La familia Stone vuelve a Nueva York de unas vacaciones en Jamaica en dos vuelos diferentes. Cuando el último de los vuelos aterriza, los pasajeros descubren perplejos que han pasado cinco años y medio.

Los pasajeros del Vuelo 828 están vigilados por el gobierno mientras intentan retomar sus vidas. Michaela debe aceptar que Jared está casado con su mejor amiga del pasado.

Ben y Michaela investigan un asesinato que podría estar relacionado con el Vuelo 828. Ben tiene dificultades para aceptar las decisiones de Grace durante su ausencia. Olive y Cal se dan cuenta de que ser gemelos tras cinco años separados no es fácil.

Cuando un misterioso mensaje lleva a Saanvi a la azafata de 828, ella solicita la ayuda de Ben para descubrir un secreto sobre el avión. Mientras tanto, Michaela comienza a cuestionar la naturaleza de los llamamientos cuando uno va terriblemente mal, dejando a Jared a sufrir las consecuencias.

Las historias se revelan para los que quedaron tras la desaparición del vuelo 828. Mientras tanto, en el presente, Cal lleva a Ben a una misteriosa aventura que despierta a Ben ante las perplejas habilidades de su hijo. Michaela intenta proteger a Jared de las consecuencias en el trabajo, mientras mantiene a raya sus sentimientos románticos.

Cuando Cal se despierta con una fiebre que amenaza su vida, a Grace le preocupa que sea un efecto secundario de su tratamiento experimental contra el cáncer, pero Michaela y Ben sospechan que la condición de Cal puede estar relacionada con un misterioso pasajero del Vuelo 828. A medida que la situación de Cal empeora, Ben y Michaela intentan para rastrear al pasajero ahora perdido.

Una vez transferidos en secreto los pasajeros detenidos se realiza con ellos experimentos dolorosos relacionados directamente con la salud de Cal. Ben se aprovecha de un antiguo amigo para descubrir a dónde han llevado a los pasajeros.

Ben se alía con el director de la Agencia de Seguridad Nacional en un arriesgado intento de localizar a los pasajeros desaparecidos del Vuelo 828. Michaela ayuda a un pasajero suicida que cree ser el Ángel de la Muerte. Cal vuelve al colegio.

Cuando Ben y Michaela ponen todo en juego para salvar a los pasajeros desaparecidos, la misión fracasa y no todos consiguen salvarse. El terrible resultado ponen a Ben y a Grace al límite

La desconcertante llamada de Michaela en el próximo nivel la lanza a una misión que lleva su relación con Jared a la cabeza. Determinado a proteger a su familia, Ben explora un significado alternativo al llamado de Michaela que lo lleva a una nueva alianza y un poderoso adversario nuevo. La lucha de Cal con la ausencia de Ben del hogar obliga a los Stones a una confrontación agonizante que podría alterar la trama de la familia para siempre.

Dispuesto a seguir cualquier pista para mantener a su hijo a salvo de la Comandante, Ben atiende el llamado de Cal para ayudar al capitán Daly a aclarar su nombre por lo que sucedió en el vuelo 828. El viaje descubre una aparente conspiración que se remonta hasta el día en que el avión desapareció. Mientras tanto, Michaela asiste a Autumn en su propio viaje de redención.

Cuando Cal desaparece Grace y Ben van hasta unas remotas montañas al norte de Nueva York para buscarlo. Un prometedor rastro de pistas hace que descubran algo que cambia las reglas del juego.

Michaela utiliza sus habilidades como inspectora para averiguar más sobre Zeke, un excursionista que desapareció durante dos años y que puede ser uno de ellos. La familia de Ben se ve afectada por el aumento del rechazo público hacia los pasajeros del vuelo 828.

Saanvi desaparece y Ben sospecha de un grupo de fanáticos que están obsesionados con los pasajeros del Vuelo 828. Michaela debe afrontar las consecuencias de su reunión con Jared. Zeke vuelve a Nueva York.

Otra persona que no viajo en el avión parece haber regresado de entre los muertos, y Ben, Michaela y Saanvi quieren saber por qué ahora y por qué él. Este hombre misterioso también está teniendo llamadas. Saanvi experimenta PTSD.

Ben y Michaela se enfrentan a una gran amenaza para los pasajeros cuando Griffin intenta hacer públicas las llamadas. La tensión entre Jared y Zeke llega a su límite. Ben, Grace y Olive descubren algo terrible.