Un mes después de que el director Vance fuera secuestrado, a Gibbs se le asigna el papel de director interino en su ausencia, mientras el equipo busca por todo el mundo su paradero.

Después de que un Teniente de la Marina sea encontrado asesinado en su bañera de hidromasaje, el equipo interroga a varias familias en el peculiar vecindario de la víctima. Además, Torres debe enfrentarse a las consecuencias después de una noche volátil con Palmer.

Uno de los agentes del NCIS está emocionado por investigar una explosión en el domicilio del oficial Todd Nicholas de la Marina, y su esposa, la popular estrella de la televisión Sheba Nicholas.

Las tranquilas vacaciones de Gibbs son interrumpidas cuando aparecen Tobias Fornell y el capitán de la marina Phillip Brooks, con una llamada del NCIS para pedir ayuda en la búsqueda de un criminal que se esconde por los alrededores del lugar.

El equipo trata de exculpar a Ray Jennings, un marine sentenciado a cadena perpetua por un crimen que no ha cometido.

El equipo investiga un caso en Halloween en el que la víctima es un antiguo compañero de Torres.

Una nueva investigación del NCIS conduce a una conspiración relacionada con un contratista de la Marina y la seguridad de los mamíferos oceánicos.

McGee y Bishop viajan a Afganistán después de que un caso de asesinato esté vinculado a una serie de soldados muertos por fuego amigo en el extranjero.

El principal sospechoso de un caso de robo no resuelto y de alto perfil sale de la cárcel. Entonces el equipo del NCIS reanuda su investigación con una vigilancia encubierta.

Los planes de vacaciones del equipo se suspenden. Eso es debido a la investigación del asesinato de un veterano de la Marina.

El Secretario de Defensa cierra la investigación de asesinato de Gibbs y manda arrestar a McGee y Torres por sus acciones en el caso.

Un viejo amigo de la familia, el cabo John Sydney, le suplica a Gibbs que le acompañarle en el viaje de la búsqueda de una pulsera de idetificación militar desaparecida. Además, un Teniente de la Marina en custodia de protección del NCIS es envenenado por un infame narcotraficante.

Tras encontrar a una niña desnutrida y confusa escondida en un depósito, el equipo reabre un antiguo caso sobre personas desaparecidas al creer que la chica es hija de una Marine desaparecida hace 10 años.

McGee visita a regañadientes su escuela de secundaria tras descubrir que la contraseña utilizada en su ordenador de adolescente está vinculada con el asesinato de un contratista del departamento de defensa.

El equipo investiga la terrible caída por la borda de un hombre desde un destructor naval. Además, Torres está frustrado con el nombramiento de Vance como mentor de tres estudiantes.

Jimmy se debate entre su familia y el trabajo cuando su suegro, Ed (Larry Miller), le pide manipular pruebas en la investigación de un asesinato. Además, el compañero de póker de Ed, Anthony DiNozzo, ofrece su ayuda en el caso.

El Pentágono le notifica al director Vance que Gibbs y Bishop, en plena investigación por un asesinato, se encuentran incomunicados a bordo del submarino nuclear.

Torres confía en la habilidad de investigación de su equipo tras despertarse dilapidado en un bote de pesca, cubierto de sangre e incapaz de recordar las últimas 12 horas.

Siguiendo el rastro de un francotirador situado en un hospital naval, el equipo busca a un sospechoso que huyó del lugar. Además, un antiguo conocido de Sloane es un testigo clave al haber estado dentro del hospital.

El equipo investiga el caso de un comandante de la Marina presuntamente asesinado en el atentado del 11/9 en el Pentágono, tras descubrir restos humanos en una zona de construcción.

Se reabre un antiguo caso tras descubrir nueva información por ADN. Kasie resuelve un caso por asesinato, pero un vacío legal puede liberar al sospechoso.

Tras encontrar una cuenta secreta del gobierno para financiar una red nacional de justicia fuera de la ley, el equipo debe determinar quién es el juez y quién el jurado

El equipo investiga la muerte de un teniente de la Marina en un banco de sangre. Además, McGee busca el apoyo de sus compañeros del equipo para recaudar fondos para la escuela de sus gemelos. El episodio también introduce un giro inesperado cuando un terrorista se esconde en una bolsa para cadáveres y ataca la morgue, complicando la investigación.

El ex agente del FBI, Tobias Fornell, le suplica a Gibbs que haga lo que sea necesario para eliminar a los traficantes de la zona tras la hospitalización de su hija, Emily Fornell, por una sobredosis de opiáceos.