Sarah está a la fuga, y perseguida mortalmente por sus adversarios. Desesperada por encontrar a su hija Kira, Sarah sospecha de que la cruel Rachel está detrás de la desaparición de su hija y se pone en contra de ella. Alison y Donnie asisten al funeral de su amiga, Aynsley, que hace que Alison se hunda en culpabilidad y se desespere. Cosima se enfrenta a una decisión desconcertante que puede tener consecuencias espantosas.

Mientras Alison lucha con la muerte de Aynsley. Cosima cada vez se siente peor con los síntomas de su enfermedad misteriosa. Sarah recluta a Art para que busque el paradero de Kira.

Sarah busca refugiarse con Kira en la casa de un “viejo amigo” Cal Morrison, y éste se revela como el padre de Kira. Felix trata de ayudar a Alison para prepararse en su papel teatral, pero ella continua bebiendo demasiado antes de su debut. Cosima y Delphine investigan la muerte de Jennifer Fitzsimmons, un clon que sufrió de la misma enfermedad que Katja y Cosima.

Sarah vuelve a casa en busca de respuestas. Con la ayuda de Cosima, que busca en los orígenes del experimento de clonación, la búsqueda la lleva a un punto clave de la investigación.

Rachel está en pie de guerra con Sarah, atacando a sus seres más cercanos y queridos. Mientras ella trata de mantener a sus seres queridos a salvo, un visitante inesperado amenaza con descarrilar los planes de Sarah.

Sarah une fuerzas con una aliada poco probable y poco fiable, Helena, siguiendo un rastro de pistas que se espera la llevará a los orígenes del experimento de clonación. Cosima y Delphine hacen un descubrimiento que podría llegar a ser la clave para el tratamiento de su enfermedad. Alison se encuentra en una clínica de rehabilitación.

Cuando un confidente de rehabilitación traiciona a Alison y amenaza con exponer la verdad sobre la muerte de Aynsley, ella se desploma en vísperas del Día de la Familia. Con Donnie y los niños apunto de ir a visitarla, Alison recure a la ayuda de Felix y Sarah.

Un nuevo clon aparece tras la puerta de Felix. Con Cosima quedando sin opciones, Sarah lucha con la decisión de entregar una pieza crucial y hacer un trato con el Instituto Dyad.

La enfermedad de Cosima cada vez empeora, lo que obliga a Sarah a tomar medidas desesperadas, con consecuencias trágicas para los que ama. Los Proletarianos empiezan un nuevo plan.

Sarah se entrega al Instituto Dyad en un intento desesperado de proteger a Kira. Cosima, Scott y Kira preparan un plan para ayudar a Sarah a escapar. Marion revela que el proyecto Leda es solo una ramificación pequeña de un ambicioso plan desarrollado por los militares.