1964, Iglesia de San Nicolás, en el Bronx.
El Padre Flynn, un brillante y carismático sacerdote, intenta desafíar las estrictas reglas del colegio que la Hermana Aloysius Beauvier lleva custodiando desde hace años con mano de hierro. Ella es la directora del colegio y cree ciegamente en el poder del miedo y la disciplina. Los cambios políticas están llegando a todos los estratos de la sociedad y la escuela acaba de aceptar a Donald Miller, su primer estudiante negro. Pero la Hermana James, hace saber a la Hermana Aloysius que el Padre Flynn está prestando una atención demasiado especial a Donald, la Hermana Aloysius se siente obligada a emprender una cruzada para averiguar la verdad y para expulsar a Flynn del colegio. A pesar de carecer de una sola prueba que confirme la sospecha, la Hermana Aloysius se ve abocada a una lucha de poder con el Padre Flynn, que amenaza con destruir la iglesia y el colegio por sus devastadores consecuencias.