Las Tortugas están trabajando de una vez por todas para deshacerse de sus mutaciones, Donatello utiliza un Programa de Realidad Virtual para probar los efectos de una posible cura que ha creado usando los Cristales de Vórtice. En su mundo natal, Dregg planea regresar a la Tierra, su principal científico, Mungg le presenta al villano microbichos capaces de crear maquinaria avanzada en segundos en lugar de días o meses, así como rastrear los Cristales de Vórtice que se usan actualmente en tierra. De vuelta en la tierra, Donatello prueba su cura tanto en sí mismo como en el resto del TMNT de verdad. Funciona, bueno, al menos en la MAYORÍA de la máquina verde, uno de los microbichos que Dregg envió a la Tierra para encontrar los cristales de vórtice, ha localizado la fuente en la guarida. Invisible, roba uno de los cristales justo cuando Leonardo recibe tratamiento para su propia mutación.

Habiendo recapturado el Leonardo mutado, las Tortugas lo restauraron rápidamente a la normalidad utilizando la tecnología de cristal vórtice. Al principio, parece que el experimento ha funcionado esta vez, pero pronto el pie de Leonardo comienza a brillar, todavía tiene la enfermedad, y eso significa que es solo cuestión de tiempo hasta que mute una vez más ... Dreg le ordena a Mung que tome el control de una planta de energía para que pueda obtener su gran suministro de plutonio. April, todavía ansiosa por hundir sus dientes en una nueva historia, investiga un anillo de chop-chop en el trabajo en la ciudad. Leonardo vuelve a mutar completamente, y los TMNT una vez más son arrojados a un coral calentado a su líder un poco más mutado de lo habitual, que los lleva a través de la ciudad y de regreso. La persecución de Leonardo por TMNT es interrumpida por Dregg, quien lo captura.

A bordo del Dreggnaught, Dregg y Mungg están discutiendo su próximo movimiento contra las Tortugas cuando Mungg le informa a Dregg que, mientras exploraba las dimensiones, se encontró con dos individuos que afirmaban que eran "viejos conocidos de las tortugas": ¡Shredder y Krang! Intrigado por la posibilidad de utilizar a los enemigos mortales de TMNT como peones en su gran esquema, Dregg hace los preparativos para traer de vuelta a la Tierra a Shredder y Krang. Mientras tanto, Donatello cura a Carter de su enfermedad de mutación, usando el proceso que usó para curar a sus hermanos. Carter, queriendo regresar a la civilización, decide que ha llegado el momento de dejar atrás The TMNT y Nueva York, y se despide. En otra parte, en la planta de energía, Dregg y Mungg activan el Vortex Transporter, lo que causa un apagón en toda la ciudad, pero a los ojos de Dregg, el caos vale la pena, ya que el transportador logra traer de vuelta a Shredder y Krang.

Las habilidades, poderes y recuerdos de las batallas de las Tortugas, Shredder y Krang son absorbidos por Dregg, y se convierte en un súper ser. Detiene a sus prisioneros drenados y se prepara para iniciar la etapa final de su plan para conquistar la tierra utilizando los transportadores de materia para proyectar piezas del sol mismo en cualquier ciudad de su elección, continuará haciéndolo hasta que la Tierra le transmita el Título de emperador. Mientras tanto, Splinter es visitado por viajeros en el tiempo del futuro lejano, que ha venido a ayudar al TMNT, con la aprobación de Splinter, viajan dos años atrás y arrancan un equipo de tortugas del pasado. Pero hay un precio a pagar por este hecho, las tortugas pasadas solo tienen 24 horas antes de que tengan que ser devueltas, o la línea de tiempo actual de la tortuga dejará de existir.

Carter, April y las tortugas del "pasado" están siendo atacadas por monstruos que se elevan a cincuenta pies sobre ellas. Los héroes finalmente escapan y llevan a las tortugas "presentes" debilitadas a la guarida. April se dirige para advertir a las autoridades del plan de ataque de Dregg. Dregg y su tripulación planean una invasión de Monstruos de Ataque para apoderarse de la Tierra y convertirla en su nueva base de operaciones, pero primero tiene que recuperar su chip transportador de Shredder ... Mientras tanto, Krang y Shredder se liberan de los escombros de la cueva. en la construcción y regresar a la planta de energía nuclear. De vuelta en la guarida de las Tortugas, las Tortugas debilitadas son revividas. Las tortugas del "pasado" quieren llegar a casa. Carter envía un mensaje a Landor y Merrick para llevar a las tortugas al pasado, pero no recibe respuesta.

El Dr. Alvin Huxley ha demostrado su invención innovadora: la computadora de proteínas, una computadora que piensa tan rápido como una mente humana y se puede vincular a una. Cuando algunos gángsters irrumpen en la conferencia del profesor e intentan secuestrarlo, las tortugas llegan y ahuyentan a los gángsters. Pero estos no son gángsters comunes, ya que su jefe es el Globfather, una gran ameba verde viscosa con un traje a rayas y un sombrero de fieltro. El Globfather está en la Tierra y quiere obtener la computadora de la proteína para alguien que esté dispuesto a pagar mucho por ella.

Con la ciudad rompiéndose, las tortugas se dirigen a la calle para investigar y ver al Dreggnaut aparecer en el cielo. Son atacados por hombres murciélagos y el mismo Dregg, pero logran escapar. Pero Dregg ya tiene un plan y, con la ayuda de Mung, reprograma el transportador para abrir una urdimbre en el espacio. Según Donatello, esta urdimbre crecerá lo suficiente como para tragarse la Tierra en dos horas, enviando al planeta a la Dimensión X. Las Tortugas y la Astilla intentan detener el plan de Dregg, pero son absorbidas y separadas: Leonardo y Donatello aterrizan en un planetoide y Miguel Ángel y Rafael en otro mundo. Splinter, sin embargo, llega al Dreggnaut e intenta anular los controles del transportador, pero tiene que luchar contra los hombres murciélagos. De vuelta en la Guarida, April intenta usar la computadora para detener el portal, pero continúa tragándose el planeta.

Los TMNT se enfrentan a un poderoso guerrero alienígena, aunque nuestros héroes pueden hacer retroceder al alienígena, se las arregla para agarrar la hebilla del cinturón de Leonardo antes de escapar. El alienígena regresa a una cantina situada en un planeta extraño. En el interior, Dreeg está reuniéndose con los combatientes más fuertes y temidos de este mundo, y promete riqueza y poder a cualquiera que pueda durar 90 segundos con las Tortugas. De vuelta en la tierra, los TMNT todavía están desconcertados por su batalla anterior cuando aparece otro alienígena, las tortugas también derrotan a este, pero se las arregla para escapar con Bo de Donatello. Las tortugas luchan con al menos tres alienígenas más, y pronto están en alerta constante por más sorpresas. En el planeta alienígena, Mung está cada vez más preocupado por la cordura de Dregg. Su ardiente obsesión por destruir a las tortugas lo ha llevado a perder de vista su objetivo original: conquistar el planeta tierra.