Una nueva nave de la Flota Estelar, en plena persecución de los rebeldes maquis, se ve arrastrada a los confines de la galaxia.

La nave Voyager va rumbo a casa, las reparaciones están en marcha y es hora de elegir a la tripulación.

B'Elanna Torres tiene que enfrentarse a un consejo de guerra por agredir a un oficial. Mientras tanto, la Voyager es atrapada en un agujero negro por una fuente de energía que puede destruirla.

La capitana Janeway y Tom Paris son transportados accidentalmente al pasado de un planeta que será destruido por una terrible explosión que arrasa todo el planeta. Tendrán que actuar rápidamente para tratar de cambiar la historia y evitar que la gran explosión tenga lugar.

Una terrible raza, que roba los órganos vitales de otros seres, los Vidiianos, asalta la Voyager y sustrae los pulmones a Neelix. El Doctor tendrá que encontrar la forma de mantenerle con vida hasta conseguir una solución.

La Voyager se ve atrapada por un enorme ser que puede provocar la destruccción de la nave.

La Voyager localiza un agujero de gusano que conecta con el cuadrante Alfa. Aunque es demasiado pequeño para que la nave pueda atravesarlo, si que consiguen llamar la atención de un capitán Romulano que podría reportar a la Flota Estelar que siguen vivos y que están tratando de regresar a casa.

Tom Paris es acusado de un asesinato en un planeta desconocido. La condena impuesta es que tendrá que revivir el momento del asesinato cada 14 horas. Janeway está convencida de la inocencia de Paris y no parará hasta demostrarla.

Harry Kim es transportado durante su visita a un cementerio alienígena, quienes descubren que el edén que creían que existía después de la muerte en realidad es un asteroide desértico.

La Voyager descubre una raza que tiene la tecnología necesaria para que la nave regrese a casa, sin embargo su legislación no les permite compartirla. La tripulación pronto descubre que quizás un intercambio pueda servir para convencerles y compartir esa tecnología.

Seska, una antigua amante de Chakotay, desaparece tras encontrarse la Voyager con una nave Kazon. Luego descubren que es una espía Cardasiana que servía para ayudar a los Kazons contra la Voyager.

Harry Kim desaparece mientras está utilizando la Sala de Hologramas. El Doctor tiene su primera misión a bordo de la Voyager que consiste en viajar a un mundo holográfico que reproduce una antigua narración.

La Voyager es atacada por una raza que secuestra las mentes de la tripulación. El único que consigue resistir el ataque es Chakotay, que tendrá la importante misión de recuperar el control de la nave.

B'Elanna Torres es secuestrada por un científico que consigue dividirla en dos seres, uno humana y otro klingon. La tripulación de la Voyager intentará rescatarlas y revertir el proceso.

A bordo de la Voyager ha llegado un científico llamado Jetrel. Todos se alarman cuando descubren que este científico fue el creador de un arma que mató 400000 talaxianos, incluida la familia de Neelix.

Janeway decide comprobar si los oficiales maquis están preparados para servir como miembros de la Flota Estelar. Aunque los entrenamientos, liderados por Tuvok, son muy exigentes, los resultados serán sorprendentes.