Tras la desastrosa primera cita entre Carly y Shaun Murphy, el doctor propone una cirugía radical para salvar la vida de una mujer recién casada. Mientras tanto, la nueva jefa de cirugía, la Doctora Audrey Lim, anuncia que los residentes pueden dirigir cirugías, por lo que la Doctora Morgan Reznick y el Doctor Alex Park compiten por conseguir la operación de un paciente de edad avanzada al que se le ha diagnosticado cáncer.

El Dr. Marcus Andrews intentará ayudar a un buen samaritano que ha resultado herido tras intentar detener una agresión sexual. Mientras, la Dra. Audrey Lim tendrá que enfrentarse a una decisión muy difícil: los padres de un joven paciente sospechan que el Dr. Neil Melendez ha cometido un terrible error y tendrá que tomar cartas sobre el asunto.

La Dra. Claire Brown se enfrenta a varias complicaciones en casa y en el trabajo mientras se prepara para dirigir su primera cirugía. Mientras tanto, un accidente de pesca deportiva desafía al resto del personal, ya que buscan tratar las lesiones del pescador sin dañar el premio capturado.

Un teórico conspiracionista cuestiona al Dr. Neil Meléndez el daño que sufre en el hígado. La doctora Claire Brown trata a una mujer cuya incapacidad para sentir dolor es una amenaza tanto en su matrimonio como en su vida. Mientras tanto, el Dr. Shaun Murphy y el Dr. Aaron Glassman se enfrentan a una crisis en sus relaciones románticas.

Shaun lidera su primera cirugía, pero no va todo lo bien que se esperaba. Claire, Morgan y Melendez tratan a un hombre que parece haber recaído en el alcohol, pero que la inestimable fe de su mujer en él finalmente le salva la vida.

Mientras está realizando su primera cirugía en solitario, el Dr. Shaun le pide a una enfermera que salga del quirófano. No sabe cómo comunicarse y esto pone en peligro su residencia en el hospital. También en este episodio, el Dr. Neil Meléndez no está de acuerdo con que la Dra. Audrey Lim realice una cirugía arriesgada y la Dra. Claire Brown tendrá un comportamiento autodestructivo causando ambiente en el lugar de trabajo.

La capacidad única del Dr. Shaun Murphy de relacionarse con un paciente aislado por una inmunodeficiencia produce un resultado inesperado. Mientras tanto, la Dra. Claire Browne, la Dra. Morgan Reznick y el Dr. Marcus Andrews tratan a un paciente de 12 años que está a punto de quedarse ciego, y la tensión aumenta entre el Dr. Neil Melendez y la Dra. Audrey Lim.

La frustración de Carly sigue en aumento tras no conseguir intimar con Shaun todo lo que le gustaría. Mientras tanto, Lim y Melendez trabajan para conseguir separar su vida laboral de la personal.

Shaun está listo para el siguiente paso en su relación con Carly; sin embargo, él continúa luchando a medida que se acercan y se vuelven más íntimos, y recibe noticias preocupantes sobre un tema profundamente personal. Mientras tanto, una paciente joven debe decidir un tratamiento que pueda salvar su vida o posiblemente destruir su matrimonio.

Shaun visita a su padre en su lecho de muerte y la reunión familiar revela resultados inesperados. Meléndez, Park, Reznick y Claire tratan a una estrella lesionada de la NFL con daño espinal severo. Claire aborda su salud mental.

Mientras Shaun trata de equilibrar sus sentimientos hacia Carly y Lea, Claire busca en su pasado para conectar con un paciente problemático. Andrews debe averiguar cómo operar a una mujer que rechaza la anestesia.

Los médicos deben tratar a un corredor de 25 años que sufre una hinchazón severa. Dos pacientes con cáncer de 16 años están luchando contra él. Shaun y Carly siguen esforzándose por reforzar su relación.

Crece la tensión familiar tras la llegada de la madre de Morgan a Ventura, mientras Shaun descubre que aún le quedan cosas por hacer con Carly.

Después de que Shaun trata a una paciente influencer, tiene que lidiar con atención no deseada. Además, los esfuerzos de Carly para separar a Shaun de Lea son desafiados.

A pesar de las dudas de todos los demás, Shaun tiene la esperanza de que a Carly le parezca bien su amistad con Lea. El equipo trata a un niño nacido sin una tráquea completamente formada e incapaz de hablar, y que puede ser un buen candidato para un procedimiento experimental.

Cuando el Dr. Shaun Murphy hace una confesión emocional, el resultado puede no ser el deseado. Mientras tanto, se obsesiona con realizar una autopsia en una Jane Doe, lo que desafía sus relaciones en el hospital. La Dra. Claire Browne, la Dra. Morgan Reznick y el Dr. Marcus Andrews tratan a un estudiante universitario con un misterioso trastorno de doble personalidad.

Una paciente con una enfermedad misteriosa y no diagnosticada que ha desconcertado a otros médicos durante años obliga a Shaun y al equipo a correr grandes riesgos. Claire y Melendez continúan navegando con cautela sus sentimientos mutuos como compañeros y amigos.

Claire y Shaun tratan a un paciente con una forma rara de enanismo. Reznick, Lim y Park tratan a un joven al que le arrancaron los brazos en un accidente agrícola anterior. Shaun reacciona a una situación emocional.

La ciudad de San José se ve sacudida por un terremoto masivo que pone al personal del Hospital St. Bonaventure en alerta máxima mientras compiten para evaluar el daño y dar cuenta de la seguridad de sus colegas y amigos. Mientras tanto, el Dr. Neil Meléndez y el Dr. Aaron Glassman asisten a un evento de caridad cuando sus vidas se ven amenazadas por el terremoto.

El personal del Hospital St. Bonaventure trabaja contrarreloj y por la propia seguridad personal para salvar la vida de quienes los rodean.