Siete de Nueve ha sido secuestrada y la Voyager tiene a un espía entre su tripulación. Continúa la búsqueda de la nave USS Equinox. Janeway estará dispuesta a utilizar cualquier medio para conseguir su objetivo.

Tres ex miembros del colectivo Borg visitan la Voyager. A pesar de que ya no pertenecen a los Borg hay un importante vínculo que les une a Siete de Nueve.

Inexplicablemente aparece un grupo de Klingons que mata a la tripulación de la Voyager. La única superviviente, B'Elanna, aparece en la barcaza que lleva al infierno Klingon, según las creencias religiosas de esta especie.

El Doctor sido rechazado para ser nombrado Comandante Médico de Urgencia. Mientras disfruta de sus fantasías holográficas, unos alienígenas le monitorizan con el objetivo de atacar a la Voyager.

Tom Paris repara una antigua lanzadera y consigue un dispositivo que hace que la máquina responda directamente a sus pensamientos. El vínculo emocional con la lanzadera irá aumentando progresivamente hasta llegar a una fase peligrosa.

Volviendo de una misión Tuvok es atacado por un alienígena que daña su cerebro. Ahora tendrá que volver a aprenderlo todo, incluso el control de sus emociones.

Al repeler el ataque de unos alienígenas de avanzada tecnología, la Voyager descubre una civilización perdida que ha dejado a algunos de sus miembros en hibernación. Cuando revive a uno de ellos, Siete de Nueve desencadena una serie de acontecimientos potencialmente mortíferos.

Al descubrir un extraño fenómeno, la tripulación de la Voyager se da cuenta de que se trata del mismo que absorbió a un módulo tripulado de una de las primeras misiones humanas a Marte. A pesar del peligro, Chakotay y Paris se introducen en el fenómeno para investigar.

Habiendo descargado más información de la que puede procesar, Siete de Nueve comienza a ver conspiraciones por todas partes. Tras informar en secreto tanto a Janeway como a Chakotay, se las arregla para reavivar los destructivos recelos que existen entre los miembros de la Flota Estelar y los Maquis.

Obsesionado con entrar en contacto con la Voyager, y cada vez más dependiente de una versión holográfica de su tripulación, el teniente Reginald Barclay desafía las órdenes directas de abandonar la investigación de su proyecto y atrae el interés de la consejera Deanna Troi.

Visitando Fair Haven, una recreación holográfica de un pueblo irlandés, Kathryn Janeway se siente atraída por el camarero local. Tras reprogramarle un poco, y borrar a su esposa, Janeway se siente demasiado enamorada del personaje holográfico.

Atrapada en la órbita de un planeta donde el tiempo pasa mil veces más deprisa, la Voyager es considerada un objeto celestial por los habitantes del planeta, quienes finalmente desarrollan la tecnología necesaria para alcanzarla.

Los arrogantes Qomar desprecian la tecnología de la Voyager, inferior a la suya, hasta que escuchan cantar al Doctor. Fascinados por este fenómeno desconocido, los Qomar reciben al Doctor como a una estrella, y le invitan a quedarse con ellos para siempre.

Cuando Chakotay, Tom Paris, Harry Kim i Neelix vuelven de explorar un planeta comienzan a experimentar recuerdos comunues de haber tomado parte en una atrocidad alienígena, y Kathryn Janeway no sabe qué pensar. Pero lo más extraño es que la propia Janeway también parece compartir esos recuerdos.

Secuestrada y obligada a participar en el combate mortal llamado Tsunkatse, Siete de Nueve tiene que aprender a luchar por su vida mientras intenta liberarse a si misma y a su compañero Tuvok, que está herido.

Chakotay, Paris y Neelix son capturados por un cubo Borg que se comporta de una manera errática, y Janeway descubre que el cubo está pilotado por niños Borg. Sin embargo, los niños no vacilan en amenazar las vidas de sus cautivos.

Cuando los habitantes de Fair Haven se enteran de la capacidad para alterar la realidad de los amigos de Tom Paris, los aldeanos holográficos creen que son el Pueblo de los Espíritus y reaccionan mal ante la idea.

Una nave que huye entra en contacto con la Voyager, y su piloto aifrma ser Lindsay Ballard, una mujer miembro de la tripulación de la Voyager que fue asesinada tres años antes. Aunque la recién llegada no se parece nada a Ballard, Harry Kim cree su historia.

Aunque la Voyager consigue encontrar el rastro de los padres de Icheb, el joven drone Borg, éste se muestra disgustado con el reencuentro, y Siete de Nueve se muestra reticente a dejar volver al muchacho. Se desencadena un tenso conflicto de voluntades.

Tras ser informada de que tres miembros de la tripulación han suspendido una prueba de aptitud, Janeway les lleva consigo a una misión que pone en peligro la vida de los cuatro oficiales.

Utilizando la identidad de Janeway y Tuvok, un grupo de artistas de la imitación van de un sistema planetario a otro realizando lucrativos fraudes. Acusados los verdaderos de las estafas, la Voyager persigue a los impostores.

Varada tras un accidente con una lanzadera, B'Elanna descubre que, pese a las amenazas de su celosa novia, un poeta local la ha adoptado como su musa, para que le ayude con una obra concebida para traer la paz a sus congéneres.

Una Kes mayor y deforme regresa a la Voyager, desactivando los sistemas de la nave y utilizando el núcleo Warp para vengarse de Janeway y la tripulación, a quienes acusa de su actual y extraño estado, y retrocede en el tiempo.

Cuando se entera de que su creador, Lewis Zimerman, se está muriendo, el Doctor es transmitido de vuelta al cuadrante Alfa para ayudarle. Intentando ayudar a su truculento padre, el Doctor descubre que su propio programa se está degradando peligrosamente.

Con la nave sin energía, los niños Borg se despiertan y encuentran a Neelix esperándoles con una linterna de plasma. Neelix intenta calmar a los niños con un cuento, y tiene lugar la historia del fantasma de la cubierta 12.

Habiendo soñado con un hermoso bosque, Siete de Nueve se da cuenta de que ha tenido una visión de la Unimatrix Cero, una construcción Borg donde los drones pueden mantener su individualidad. Mientras la reina Borg intenta blindar la construcción, Janeway se une a la Unimatrix Cero donde la reina Borg la descubre y quiere vengarse.