En el comienzo de la segunda temporada, un nuevo integrante de Wayward Pines despierta en medio de una rebelión, mientras los residentes luchan por preservar la raza humana, en peligro de extinción.

Theo intenta darle sentido a su nueva vida en Wayward Pines. Por eso usa a favor el hecho de ser el único cirujano en la ciudad para conseguir respuestas a preguntas sobre el estado de su esposa, o la verdad sobre ese lugar.

En una serie de flashbacks, veremos cómo y por qué Jason Higgins nació para ser líder de la primera generación de Wayward Pines. Mientras, la enfermera Pam se convierte en una amenaza letal para la ciudad, y Theo sigue con su investigación.

Xander regresa acompañado a Wayward Pines. Mientras tanto, Rebecca ayuda a Lucy, una joven que intenta escapar de una tradición del pueblo. Y CJ lidera a un valiente grupo en una misión más allá de la cerca.

La creación de Wayward Pines es revelada; Megan experimenta con la primea mujer; Abby y Frank luchan con sus problemas personales.

Los Abbies atacan a CJ y a los segadores, dejando a Teresa en grave peligro y a la ciudad con niveles alarmantes de suministros. Entonces, Theo construye una unidad de evaluación improvisada, pero puede que no sea capaz de arreglar su matrimonio con Rebecca. Además, Xander todavía tiene asuntos pendientes que le conciernen cuando Jason cuestiona sus capacidades para liderar.

Theo y Megan están en desacuerdo sobre la inteligencia de los Abbies, y el doctor intenta comunicarse con su líder. Entonces, una subestimación tendrá consecuencias fatales. Mientras, CJ refleja sobre su vida y la gran responsabilidad que ha tenido a través de los siglos.

Theo se junta con Hassler para buscar a la líder de los Abbies que escapó; Xander confronta a Rebecca sobre su condición y Jason se entera de unas noticias devastadoras sobre Kerry.

Pilcher busca en su memoria para encontrar a su elegido. Por otro lado, Theo y Xander deben dejar de lado sus diferencias para evitar el final de la especie humana, después de que Jason toma una decisión fatal.

Mientras los Abbie marchan sobre la ciudad, Theo se ve obligado a tomar una decisión que podría sellar el destino de la humanidad.