El ex agente del MI6 Russ Taylor recluta a los ex miembros de la Fundación Phoenix Mac, Riley, Bozer, Matty y Desi para cazar una arma biológica que está planeada para ser utilizada por una misteriosa organización para un ataque devastador en una importante ciudad de Estados Unidos.

MacGyver debe robar un proyecto de un laboratorio militar para encontrar brechas en su seguridad.

MacGyver y el equipo están en un avión cuando el piloto sufre un infarto en pleno vuelo.

Mientras MacGyver trabaja rápidamente para rescatar a los supervivientes de un edificio derrumbado en Alemania. Más tarde, descubre una nueva amenaza a la seguridad: una bomba sin detonar de la Segunda Guerra Mundial escondida debajo de los escombros.

En un intento por encontrar a los principales jugadores en el Codex y cortar su financiación para el arreglo de partidos, Desi se infiltra en un equipo de fútbol y encuentra al jugador corrupto que trabaja con la organización en la sombra.

Cuando el antiguo amor de Russ, Emilia, es secuestrado por los mismos rebeldes con los que luchó durante años, lleva al equipo a un pueblo pequeño y empobrecido de Phoenix para rescatarla y librar al pueblo de los rebeldes para siempre.

Una cita doble se convierte en caos cuando Mac y Desi son testigos de un asesinato en la parte trasera de un restaurante, y mientras trabajan para encontrar al asesino, Riley intenta ocultarle el secreto sobre sus "trabajos diarios" a su novio, Aubrey.

Después de que Oversight casi muera en un bombardeo, recluta a Mac para que lo ayude a encontrar al presunto atacante. Mac conoce a su tía Gwendolyn.

La red eléctrica de Los Ángeles es saboteada en un ataque de 'ransomware' que resulta en un apagón en toda la ciudad. El equipo descubre que el código 'ransomware' utilizado fue escrito por Riley hace años.

Mac entra en una ensoñación para poder detener la trama mortal del Codex. En ella, se encuentra con Nikola Tesla, Alexander Graham Bell, Thomas Edison ... y su madre.

Mac idea un plan relacionado con un agente superior del Codex, The Merchant, para ganarse su confianza y obtener información sobre su próximo movimiento.

El equipo de Phoenix cambia para siempre cuando la tía Gwen de MacGyver convence a Mac y Riley para unirse al Codex. Además, Matty y Russ llevan sus preocupaciones sobre el Codex a la Casa Blanca.

Mac y Riley continúan su infiltración en Codex. Russ y Desi sospechan de Mac.