de ventilación tras morder a Rita y Povedilla. Incapaces de recuperarlo, se ponen en contacto con Curtis, su antiguo compañero que ahora es el famoso presentador de un programa de televisión sobre animales.

Un empresario japonés ha sido asesinado y el CNI sospecha que puede haber más muertes. Están seguros de que la jakuza está detrás, pero la única pista que tienen es la imagen de un ninja con catana huyendo de la escena del crimen. Al poner sobre la mesa las fotos de los posibles sospechosos, Povedilla descubre el retrato de Yuriko, la mujer con la que sale desde hace meses y de la que está enamorado. El plan es quedar con ella y ponerle un localizador en su móvil. Algo a lo que Povedilla se niega.

Paco y Dolores han salido indemnes del atentado en la casa de Elisa. Escondieron a Elisa y su hijo en el piso franco, pero… no se han librado de la bronca de Peñafiel. Su jefe pide explicaciones, pero ninguno de cuenta nada. Todo el equipo está con ellos y tratan de pensar un plan para ayudarlos, cuando reciben una llamada de Lucas: “Paco, no confíes en nadie, hay un topo en el CNI”