Para intentar rescatar a Data, atrapado en el siglo XIX, Picard, Riker, Beverly, Deanna y Geordi realizan un viaje a la ciudad de San Francisco del pasado, donde deberán descubrir, además, el origen de todo lo que está sucediendo.

El ingeniero teniente Barclay, que no puede ocultar su temor al teletransportador, verá como su miedo va a más cuando unas extrañas criaturas parecen querer atacarle durante el proceso de desmaterialización.

El Enterprise acude en ayuda de la nave de la Federación USS Dorian, víctima de un ataque durante el transporte del embajador Lumeriano llamado Ves Alkar. Para evitar mayores problemas, Picard decide transportar al embajador en el Enterprise hasta su destino. Sin embargo, la madre de éste muestra una gran incompatibilidad con Deanna.

Inesperadamente el Enterprise localiza los restos de la nave USS Jenolen, que había sufrido un accidente 75 años atrás atraída por el campo gravitatorio de una esfera Dyson. Al investigar en los escombros, descubren que uno de los pasajeros, Montgomery Scott, había logrado sobrevivir durante todo ese tiempo atrapado en un bucle infinito dentro del sistema del transportador.

Aparentemente, como resultado de unos experimentos científicos realizados por Geordi, muchos tripulantes y pasajeros del Enterprise sufren extraños dolores de cabeza y otros síntomas de debilitamiento.

Durante una ayuda ofrecida al planeta Tagra IV, una nueva pasajera llega a bordo del Enterprise, Amanda Rogers, que ha sido la elegida de entre cientos de estudiantes para poder formar parte de la tripulación de la nave. Sin embargo, los misteriosos poderes que intenta ocultar irán más lejos de lo que ella podía esperar. Luego aparece Q.

Debido a un mal funcionamiento del sistema del transportador, tras el regreso de unos días de vacaciones, Picard, Ro Laren, Keiko y Guinan se convierten en niños. Pese al rejuvenecimiento de sus cuerpos, sus mentes permanecen intactas, por lo que Picard intenta dirigir la nave con normalidad. Sin embargo, su estado hará que la tripulación no responda de la forma que debería.

Worf y su hijo Alexander quedan atrapados en la holocubierta por un problema informático que, además, anula los protocolos de seguridad. Por si fuera poco, un experimento de Geordi y Data se mezcla con el sistema holográfico generando numerosas copias de Data que pondrán en peligro la vida de los dos klingons.

La Doctora Farallon ha desarrollado un nuevo y revolucionario sistema de minado a gran escala, que presenta a la Federación. Durante su muestra a Geordi y Data, el androide llega a la conclusión de que los pequeños robots encargados del buen funcionamiento del sistema han alcanzado conciencia de su existencia, por lo que su altamente peligroso trabajo resulta inaceptable.

El Capitán Jellico es asignado para dirigir el Enterprise mientras dure una misión secreta dirigida por Picard en territorio cardasiano. Las relaciones entre el capitán temporal y la tripulación se convierten rápidamente en algo muy tenso, y la situación se agrava cuando Picard es capturado por los cardasianos.

Al conocer la tripulación del Enterprise que su capián había sido capturado, preparan una misión de rescate, sin embargo el capitán Jellico deniega la autorización para llevarla a cabo insinuando que en esos momentos Picard debía estar ya muerto. Riker es relevado de su cargo por acometer contra Jellico por su negativa, y su puesto es asignado a Data. La situación empeora en cada momento y la solución parece cada vez más inalcanzable.

Alteraciones en el programa de la holosección causan que el personaje del profesor Moriarty obtenga la capacidad de poder salir de la sala holográfica. Asombrados ante el inexplicable poder adquirido por el holograma, la tripulación del Enterprise decide investigar la situación.

Investigando los escombros que habían quedado tras la desaparición de la teniente Aquiel Uhnari, Riker, La Forge y la doctora Crusher encuentran lo que parecen ser sus restos. Durante el análisis de la zona, un klingon llamado Torak llega al Enterprise y, sorprendentemente, lo hace acompañado de Aquiel.

Deanna Troi despierta a bordo de una nave perteneciente al Imperio Romulano, y descubre que su aspecto físico ha sido completamente alterado para parecer uno de ellos.

En sus continuos intentos de desconcertar al capitán Picard, Q le ofrece la posibilidad de alterar su pasado evitando que un enfrentamiento con unos Nausicanos en la academia de la flota estelar le infligieran una grave herida que estuvo cerca de terminar con su vida. Sin embargo, modificar su pasado no conllevará los cambios en su vida que el capitán pensaba.

Sin comprender el motivo, Data empieza a soñar. Paralelamente, Worf es informado de que su padre podría formar parte de un pequeño grupo de supervivientes de la masacre que arrasó la colonia klingon de Khitomer, por lo que viaja a un antiguo campo de prisioneros Romulano, actualmente dirigido por Klingons que lo capturan a su llegada.

Capturado en el campo de prisioneros, Worf descubre que los niños klingons nacidos allí no habían conocido del modo de vida tradicional klingon, lo cual hace que tome cartas en el asunto para mostrarles como deben comportarse para honrar a sus familias y a su especie.

Para poder proceder a una limpieza de partículas acumuladas en la nave, el Enterprise debe someterse a un proceso altamente radiactivo que causaría la muerte de cualquier persona que estuviera a bordo. Por tal motivo, se ordena evacuar la nave antes de iniciar el proceso, sin embargo unos intrusos abordan el Enterprise con otras intenciones.

El capitán Picard se enamora de una nueva tripulante del Enterprise: la jefa de ciencias estelares Nella Daren. Durante una investigación dirigida por ésta en Bersallis III, su vida corre un gran riesgo y Picard debe decidir si pone en peligro la vida de más personas para rescatarla a ella.

El capitán Picard se debatirá entre aceptar la oferta que su antiguo profesor de arqueología le hace para formar parte de su grupo de investigación en lo que podría ser un enorme descubrimiento o bien seguir su carrera como oficial de la flota.

Riker participa en una obra teatral representada en el Enterprise por tripulantes de la nave. Su papel de enfermo mental parece que le afecta hasta el punto de sospechar que otros miembros de la tripulación estarían espiándole.

La doctora Beverly Crusher invita a bordo del Enterprise a un grupo de científicos para que su colega ferengi doctor Reyga les muestre su nuevo desarrollo: un escudo para proteger a una nave y su tripulación ante los efectos nocivos de las coronas estelares. La muerte de dos de los científicos pondrán en peligro la carrera de la doctora.

Después de lo encontrado en el campo de prisioneros en el que algunos klingons supervivientes de la masacre de Khitomer estaban viviendo sin respetar sus tradiciones, Worf pide autorización a Picard para viajar a Boreth, el planeta en el que los klingons esperan que su líder Kahless reaparezca para devolver la gloria al Imperio Klingon. Durante su estancia allí Worf queda sorprendido al presenciar el retorno a la vida de su líder.

El Enterprise acude al planeta Nervala IV para recuperar la información recolectada por la Flota Estelar durante las investigaciones realizadas allí años atrás y que fue abandonada allí al verse obligados a evacuar las instalaciones hacía ocho años. Al llegar descubrirán que un reflejo del transportador causó que una copia de Riker quedará atrapada allí.

Una nave Romulana efectúa una llamada de socorro a la que responde el Enterprise, en un momento en el que Picard, Deanna Troi, La Forge y Data están regresando a la nave a bordo de una lanzadera de largo alcance. Al alcanzar la lanzadera el punto en el que se encuentran ambas naves, descubrirán que estas se encuentran paralizadas en el tiempo, y que la nave romulana está atacando al Enterprise.

El Enterprise recibe una llamada de socorro de la base de Ohniaka III. Al llegar al planeta encuentran una nave desconocida que no responde a las llamadas y, al bajar al planeta, descubren los cuerpos sin vida de los científicos de la estación. Poco después descubren que los Borgs están en la base, pero estos Borgs tienen una peculiaridad: demuestran conciencia de individualidad.