Kara le da la bienvenida a CatCo a una nueva reportera llamada Nia Nal. James y Lena discuten sobre la inminente acusación por actuar como vigilante. Alex y Brainy no son capaces de sincronizarse en el DEO.

Una impactante noticia causa un gran revuelo en National City. Alex toma el control del DEO y Supergirl trata de capturar a Mercy Graves. En CatCo Kara decide escribir una historia sobre Mercy y le pide a Lena que se la presente.

Ben Lockwood no siempre odiaba a los extraterrestres. A través de una serie de incidentes, y la opinión de su padre anti-alienígena, Ben se transforma lentamente de un profesor de buenos modales en el villano Agente Libertad de hoy.

Cuando Supergirl necesita ayuda, Alex avisa a Lena y Brainiac. J'onn duda sobre su decisión de abandonar el DEO. Sin embargo, tras encontrarse con Manchester Black, se da cuenta de que hay otras maneras de ayudar a los alienígenas.

La coronel Haley toma una decisión inesperada sobre Supergirl. Kara escribe una serie de artículos hablando sobre extraterrestres de National City para que los humanos dejen de tenerles tanto miedo.

Pese a celebrar Acción de Gracias, Kara está triste tras su debate televisivo con Ben Lockwood sobre el sentimiento antialien de National City. James y Lena tratan de encontrar el mejor modo de lidiar con los Hijos de la Libertad.

James (Mehcad Brooks) se adentra en los Hijos de la Libertad en sus esfuerzos por encontrarse con Agent Liberty (Sam Witwer). Mientras tanto, Supergirl (Melissa Benoist) y Manchester Black (estrella invitada David Ajala) siguen una pista con la ubicación de Agent Liberty, pero las cosas toman un giro oscuro. Lena (Katie McGrath) inicia su primera serie de pruebas.

Nia tiene un poderoso sueño sobre el Agente de la Libertad pero rechaza verlo como un sueño profético y lo deja de lado. Después de darse cuenta de que algo preocupa a Nia, Kara pide ayuda a Brainy, y ambos intentan persuadir a Nia para que acepte su destino. Mientras tanto, Manchester Black le hace a Ben Lockwood una visita amenazante.

Supergirl, Flash, Green Arrow y Superman se ven envueltos en la mayor batalla de su vida.

La coronel Haley se enfada cuando Supergirl responde a una llamada de socorro de un barco de la armada que esconde un letal ataque alienígena. La coronel Haley recupera el territorio para el DEO y exige que Supergirl se retire.

Kara acompaña a Nia a su ciudad natal para visitar a su familia durante el festival anual de la cosecha. Mientras está en casa la madre de Nia la anima a aceptar su destino.

J'onn recibe clientes en su nueva oficina; Kara y J'onn trabajan juntos; Nia invita a Brainy a su fiesta de San Valentín.

Manchester Black se fuga de la cárcel con la ayuda de su nuevo equipo, The Elite, que está decidido a castigar a las fuerzas antialienígenas. Supergirl hace un doble trabajo mientras intenta aprehender a Manchester Black y a su equipo, así como lidiar con un nuevo y sorprendente desarrollo con Ben Lockwood.

Con Ben Lockwood intentando alterar el movimiento antialienígena y con la Élite tras él, Supergirl se preocupa por la seguridad de todos los estadounidenses, humanos y alienígenas.

Sacado en secreto de prisión debido a problemas de salud, Lex Luthor visita a su hermana, Lena, para pedirle que le ayude a encontrar una cura. Perspicaz como siempre, Lena sospecha de las motivaciones de Lex, pero cuando se enfrente a una situación de vida o muerte, debe decidir qué siente realmente sobre su hermano. Mientras tanto, Supergirl y J’onn se enfrentan a Manchester Black. La hermana de James, Kelly, llega a la ciudad.

Debido al regreso de Lex Luthor, la serie echa la vista atrás para ver qué es lo que ha estado haciendo durante los dos últimos años y cómo sus planes y maquinaciones han afectado a Supergirl y Lena.

Supergirl debe lidiar con las consecuencias destructivas de los injustos planes de Lex. Sorprendida por lo que Lex ha creado, Supergirl enfrenta su mayor desafío hasta el momento.

Kara y Lena van a la Isla Stryker buscando pistas sobre cómo vencer a Lex. En la cárcel Kara intenta hacerse amiga de un preso llamado Steve que podría tener información sobre Lex mientras Lena intenta descifrar los acertijos que Lex les ha dejado.

Dreamer se convierte en la protectora de National City mientras Kara trabaja para limpiar el nombre de Supergirl y se enfrenta a Ben Lockwood; James toma medidas extremas para superar su TEPT.

Kara y Lena se dirigen a Kaznia para capturar a Lex. Sin embargo, Eve Tessmacher pone una trampa para el dúo que podría revelar que Kara es Supergirl. Mientras tanto, Alex recibe una llamada telefónica muy esperada, James practica usando sus poderes, y Ben Lockwood toma una posición peligrosa dentro del DEO.

Kara se enfrenta cara a cara con Hija Roja y luchan en un combate épico. Decidida a descubrir el modo de extraer Harun-El, Lena busca ayuda de una persona inesperada: Lillian Luthor.

Lex Luthor llega a Washington y cita a Lena y Lillian Luthor en la Casa Blanca. Supergirl se da cuenta de que aún hay un modo de detener a Lex y utiliza el poder de la prensa para hacerlo.