El comisionado Gordon es acusado de llevar años cooperando con el líder mafioso Rupert Thorne. Como consecuencia es destituido de su cargo y apresado temporalmente. Barbara Gordon, su hija, le pide a Batman que se presente ante una conferencia de prensa ya que con su presencia le estaría indicando a todos que lo consideraba inocente. Él decide no asistir ya que considera mejor investigar por otro lado la manera de solucionar el asunto. Barbara no se queda tranquila y lo que hace es utilizar un disfraz de Batman para hacerse pasar por él. Una serie de circunstancias suceden que hacen que la consideren la Batgirl.

Batman ha sido capturado por Dos Caras y depende de Robin y Batgirl limpiar la reputación del comisario Gordon y encontrar a Batman antes de que sea demasiado tarde.

Después de un tiempo considerado muerto, Matt Hagen alias «Cara de Barro» vuelve a Gotham iniciándose en su carrera delictiva. Batman investiga la condición de Hagen, cuyo cuerpo inestable empieza a derretirse literalmente y que solo robando dinero Hagen puede financiar la aplicación de una armadura que lo mantiene sólido.

Verónica Vreeland, una dama de alta sociedad; regresa de Centroamérica trayendo consigo diminutas muñecas hechas a mano para sus amigos. A partir de entonces estos comienzan a hacer cosas raras con su dinero como sacar grandes cantidades y dejarlas por cualquier lugar; donde eventualmente unos hombres vestidos como salvajes se los llevan.

Unos criminales asaltan un camión blindado, Batman intenta detenerlos pero no lo logra debido a que uno de ellos dispara con un láser médico a Batman, láser que robaron del camión. Más tarde se descubre que el láser fue robado por los secuaces de Rupert Thorne como regalo para su hermano el Dr. Matthew Thorne quien perdió su licencia médica a causa de Rupert y ahora es un médico de los criminales. Los dos hermanos tiene una discusión y Rupert cae inconsciente; Matthew diagnostica a su hermano un tumor que está presionando la aorta y restringe el paso de sangre al corazón por lo cual se debe someter a una delicada cirugía. Matthew no puede realizar la cirugía solo así que tienen que secuestrar a la Dra. Leslie Thompkins para que lo ayude. Bruce y Alfred descubren la desaparición de Leslie y le siguen el rastro, descubren además que Matthew era un amigo y compañero de clase en la Escuela de Medicina del padre de Bruce, Thomas Wayne.

Unos crímenes son cometidos con la marca de Hiedra, pero todo parece indicar que se ha reformado. Batman debe luchar entre su instinto y dejar en paz a una Hiedra en familia.

Luego de escapar de Batman, Killer Croc termina herido en el bosque en donde es auxiliado por un grupo que algún tiempo trabajó en el circo. Ellos son amables y unidos, pero las intenciones de Croc son otras.

Una oscura leyenda cuenta que nadie ha conocido los secretos de una antigua reina de Egipto. Ra´s Al Ghul está dispuesto a obtenerlos. Batman y Thalia al Ghul deberán unirse para detenerlo.

Los más peligrosos internos del Manicomio Arkham secuestran a Batman para someterlo a un descabellado juicio, y a la nueva fiscal de distrito de Gotham para que sea su abogada.

El Joker secuestra una bomba de alto poder destructivo y Batman recurre a la única persona que puede acercársele sin levantar sospechas: Harley Quinn.