El agente Doggett investiga la muerte de un oficial tras haber recogido a una mujer en su coche. Para resolver este caso pide ayuda a la agente Scully, que ha vuelto a su puesto de instructora en la Academia del FBI en Quantico

Doggett encuentra a Shannon McMahon, la mujer que el oficial recogió en su coche antes de morir. Ella confiesa ser una super-soldado y denuncia que que la gente que ha matado estaba preparando un abastecimiento de agua peligroso. Ahora quiere que Doggett descubra la verdad.

Doggett y Reyes investigan el asesinato de una pareja en el sur de Virginia, que tiene todos los indicios de ser un ritual satánico. Ellos asocian el asesinato a un doctor encarcelado en un instituto mental, y Doggett se convence de que el doctor organiza los crímenes desde el interior del hospital.

Un cruel asesino amenaza a Doggett y Reyes y se desvanece. Doggett recibe un disparo y Follmer descubre que Reyes fue la persona que le disparó. ¿Lo fue? Lo único seguro es que alguien está yendo un paso por delante del resto.

Cuando una demostración en un 'reality show' de una televisión local acaba con la vida de un hombre, Doggett y Reyes deciden investigar el caso. Pero cuando empiezan a brotar moscas de los ojos de las víctimas acuden a Scully para que les ayude con su experiencia en la investigación.

Scully tiene esperanzas de reunirse con Mulder cuando un completo desconocido le ofrece nueva información acerca de lo que le llevó a la clandestinidad. Sin embargo, su confianza en el extraño puede poner a Mulder en peligro.

Sin conocimiento de su identidad o su pasado, Doggett se despierta en medio de una polvorienta ciudad de México. Mientra trata de unir sus recuerdos para recuperar la memoria, se ve en medio de una trama de contrabando. Scully y Reyes deberán cruzar la frontera para encontrarle.

Reyes toma la iniciativa mientras investiga un Expediente X en relación a un hombre que ha sido degollado vivo. Cuando descubre que él había tenido visiones de cosas parecidas, requiere de la experta ayuda de Scully avanzar en la investigación.

Cuando los restos de una nave espacial son encontrados, el FBI deja fuera de la investigación a los Expedientes X. Mientras tanto, Scully se ve obligada a tomar medidas drásticas para velar por la seguridad de su hijo William.

Desconfiando tanto de Skinner como de Follmer, Scully ignora al FBI para investigar por su cuenta con la ayuda de Reyes y Los Pistoleros Solitarios. Sus temores aumentan cuando se entera de que Mulder podría estar muerto, y William es secuestrado por una secta que adorador a los extraterrestres.

Un coche atropella a la agente Reyes dejándola en estado comatoso. Con ese último recuerdo se despierta en un extraño hospital donde la única compañía es un invividuo que piensa que está en una sala de espera antes de pasar a la otra vida. Tendrá que luchar por despertarse a sí misma antes de que su tarjeta de donante de órganos tome la decisión por ella. Su único vínculo con el mundo exterior será una mujer autista llamada Audrey Pauley. Mientras, Doggett y Scully comienzan a sospechar que fuerzas externas pueden estar conspirando para poner fin a la vida de Reyes.

Doggett está decidido a encontrar un error en las pruebas de ADN que han dejado en libertad a un asesino que atrapó trece años antes. Pero después de que el caso tome diversos rumbos, Scully y Reyes perecen estar en desacuerdo con su teoría.

En la carrera para capturar a un asesino en serie, Scully y Reyes se tienen que ayudar de la numerología, sus poderes de deducción, y un misterioso jugador de damas. Mientras tanto Doggett se alia con la policía para investigar el caso, y descubre que los Expedientes X han cambiado su criterio.

Reyes y Doggett viajan a las montañas, después de que una mujer se apuñale varias veces, y su viudo marido se niege a permitir que nadie vea a su hijo. Cuando la Agente Harrison (joven admiradora de los Expedientes X) acompaña a Scully a ayudar a Doggett y Reyes, descubre que los monstruos de debajo de la cama pueden ser algo más que el producto de la imaginación de un niño.

Cuando Morris Fletcher acude a los agentes con información relacionada con supersoldados, llega a la vez que Los Pistoleros Solitarios. Pero los Pistoleros y Jimmy ya están metidos hasta el cuello en el caso de un complot bioterrorista que pretende liberar una toxina mortal.

Doggett encuentra un extraño hombre desfigurado en la oficina de lso Expedientes X y, como capricho de Scully, le realiza una prueba de ADN. Pero las sorprendentes respuestas que encontrarán resultan aún más sorprendentes cuando la vida de William depende de ellas.

Cuando uno de los estudiantes de Scully muestra una enorme capacidad para trazar el perfil de asesinos en serie, Doggett decide utilizarle y reabrir el caso del asesinato de su hijo.

Doggett, Reyes, Scully y Skinner tropiezan con el extraño caso de un asesinato en que el principal sospechoso es un hombre con una obsesión poco común por La tribu de los Brady. Al margen de la investigación descubren que el hombre posee habilidades como telequinesia, lo que supondrá la prueba innegable que otorgue validez a los años de trabajo en los Expedientes X.

Mulder es puesto bajo arresto militar y necesitará toda la ayuda que puedan proporcionarle el Director Adjunto Kersh (sorprendentemente), Skinner, Scully, Reyes, Doggett, Marita Covarrubias, Gibson Praise y Jeffrey Spender para escapar. Mulder y Scully huyen a Nuevo México, donde los helicópteros negros van a destruir un poblado y al Fumador.

Mulder es puesto bajo arresto militar y necesitará toda la ayuda que puedan proporcionarle el Director Adjunto Kersh (sorprendentemente), Skinner, Scully, Reyes, Doggett, Marita Covarrubias, Gibson Praise y Jeffrey Spender para escapar. Mulder y Scully huyen a Nuevo México, donde los helicópteros negros van a destruir un poblado y al Fumador.