Scully ayuda a Mulder a fingir su muerte para que pueda entrar sin problemas en el Departamento de Defensa y descubra las repuestas a sus nuevas preguntas sobre el complot del gobierno alrededor de la existencia de vida extraterrestre. Mientras, en una reunión entre el FBI y el Departamento de Defensa, el intento de Scully por desvelar al informante de la conspiración es detenido mientras su cáncer empeora.

El Fumador ayuda a Mulder a obtener la cura para Scully y le deja ver a su verdadera hermana que resulta no estar tan feliz de verle. A cambio, el Fumador le pide que renuncie al FBI y trabaje para él en el Sindicato donde tendría poder y respeto, pero él lo rechaza, decidiendo quedarse en el lado de la justicia. Mientras la cura para Scully parece funcionar, el Fumador enfrenta a sus propios enemigos y muere.

Un equipo de las fuerzas especiales irrumpe en un oscuro almacén lleno de charcos de sangre en 1989. Los oficiales Langly, Frohike y Byers encuentran a Mulder desnudo en el suelo. Byers cuenta los hechos que les llevaron al almacén. Byers acude a una feria de informática en un centro de convenciones, donde conoce a una bella mujer llamada Holly, quien afirma que su ex novio ha secuestrado a su hija. Tras identificar al agente Mulder como su ex novio en el centro de convenciones, Holly desaparece.

Mientras se dirigen a la ponencia de un grupo de agentes del FBI, Mulder y Scully sufren un accidente en una área forestal de Florida, donde tres hombres han desaparecido recientemente.

Filmado en un artístico blanco y negro y con un peculiar estilo narrativo, este episodio aborda el mito de Frankenstein de forma humorística, cuando Mulder y Scully quedan atrapados en un pueblo donde los habitantes viven viendo episodios de Jerry Springer y le temen a un monstruo de dos caras. Sin duda se trata de un peculiar experimento personal de Chris Carter.

En sus vacaciones navideñas con la familia de su hermano, Scully recibe una misteriosa llamada de una voz familiar que le dice "Ella necesita tu ayuda. Ve con ella". La llamada lleva a Scully a un caso de asesinato donde la hija adoptiva de la víctima, de 3 años, se parece mucho a su hermana Melissa, a su edad. Scully cree que su hermana tuvo un bebé mientras viajó por el país y trata de adoptarla, sabiendo que cuidarla le cambiará la vida.

Una prueba de ADN revela que Emily es en realidad la hija de Scully y Mulder la ayuda a averiguar cómo y dónde nació la niña, mientras Scully trata de ayudar a la niña con su propia enfermedad, una rara forma de anemia.

Robert Patrick Modell escapa del psiquiátrico; Mulder y Scully se lanzan a su captura antes de que tome venganza contra su objetivo favorito: Mulder. Mientras se desarrolla el operativo, Mulder descubre la posibilidad de que Modell en realidad pueda estar tratando de protegerlo de alguien más.

Un terapeuta que trabaja con niños maltratados resulta estar implantándoles con sus propios recuerdos de maltrato de sus padres.

La primera contribución de Stephen King muestra a Scully tomándose unas tranquilas vacaciones que terminan mal y la llevan a un pequeño pueblo de Maine donde la muñeca de una niña parece tener terribles poderes.

Un virus informático se pierde en Internet y comienza a multiplicarse, llegando a matar a su propio creador cuando intenta desactivarlo.

Una siniestra criatura ataca a un adolescente, Ronnie Strickland, en pleno campo de Texas. Los agentes Mulder y Scully llegan poco después y Fox Mulder abre la boca del muchacho descubriendo dos colmillos, similares a los de un vampiro. Los agentes regresan a la oficina, comentan los hechos que les llevaron al lugar del crimen y examinan muestras de ganado, víctimas del ataque de vampiros en un pueblo de Texas.

Mulder y Scully conocen a Cassandra Spender, una mujer que dice haber sido abduccida en múltiples ocasiones y quiere entregar un mensaje positivo sobre los alienígenas. Mulder, ahora excéptico sobre la actividad extraterrestre, cree que el Gobierno es el responsable de las abducciones y se sorprende cuando Scully crea un lazo afectivo con la mujer.

Después de encuentrar el lugar de una abducción donde todos han sido incinerados, Cassandra Spender desaparece y Mulder es culpado por su hijo, Jeffrey, que trabaja en el FBI realizando un trabajo opuesto al de Mulder. Mientras, el Sindicato continúa sus pruebas para crear una vacuna para el Cáncer negro y Marita Covarrubias es tomada como sujeto de pruebas.

En 1990 el agente Mulder visita a Arthur Dales, un ex-agente del FBI, y escucha la historia de unos agentes asignados a una investigación paranormal durante la Guerra Fría en los años 50 que parece estar relacionada con el padre de Mulder.

Mulder y Scully tratan de obtener respuestas de una mujer ciega encontrada en la escena de un crimen que quizás tenga la habilidad de ver a través de los ojos del asesino.

Scully y su fe Católica deben enfrentarse a la pérdida de su hija Emily cuando acude a investigar el caso de niña asesinada.

Scully teme que Mulder se haya pasado al bando enemigo cuando le ve ayudando a un sospechoso federal para escapar de su custodia.

Mulder es secuestrado en un edificio de oficinas por un hombre que dice que su jefe es un monstruo y ha nublado todas sus mentes mientras los convierte en zombies uno por uno.

El Fumador, que resulta no haber muerto, reaparece mientras Mulder investiga el intento de asesinato de un niño prodigio del ajedrez (Gibson Price) que parece tener poderes psíquicos y supondría la prueba que validaría el trabajo de Mulder.