Janeway y Tuvok trabajan con los Borg para luchar contra la Especie 8472 y Siete de Nueve, una drone Borg, se une a la tripulación de la Voyager para facilitar la comunicación con el colectivo. La resistencia de Chakotay a acatar las órdenes de los Borg, provocará un golpe de efecto de la relación de esta raza con la Voyager.

Siete de Nueve es confinada en el calabozo al ser descubierta intentando contactar con los Borg y Janeway decide recuperarla como humana. Mientras tanto, Kes empieza a tener poderes sobrenaturales.

B'Elanna trata de observar el día del honor de los Klingon. Durante un accidente, la Voyager se ve obligada a expulsar el núcleo Warp y queda perdido por el espacio. B'Elanna y Tom Paris salen a buscarlo pero la lanzadera explota y Paris y B'Elanna quedan abandonados flotando en el espacio.

Chakotay se ve involucrado en una guerra entre dos facciones locales. Al final decide ponerse del lado de una de las partes, viéndose envuelto en situaciones muy peligrosas.

El Doctor tiene el encargo de ayudar a un holograma de una nave alienígena tras la muerte de todos los miembros de su tripulación. Pronto descubrirá que el holograma tiene una gran animadversión hacia todos los seres que no sean hologramas.

Siete de Nueve roba una lanzadera y abandona la Voyager, debido a unos recuerdos Borg que la están atormentando. Durante su búsqueda, Tuvok y Paris descubren reveladores datos sobre el pasado de Siete de Nueve.

Toda la tripulación de la Voyager está sufriendo unas extrañas molestias. El Doctor se pone a investigar y descubre que la nave está siendo invadida por unos alienígenas invisibles.

La Voyager contacta con la temible raza Krenim, capaz de utilizar armas temporales. Siete de Nueve desarrolla una tecnología en defensa contra este tipo de armamento, que pone a la Voyager directamente en el punto de mira de los Krenim.

La Voyager ha sido gravemente dañada por el ataque de los Krenim, que están dispuestos a restaurar la línea temporal a cambio de una valiosa información. Al encontrarse en un callejón sin salida, Janeway decide poner en práctica una idea suicida.

B'Elanna es arrestada puesto que teóricamente sus pensamientos violentos provocaron que un telépata atacara a otro hombre. Posteriormente, el incidente provocará la muerte de una joven y Tuvok descubrirá un inquietante tráfico de pensamientos violentos.

La Voyager es atacada por unos alienígenas que utilizan un tipo de transportadores, capaces de atravesar los escudos, para el robo de equipos electrónicos de la nave. Janeway pone en marcha una versión holográfica de Leonardo Da Vinci con el holoemisor móvil del Doctor, para recuperar la tecnología.

Neelix es asesinado durante una misión y es resucitado gracias a las nanosondas de Siete de Nueve. Por culpa de ciertos motivos religiosos, Neelix llega a plantearse el suicidio por no haber experimentado la vida talaxiana post mortem.

La tripulación de la Voyager está experimentando sueños en los que siempre aparecen los mismos alienígenas. Chakotay comienza a investigar y pronto descubre que la Voyager sufre una invasión de aliens que se manifiestan en los sueños.

La Voyager detecta la señal de una nave de la Federación en el cuadrante Delta y consigue enviar al Doctor, que descubre que la nave está siendo comandada por romulanos. La única forma de liberar la nave será pedir ayuda a su imperfecto holograma médico de emergencia.

Tuvok y Siete de Nueve son capturados por los hirógenos al intentar recuperar un mensaje de la Tierra. Los hirógenos tienen intención de extraerles el esqueleto para conservarlo como un valioso trofeo.

Un cazador hirógeno persigue a un miembro de la especie 8472 que se refugia en la Voyager. Janeway se enfrentará al dilema de entregar la presa y evitar problemas con los hirógenos, o por el contrario, protegerla y evitar su captura.

El Doctor pone en tratamiento a Siete de Nueve al descubrir que está reprimiendo determinados recuerdos. Pronto averiguan que un comerciante entarano robó tecnología Borg de su cuerpo.

La Voyager es invadida por los hirógenos e introducen a la tripulación en la holocubierta ejecutando un programa al que han suprimido los protocolos de seguridad para poder utilizarles como presas.

Janeway y Siete de Nueve intentan interferir en el programa que se está ejecutando en la holocubierta para conseguir escapar y poder recuperar la Voyager.

Un alienígena atrapa a Tom Paris e intercambia su cuerpo con él. Atrapado en el cuerpo del alienígena, Paris es perseguido por los enemigos de este, que quieren matarlo.

La Voyager se encuentra con un extraño fenómeno y recibe la Directiva Omega, un fin de destruir las moléculas Omega que puede arrasar medio cuadrante. Janeway empieza a dar órdenes poco habituales sin dar ningún tipo de explicación y Siete de Nueve pronto empezará a desconfiar de su capitana.

La Voyager rescata a una mujer herida que afirma que ya ha estado en la nave antes y que mantuvo un romance con Chakotay. Sin embargo, nadie de la tripulación recuerda haberla visto alguna vez ni el ordenador tiene la presencia de ella en la Voyager.

700 años en el futuro, la tripulación de la Voyager es acusada erróneamente de haber provocado una terrible guerra civil en un planeta. El Doctor es reactivado y decide poner las cosas en su sitio.

En un planeta con una atmósfera irrespirable, los trajes de Tom Paris y Harry Kim fallan. En lugar de morir, inexplicablemente ambos se adaptan a la atmósfera del planeta sin ningún tipo de problema.

Siete de Nueve se queda completamente sola en la Voyager al estar toda la tripulación en estado de hibernación. Pronto esa soledad le empieza a afectar de una forma muy intensa.

Paris y Neelix regresar de una misión con un pasajero llamado Arturis que sabe más de 4000 idiomas. Él logra descifrar un mensaje de la Flota Estelar que podría conducir a un camino a casa. Luego la Voyager se encuentra con la USS Dauntless, una moderna nave de la Flota Estelar con un moderno motor capaz de llevarles a la Tierra en poco tiempo. Janeway pronto sospecha que algunas piezas del rompecabezas no terminan de encajar.