El USS Enterprise D transporta al Dr. Paul Stubbs rumbo al sector Kavis Alpha, en el que debe investigar la explosión de una estrella, una situación que se produce únicamente cada 196 años. Durante los preparativos para las pruebas que Stubbs quiere llevar a cabo, el Enterprise se encuentra con un inesperado peligro que pone el riesgo su integridad, por lo que el capitán Picard advierte al científico que la misión podría ser cancelada.

Tras la formalización de un tratado bilateral, los Sheliak exigen a la Federación que cumpla con su parte del acuerdo y evacuen la colonia que poseen en el planeta Tau Cygna V, bajo la amenaza de destruirla y matar a todos los habitantes. Sin embargo, éstos no están dispuestos a abandonar lo que ellos consideran su hogar.

En respuesta a una llamada de auxilio lanzada por un lejano planeta de la Federación que se encuentra bajo el ataque de una desconocida fuerza, el Enterprise se traslada a Rana IV. Al llegar allí, descubren que sus 11000 habitantes han sido asesinados, habiéndose salvado tan solo un matrimonio.

Durante el estudio de los habitantes de un planeta cuyo desarrollo es equivalente a la Edad de Bronce de la Tierra, una explosión hiere gravemente a Barron, jefe de la expedición, y a Warren, su ayudante. Durante su teletransporte al Enterprise para ser atendidos médicamente, son descubiertos por dos Mintakans, rompiendo la Primera Directriz de la Federación.

Durante una investigación dirigida por Worf, la arqueóloga Marla Aster fallece por causa de una explosión. El capitán Picard y la consejera Deanna Troi deben informar a su único hijo, Jeremy, el fallecimiento de su madre, conociendo que también su padre había muerto tiempo atrás.

Tras el descubrimiento de una nave milenaria a la deriva, el Enterprise sufre una repentina pérdida de energía. Simultáneamente, una desconocida fuente de radiación mortal bombardea la nave, cuyos escudos tan solo tienen energía para resistir durante tres horas, tiempo que disponen para encontrar una solución.

Atendiendo a un mensaje de auxilio, el Enterprise encuentra los restos de una nave romulana en la superficie del planeta Galorndon. El equipo de exploración, formado por William Riker, Worf y Geordi localiza a un superviviente en estado muy grave, por lo que deciden transportarlo a la nave. Sin embargo, el duro clima del planeta obliga a realizar los transportes por turnos. Durante el proceso, La Forge cae en un agujero, donde es tomado prisionero por otro superviviente romulano.

El Enterprise se convierte en el escenario de la negociación por los derechos de uso de un agujero de gusano estable encontrado por los Barzan, estando en las conversas representantes de diferentes planetas.

Investigando las pistas dejadas por un grupo de Acamarianos en el asalto a un puesto de la Flota Estelar, el Enterprise se dirige al planeta Acamar III, en el cual descubre que los culpables son un grupo de Acamarianos renegados que se alejaron del resto de su civilización mucho tiempo atrás.

Tas solicitar asilo político dentro de la Federación, un romulano llamado Setal informa al capitán Picard de la existencia de una base secreta romulana en el planeta Nelvana III, desde la que el Imperio planea lanzar una gran ofensiva contra la Flota Estelar. El romulano renegado asegura haber ofrecido esta información para evitar una guerra de dimensiones insospechables.

El Enterprise visita el planeta Angosia, tras finalizar una dura guerra de la que han salido victoriosos, ya que sus dirigentes han solicitado formar parte de la Federación. Durante su estancia, un peligroso prisionero escapa de una cárcel del planeta, siendo posteriormente detenido gracias a la colaboración de miembros de la tripulación del Enterprise. Durante las obras de reparación de la cárcel, el prisionero es retenido a bordo del Enterprise.

La Federación está subministrando medicamentos y equipo médico a los habitantes de un planeta que está sufriendo los efectos de una larga guerra civil cuando la doctora Beverly Crusher es secuestrada por un bando terrorista que le obliga a buscar una cura a una enfermedad que está causando su muerte. La doctora descubre durante sus investigaciones que el origen del mal está en un transportador ínter dimensional que utilizan para huir de los sensores enemigos.

El Enterprise se encuentra en el planeta Bre’el IV investigando el motivo de que el satélite natural del planeta haya empezado a caer a una órbita descendente, causando graves desastres naturales en la superficie del planeta. Inesperadamente llega Q, quien asegura que en el Continuum Q le han despojado de sus poderes.

William Riker es acusado de asesinar al doctor Apgar en la Estación Científica de Tanuga IV, durante una misión de rutina, por el jefe de seguridad del planeta, que exige al capitán Picard la extradición de su primer oficial para ser juzgado por tal crimen.

Durante una misión de rutina, el Enterprise encuentra una extraña rotura espacial, que los transporta a una línea temporal paralela, en la que encuentran a otra nave de la Federación también arrastrada por el mismo fenómeno y en la que la Federación se encuentra en plena guerra abierta con los Klingons, y Tasha Yar no ha muerto.

Con la esperanza de lograr descendencia, Data crea un androide a su semejanza, al que llama Lal. El capitán Picard autoriza el experimento, pese a temer una posible reacción negativa de la Flota Estelar.

Como parte del programa de intercambio de tripulaciones, un klingon llamado Kurn llega al Enterprise. Pronto informará a Worf de que es su hermano, y de que han aparecido pruebas que apuntan que su padre, Mogh, colaboró con los romúlanos en la masacre de 4000 klingons en Khitomer. Worf se ve forzado a presentarse ante el alto consejo klingon para rechazar tales acusaciones y defender el honor se su familia.

El capitán Picard es secuestrado estando en su propia habitación, y encerrado en una habitación junto a un Mizariano llamado Tholl, un Algoliano cadete de la Academia de la Flota Estelar llamado Haro y un Chalnoth llamado Esoqq.

Forzado por la insistencia de la tripulación, el capitán Picard se ve obligado a tomarse unos días de vacaciones en el planeta Risa. Sin embargo la que debía ser una semana de descanso pronto se verá truncada con la aparición de una misteriosa mujer llamada Vash y un ferengi que los acusa de conspiración.

El Enterprise transporta a Tam Elbrun, un betazoide especializado en realizar Primeros Contactos con especies alienígenas para que establezca una comunicación mental con Tin Man, un alien similar a una nave estelar, que está orbitando una estrella que está cerca de estallar. Los romulanos están en camino de realizar el mismo contacto, lo que convierte la misión en un trabajo contrarreloj.

La tripulación descubre que el teniente Barclay tiene un grave problema de falta de confianza, lo que le lleva a utilizar la holosección como vía de escape, recreando situaciones en las que puede superar su timidez con respecto a sus compañeros y superiores.

La tripulación del Enterprise da a Data por muerto tras explotar la lanzadera en la que se encontraba realizando una peligrosa misión. Sin embargo, el androide se encuentra secuestrado por Kivas Fajo, un excéntrico coleccionista de rarezas que lo quiere incluir en su colección particular.

El Enterprise hospeda el embajador vulcaniano Sarek, padre de Spock. Su deterioro mental causa inquietud entre la tripulación.

Después de finalizar una conferencia de comercio en Betazed, Deanna Troi y William T. Riker preparan un día de descanso en la intimidad del campo, sin embargo Lwaxana Troi, la madre de la consejera, interrumpe sus intenciones haciendo acto de presencia. Poco después dos ferengis se presentan, secuestrando a Lwaxana, de la que asegura estar enamorado.

El Enterprise encuentra a un humaniode gravemente herido en una cápsula de salvamento, y lo trasladan a la enfermería, donde el paciente muestra unas sorprendentes capacidades regenerativas.

Con la sospecha de que los peligrosos Borg están detrás de la destrucción de una colonia de la Federación, la Flota Estelar envía a la teniente comandante Shelby, especialista en los Borgs, a ayudar a la tripulación del Enterprise durante la investigación. Las cosas se complican cuando se produce la primera batalla abierta entre ambas naves, en la que se demuestra claramente la superioridad de los alienígenas.