La agente Tennant y su equipo investigan el accidente sufrido por una nave aérea experimental en Oahu. El grupo debe encontrar al responsable de la tragedia antes de que salgan a la luz varios secretos de Estado.

Tennant y NCIS deben acabar con un famoso equipo de ladrones internacionales antes de que completen su gran trabajo final y desaparezcan. Kai busca un nuevo lugar para vivir. Lucy y Whistler tienen un enfrentamiento sobre su encuentro anterior.

Kai va encubierto en una de las bandas de surf más antiguas de Hawái cuando un suboficial es asesinado.

Jane y el equipo deben investigar quien disparó contra un querido vaquero hawaiano mientras montaba a caballo, pero deben ganarse la confianza de la comunidad de Paniolo para encontrar al culpable. Kai quiere que su padre vea a un médico.

Cuando un marinero japonés es asesinado en suelo americano y las pruebas relacionan el caso con el anterior asesinato de la novia de la víctima en Japón, el NCIS debe encontrar al asesino antes de que se acuse a la persona equivocada y el caso desencadene una crisis diplomática. Además, el capitán Milius hace una petición personal a Tennant.

Cuando Tennant y el NCIS reciben el encargo de encontrar a una estrella de las redes sociales secuestrada, descubren que no es quien su marido, o sus seguidores, creen que es. Además, el equipo está en desacuerdo con Whistler, que tiene sus propios planes.

Cuando un suboficial de la Marina es asesinado, Jane y el equipo investigan mientras protegen al amigo de la víctima.

Cuando un manifestante anticapitalista es asesinado, Jane y el equipo investigan y se encuentran atrapados en una guerra entre activistas ecológicos y un multimillonario de la tecnología que lucha por un terreno. Además, Jane y el Capitán Joe tienen una cita.

El equipo del NCIS investiga un caso sin resolver relacionado con huesos de la época de la Segunda Guerra Mundial en el 80º aniversario de los bombardeos de Pearl Harbor, y se sorprenden al saber que pertenecen a un superviviente del ataque de 100 años.

El NCIS se cruza con el equipo de Whistler mientras investiga un contenedor lleno de armas de contrabando. Además, Tennant se debate sobre la detención del padre del amigo de Alex, sabiendo que eso hará que su amigo se aleje.

Cuando las pruebas para encerrar a un capo de la droga desaparecen, Lucy va de incógnito a un torneo de póker clandestino para descubrir qué jugador de alto nivel está detrás del robo. Además, los sentimientos de Lucy se alteran cuando la ex novia de Whistler llega a la ciudad.

Cuando el NCIS investiga la misteriosa muerte de un ingeniero de la Marina, Joseph Chan, se enteran de que la última persona con la que se reunió fue su colega, Maggie Shaw, mentora y amiga de Jane, que ha sido secuestrada. Además, David Sola, un oficial de casos del servicio de inteligencia de Nueva Zelanda llega a Hawai, siguiendo una pista en su caso que conecta la muerte de Joseph con un agente secreto chino de operaciones encubiertas.

Mientras Jane investiga el secuestro de Maggie, se sorprende cuando se entera de la verdad y recluta a su equipo y a Whistler para probar sus hallazgos.

Mientras Jane es interrogada tras la detención de Maggie Shaw, el resto del equipo investiga un misterioso caso de marines con los canales auditivos dañados por un arma que emite ondas ultrasónicas. Además, Ernie visita a su amigo, el Dr. Tony Lee para identificar a los posibles sospechosos que tuvieron acceso a su arma clasificada.

Mientras Jesse disfruta de un día de navegación con su hija, Gracie, unos piratas se apoderan repentinamente de su yate, toman a todos los pasajeros como rehenes y atacan a Jesse, dejando a su equipo la tarea de localizar y rescatar rápidamente a su hija.

Kai va de incógnito como chef en un restaurante local para reunir información sobre un notorio capo criminal que tiene una conexión con el restaurante. Además, Jane descubre que una escuela en el continente ha reclutado a Alex con una beca de béisbol, que ha mantenido en secreto a su familia.

Cuando una amenaza de ransomware provoca el mal funcionamiento de una presa, Ernie y un equipo de hackers se encargan de encontrar al culpable rápidamente, antes de que se corte todo el suministro de electricidad y agua en la isla. Además, Lucy y Whistler trabajan juntos, lo que da a Whistler la oportunidad de disculparse con Lucy y arreglar su relación.

Los agentes del NCIS Nick Torres y Jessica Knight viajan a Hawai cuando se enteran de que un testigo clave en uno de sus antiguos casos ha aparecido allí con pruebas cruciales. El crossover comienza en NCIS Navy Investigación Criminal S19E17 Volver a empezar (I).

El equipo del NCIS investiga el naufragio de un barco que transporta animales exóticos que ahora amenazan la vida silvestre nativa de Oahu. Además, Alex sufre una lesión que pone fin a su carrera y Kai invita a Melanie, una agente de pesca y vida silvestre, a una cita.

Cuando un marino se ve involucrado en un asesinato, el equipo del NCIS es llamado a trabajar en el caso en su día libre. Además, Lucy descubre que Whistler rechazó un ascenso en D.C. para quedarse en Hawai.

El capitán Milius regresa a Hawai para una operación secreta de intercambio de prisioneros, y requiere a Jane para que sea su escolta personal de seguridad en Filipinas, donde tendrá lugar el intercambio.

El capitán Milius sigue trabajando con Tennant y su equipo tras el intercambio de prisioneros entre Estados Unidos y Europa del Este. Además, Whistler sigue el consejo de Ernie y hace un gran gesto con la esperanza de recuperar a Lucy.