Retomando la trama del último episodio de la temporada anterior, Mulder y Scully descubren que no son los únicos que buscan desesperadamente a su hijo perdido, William. El destino mismo del mundo puede depender de ello.

Un viejo amigo se acerca a Mulder y Scully, de una forma aparentemente imposible, para revelar un secreto escalofriante.

Una oleada de muertes, en la que las víctimas fueron atacadas por sus propios doppelgangers, lleva a Mulder y Scully hasta un par de gemelos que juegan un juego peligroso.

Explorando la idea del Efecto Mandela, en el que grandes grupos de personas recuerdan una historia alternativa, Mulder y Scully descubren cómo se pueden haber originado los Expedientes X.

Tras la pelea de dos adolescentes que se acusan de ser monstruos, Mulder y Scully descubren que la investigación podría conducirlos a su hijo perdido, William.

Skinner desaparece sin avisar cuando su pasado regresa para perseguirlo. Mientras Mulder y Scully intentan localizarlo, su creciente desconfianza hacia él alcanza su punto culminante.

En un mundo donde la inteligencia artificial está cada vez más presente, Mulder y Scully se convierten en el blanco de un juego mortal del gato y el ratón.

Mulder y Scully investigan el terrible ataque de un animal a un niño pequeño en Connecticut, aunque sospechan que hay fuerzas más oscuras involucradas detrás del incidente.

Mientras investigan el robo de órganos humanos, Mulder y Scully descubren un culto misterioso repleto de rituales macabros.

Mulder y Scully se apresuran a buscar a William mientras el Fumador avanza con su último plan.