La tension entre el FBI y el CBI sigue en aumento tras la fallida operación de captura de John el Rojo con la que finalizó la cuarta temporada. El equipo de Lisbon debe trabajar con el agente Mancini, y deberán dejar a un lado las diferencias para evitar que el escándalo salga a la luz y descubrir al autor de un doble asesinato. Una pelea, un sabotaje y la discusión por la custodia de Lorelei, colaboradora de John el Rojo, harán que la situación salte por los aires.

Mientras el equipo investiga el asesinato de un cortador de diamantes, Jane se reúne con una chica que dice ser su difunta hija, Charlotte.

El CBI investiga la muerte de un empleado de banca que fue asesinado durante un atraco. Las pistas hacen pensar a Jane que podría tratarse de un trabajo orquestado desde dentro. Los problemas entre el equipo de Theresa Lisbon y los hombres del FBI se recrudecen.

Rigsby recibe una llamada por un tiroteo con víctimas a las afueras, en Carson Springs (California). Se trata del asesinato de un peluquero local en plena calle y Jane con su agudeza habitual pronto averiguará que un hombre herido también está implicado. Lo localizan y descubren que se trata de Steve Rigsby, padre del agente Wayne Rigsby. Todo va a complicarse cuando el progenitor, hospitalizado, pone pies en polvorosa.

El capítulo 100 cuenta cómo fue el primer caso de Jane en el CBI y cómo conoció a sus compañeros de trabajo y amigos. También muestra cómo Patrick pasó de ser un devastado padre y marido en busca de información sobre Red John al asesor de la CBI. En el capítulo regresará Gregory Itzen como director del CBI.

Jane sigue indagando para averiguar quien permitió la salida de Lorelei de la cárcel. Mientras, aparece el cadáver de un guardia de seguridad con dos impactos de bala. Pronto localizan a un hombre llamado Isaac Goodwin que asegura estar por la zona para recoger el correo de su hermano y su mujer que están de viaje, pero Jane y Lisbon descubren que Marcus y Pella Goodwin han sido secuestrados y su hermano no ha hablado con la policía porque le habían asegurado que los matarían si les avisaba. Aparentemente podrían haber cometido un error al confundirse con la identidad de la pareja.

El CBI investiga el asesinato de una periodista, mientras Jane insiste en su búsqueda de Lorelei. El mítico actor de Perdidos Henry Ian Cusick encarna en este Capítulo a Tommy Volker, un playboy multimillonario que se convierte en sospechoso.

Con la ayuda de Brett Stiles, al que da vida Malcolm McDowell, Jane orquesta un elaborado plan para sacar a Lorelei Martins de prisión con la intención de que lo conduzca hasta John el Rojo. Simon Baker dirige por tercera vez un episodio de la serie que protagoniza.

El CBI investiga la muerte de un agente inmobiliario con antiguos problemas con las bandas. Mientras, Jane sigue buscando pistas de su nueva conexión con John el Rojo. La actriz de Miénteme Mónique Gabriela Curnen da vida a Tamsin Wade, agente de la unidad de bandas del CBI.

La muerte de un joven botánico lleva al CBI hasta el lucrativo mundo de la venta de marihuana con fines terapéuticos. El equipo de intervención rápida del CBI solicita la colaboración del agente Cho, que durante una misión se encontrará de bruces con la que fuera su novia y confidente, Summer.

El CBI visita un centro de rehabilitación californiano durante la investigación de la muerte de una joven modelo que recibía terapia allí. Mientras, Lisbon retoma su investigación sobre el millonario Tommy Volker (al que da vida el actor de Perdidos Henry Ian Cusick). El capítulo cuenta con la aparición estelar de la actriz Mary Lynn Rajskub, que da vida a una paciente del centro de rehabilitación.

Un asesinato cometido hace meses podría ser la ayuda que Theresa Lisbon está esperando para poder capturar definitivamente a Tommy Volker. El CBI investiga la muerte de un geólogo, un crimen que Lisbon está segura será la clave que consiga llevar al multimillonario a prisión.

¿Ha dado Jane finalmente con el origen de John el Rojo? El CBI investiga un caso que se remonta 25 años atrás, y en el que parecen estar conectados la secta Visualiza y el asesino de la familia de Patrick Jane. Mientras tanto, Lisbon se plantea si su futuro está en el CBI.

El equipo de CBI se adentra en el mundo sorprendentemente feroz de los académicos en un caso que involucra a un estudiante en un museo de historia natural. El actor de "Supernatural" Rob Benedict interpreta a un profesor adjunto y Zuleikha Robinson, de "Homeland", da vida a una científico.

Jane y el equipo del CBI investigan el asesinato la anciana millonaria Vogelson Elise (interpretada por la estrella invitada Mariette Hartley), cuyos restos son encontrados en la sala de su mansión fantasmagórica.

Lorelei Martins vuelve, determinada a averiguar si realmente John El Rojo tuvo algo que ver con la muerte de su Hermana. Con la vuelta de Lorelei, Patrick Jane se ve obligado a confesarle a Lisbon su papel en la huida de prisión de la joven cómplice del asesino de su familia.

Una médica del ejército que trabajó con soldados con trastorno de estrés post-traumático es encontrada muerta cerca de una base militar.

La joven solista de una producción musical aparece muerta la noche del estreno. El CBI investiga el asesinato, en el que se mezclan las ambiciones del reparto con la obsesión de los productores por conseguir financiación. Mientras, Jane sigue intentando conseguir información sobre John El Rojo de Jason Lennon, que sigue en coma en el hospital.

El equipo de Theresa Lisbon viaja a un decadente pueblo turístico al estilo 'salvaje oeste', donde el dueño es encontrado muerto. Mientras, Kirkland trata de averiguar cuánto sabe realmente Patrick sobre John El Rojo.

Rigsby y Van Pelt se hacen pasar por una pareja con problemas en su relación, para investigar la muerte de una mujer que recibía consejos sentimentales de un especialista en relaciones en la radio.

J.J. LaRoche pide personalmente la ayuda de Patrick Jane. El cofre que ha escondido en su caja fuerte durante nueve años ha sido robado de su propia casa.

Justo cuando Jane reduce la lista de sospechosos de ser John el Rojo a siete personas, el despiadado asesino golpea de nuevo. La víctima está relacionada con el pasado de Patrick.