Los ThunderCats deben encontrar un nuevo hogar luego de que su planeta, Thundera, explota. Su viaje cambia cuando sus enemigos, los mutantes, los atacan y dejan a su nave averiada. Y un joven niño debe aprender lo que significa convertirse en un hombre y en el Señor de los ThunderCats, cuando aprende a utilizar los poderes de la Espada del Augurio.

Mientras exploran el tercer planeta, la nave mutante es derrivada por una misteriosa pirámide negra que es el hogar de Mumm-Ra, un maligno demonio que está dispuesto a aliarse a los mutantes para conseguir el Ojo de Thundera. Con el joven Señor de los ThunderCats en la mira, Lion-O está a punto de enfrentarse a su peor enemigo.

Mientras explora el territorio, Lion-O y Snarf son tomados prisioneros por un grupo de pequeños osos robot llamados Ro-Bear Berbils. Pronto descubrirán que los Berbils son atacados frecuentemente por los Trollings que roban sus frutos para dárselos a los Gigantes.

El Cubil Felino está casi terminado cuando Wilykit y Wilikat llegan a casa a contarle a los otros ThunderCats que los mutantes tienen como esclavos a una raza de criaturas pacíficas para construir su fortaleza.

Mumm-Ra se disfraza de Thunderiano y dice habert rescatado a Cheetara de los mutantes para poder infiltrarse en el Cubil y robar la Espada del Augurio.

Snarf libera a un unicornio de una banda de vikingos mecánicos que están cazando para comer.

En búsqueda de Thundrilio para utilizar como combustible en una cueva, Tygra comienza a envejecer de manera acelerada.

Buscando una joya robada, Wilykat queda prisionero en una torre mientras Lion-O y Wilykit tratan de encontrar una forma de rescatarlo a través de un laberinto de trampas.

Mumm-Ra envenena a Tygra y lo utiliza para luchar contra sus compañeros ThunderCats para robar la Espada del Augurio.

Lion-O encuentra lo que parece una cápsula de escape de una nave espacial, y al abrirla, libera sin saberlo a un grupo de convictos intergalácticos.

Un par de bulkanos liberan al fantasma de Grune el destructor de su tumba, y este comienza a aterrorizar al tercer planeta en su búsqueda por una batalla final con Jaga.

Los Antiguos Espíritus del Mal le indican a Mumm-Ra liberar a una antigua princesa que tiene el poder de dejar a su control a todos los hombres a través de su mirada.

Un meteoro de thundrilio puro cae en la montaña Hook. Cuando Lion-O sale en su búsqueda, debe enfrentarse cara a cara con el hombre que cuida y habita la montaña.

Luego de varias derrotas, los mutantes le piden a Mumm-Ra que les devuelva su nave enterrada en el desierto alrededor de su pirámide. Una vez desenterrada, los mutantes tienen nuevas armas para usar contra los ThunderCats.

Los ThunderCats salen en búsqueda de la cápsula del tiempo de Thundera, que viaja en su nave y que ha estado perdida desde que la nave se estrelló en el Tercer Planeta.

La villa de las amazonas es atacada por bolas de fuego de una nueva arma dentro del Castillo Plun-Darr. CUando Tygra va a investigar, queda capturado y colocado en una trampa que podría despedazarlo.

Mumm-Ra engaña a Lion-O y a Tygra para que luchen entre ellos causando que la Espada del Augurio se rompa. Para tratar de reparala, los ThunderCats buscan una ayuda que termina siendo peor, y cuyos poderes son obtenidos de oro líquido.

Luego de que Driller captura a Panthro, Mumm-Ra crea un clon maligno del mismo y lo envía a atacar a los habitantes del Tercer Planeta para que se pongan en contra de los ThunderCats.

Durante una exploración, los pequeños ThunderCats se cruzan con un antiguo templo y su curiosidad hace que liberen a un demonio cuyo poder proviene del miedo. Depende de los ThunderCats el poder encontrar una forma de superar sus miedos y vencer a Mongor.

Los Mutantes liberan a un robot invencible mientras Lion_o accidentalmente viaja en el tiempo a Thundera luego de que el Ojo de Thundera reacciona ante la cápsula del tiempo. Allí conoce a su padre quien le entrega un pergamino que contiene un secreto para utilizar en contra de los Mutantes.

Una rana robot traga a Wilykit. Resulta que el robot es piloteado por el Dr. Dometome, un científico responsable de mantener el tapón en el océano que evita que el agua del mismo se drene hacia el centro de la Tierra.

Jaga queda prisionero en un plano astral por la eternidad. Lion-O debe viajar hacia el mismo para liberarlo, aunque no exista forma de volver a su hogar.

Una rara y hermosa ave es capturada por la soberana de un reino de cristal y Lion_o debe liberarla.

Safari Joe llega al Tercer Planeta buscando presas que valgan la pena de ser cazada y tiene en su mira a cada uno de los ThunderCats.

Luego de que los ThunderCats son capturados uno a uno por Mumm-Ra, queda en las manos de Snarf poder salvar a sus amigos.

Una nave espacial en problemas trata de pedir ayuda a los ThunderCats a través del sexto sentido de Cheetara; para terminar tomando control de la misma y poniendo su vida en peligro, cuando los mutantes la atacan.

Mumm-Ra invoca a Haichiman, un samurai ancestral y le dice que los ThunderCats son invasores malignos, enviando a Haichiman a destruirlos.

Vultureman construye un robot para infiltrarse en el cubil felino y Mumm-Ra le provee un gas para encoger a los ThunderCats. Los mismos deberán confiar en un Snarf de tamaño normal para ayudarles a combatir contra el robot.

Vultureman invoca a Rataro y su nave, la Estrella Rata, para capturar a Snarfer, el sobrino de Snarf, en el planeta de los Snarfs. Al llegar al Tercer Planeta, utilizan a Snarfer como señuelo para atrapar a los ThunderCats.

Los ThunderCats tratan de obtener una parte de la Estrella Rata para poner en funcionamiento su nueva nave antes de que los mutantes puedan repararla. Snarf contempla la idea de abandonar para siempre a los ThunderCats.

Mandora aborda una extraña nave para inspeccionarla, la que resulta ser una antigua nave pirata y necesitará de la ayuda de Lion-O para salvarse y evitar un desastre intergaláctico.

Mumm-Ra envía a Driller a cavar un túnel desde un lago de ácido hasta el Cubil Felino. Para poder evitar que el cubil quede destruído, los ThunderCats deberán superar obstáculo tras obstáculo, para poder llevar una pieza de la niebla esponjosa y poder tapar el túnel que trae el ácido.

El Mago Wizz-Ra, quien regresa de la Séptima Dimensión cada 700 años, entra en la habitación de Cheetara a través de un espeko. Mumm-Ra, su antiguo enemigo, logra robar su casco mágico, con el que logra hacer de los ThunderCats sus esclavos y sólo Cheetara y Snarf quedan libres para poder ayudar a sus amigos.

En el reino de la telarañas ha nacido una nueva reina, y Mumm-Ra se las rebusca para que Lion-O quede atrapado en su tela.

Los ThunderCats responden a la llamada de auxilio de una nave espacial, cuyos tripulantes son mercenarios al pago de Mumm-Ra y logran obtener la Espada del Augurio y lanzarla a un agujero negro.

WilyKit y WilyKat encuentran un harpa encantada que contiene en su interior al genio Charr-Nin. Cuando Mumm-Ra le ofrece al genio darle su libertad a cambio de que lo ayude a destruir a los ThunderCats, las cosas se complican.

Snarf le cuenta a Lion-O que debe ganarse su título como Señor de los ThunderCats completando cinco pruebas, y la primera de ellas será vencer en combate al poderoso Panthro.

Un luchador intergaláctico aburrido llega al Tercer Planeta a luchar contra Mumm-Ra. Luego de vencerlo y enterarse del poder de los ThunderCats, decide ir en busca de Lion-O y luchar contra él.

El ambicioso Monkian hace un trato con Mumm-Ra y éste le ofrece esferas de poder para poder combatir y vencer a los ThunderCats, pero el precio del trato será demasiado caro para Monkian.

Luego de una discusión, Vultureman abandona el castillo Plun-Darr y destruye toda la tecnología mutante. Slithe se ve forzado a pedirle a Mumm-Ra que le quite sus armas a los ThunderCats y éste las encierra en la cámara de la Espada del Augurio para que los ThunderCats no tengan acceso a ellas.

Lion-O es capturado por un grupo de criaturas muy pequeñas quienes lo consideran una amenaza para su pueblo, y además dejan indefensos al Cubil y al Tanque Felino. Los mutantes aprovechan la oportunidad para causar caos entre los ThunderCats, quienes no pueden encontrar a Lion-O.

La segunda prueba de unción de Lion-O consiste en vencer a Cheetara en una carrera de velocidad.

Mumm-Ra invoca a un poderoso monstruo de roca con extraordinarios poderes y lo envía al Cubil Felino a destruir a los ThunderCats.

Jackalman roba las armas y las naves de los mutantes y decide formar su propio ejército de guerreros para poder conquistar el Tercer Planeta.

Un extraño viajante se estrella cerca del Cubil Felino, y al encontrarlo, le pide a los ThunderCats que le ayuden a su pueblo a combatir a una máquina de guerra que está destruyendo su territorio.

Lion-O debe vencer a los ThunderCachorros en una prueba de astucia dentro del Laberinto del Infinito, pero varias criaturas más están dispuestos a evitar que lo logre.

Mumm-Ra se disfraza de Berbil que ha sido herido para poder infiltrarse en el Cubil Felino y destruir a sus enemigos.

Mumm-Ra se aprovecha de la oportunidad de que los ThunderCats están documentando en video sus actividades para dejarlas como legado, invocando a los mayores adversarios mecánicos de los felinos para intentar destruirlos.

Tratando de protegerse de una tormenta, WilyKit y WilyKat quedan atrapados dentro de una vieja cápsula de suspensión. Las cosas empeoran cuando son los mutantes los primeros en encontrar la cápsula.

Lion-O debe sobreponerse a los poderes mentales de Tygra y vencer su mayor miedo, para poder superar la cuarta prueba de unción.

Mumm-Ra toma la forma del Rey Arturo para poder reclamar a la más poderosa espada de todos los tiempos, Excalibur, para poder destruir de una vez por todas a la Espada del Augurio.

Un Rey de Hielo que ha permanecido congelado por 1000 años es despertado súbitamente y comienza a causar desastres en la Montaña del Gancho.

Dos alienígenas llegan en sus naves espaciales al Tercer Planeta y luchan cerca del Cubil Felino y Lion-O debe aprender una valiosa lección acerca de las primeras impresiones.

Una nave desconocida que contiene a un peligroso dispositivo radiactivo está a punto de estrellarse en el Tercer Planeta y los ThunderCats deben detenerla antes de que acabe con todo el territorio o que los Mutantes y Mumm-Ra se apoderen de él.

Vultureman inventa un dispositivo que imita voces y los Mutantes lo utilizan para llevar a los ThunderCats por caminos separados y poder atraparlos y destruirlos.

Mumm-Ra toma la forma del Amo de los Sueños y poder así robar el inconsciente de los ThunderCats durante sus sueños y destruirlos.

Willa es capturada por los Mutantes y para rescatarla, Tygra utiliza su poder de invisibilidad sobre el y Nayda para poder infiltrarse al Castillo Plun-Darr y rescatarla, pero las cosas se complican cuando no puede revertir los efectos de la invisibilidad.

Un Lion-O aburrido decide ir a escalar una montaña, pero los Mutantes deciden atacarlo, poniéndose a ellos mismos y a los ThunderCats en peligro.

Vultureman fabrica una pócima que le concede superpoderes a aquel que la beba, y se dirige a destruir a los ThunderCats, pero antes decide enfrentar a Mumm-Ra y hacer un trato con el mismo.

Los ThunderCats construyen una falsa Espada del Augurio y la utilizan para engañar a los Mutantes y a Mumm-Ra, pero el plan se vuelve en contra de ellos cuando Snarf termina siendo capturado por los Mutantes.

Para poder completar las pruebas de unción y ser coronado como el Señor de los ThunderCats, Lion-O debe enfrentarse y vencer a su mayor enemigo, Mumm-Ra, completamente solo y desarmado.

En el intento de probarle a los demás ThunderCats que ya son lo suficientemente grandes para poder utilizar nuevas armas, los ThunderCachorros roban las armas de los demás ThunderCats para practicar con ellas, pero los mutantes ven la oportunidad de quitárselas, llevándolos a confesarle el problema a Lion-O y complicándose la situación cuando los tres se dirigen al Castillo a tratar de recuperarlas.

Luego de una batalla espacial, las naves de emergencia de los mutantes aterrizan cerca de una pirámide blanca. Dentro de ella, conocen a Mumm-Rana, la contraparte bondadosa de Mumm-Ra. Cuando Mumm-Ra llega a la pirámide blanca, toma control sobre ella para utilizar sus poderes contra los ThunderCats.

Vultureman construye un arma que cambia las mentes y los cuerpos de aquellos a quienes les dispara, y comienza a probarla sobre Panthro y Snarf.

Mumm-Ra construye un museo viviente de los más grandiosos enemigos de los ThunderCats y atrapa dentro a Lion-O. Pero lo que Lion-O no sabe, es que su mayor enemigo es uno contra el cual nunca se ha enfrentado.