Trece años después de los últimos acontecimientos, Tad O'Malley, un popular teórico de las conspiraciones, acude a Fox Mulder y Dana Scully en busca de ayuda para lo que cree es una enorme conspiración del gobierno.

Cuando un científico se suicida de repente, Mulder y Scully investigan qué fuerza invisible le puede haber conducido a ello. Lo que descubren es un laboratorio donde la experimentación genética extrema ha estado sucediendo desde hace décadas, criando pacientes que poseen poderes inesperados y peligrosos - y que albergan resentimientos profundos.

Mulder cuestiona su fe en lo inexplicable. Se trata de tener las pruebas de la existencia de la nueva criatura que él y Scully investigan antes de sacar conclusiones.

Mulder y Scully son enviados a investigar el asesinato de un funcionario de la ciudad, que parece que ningún ser humano pudo haber cometido.

Cuando una galeria con arte potencialmente ofensivo es bombardeada, Mulder y Scully intentan encontrar alguna manera de comunicarse con el que puso la bomba, quien se encuentra en coma, para prevenir un futuro ataque.

Mulder y Scully descubren una verdad inesperada e impactante que tendrá ramificaciones globales.