Los atacantes enmascarados dejan una marca en el Vaticano que indica una búsqueda del alma de Genghis Khah. Reece está muerto. La aventura continúa.

La búsqueda de Kate Reece lleva a Danny y Lexi a Vietnam, donde se reencuentran nada menos que con Aiden Shaw. Las habilidades de lucha de Lexi se ponen a prueba cuando el equipo se infiltra en el peligroso Black Lotus, un club de lucha clandestino.

Una visita a Simon en prisión arroja nueva información sobre el último paradero de Spirit Banner, lo que envía al equipo a Rusia.

Danny y Lexi unen fuerzas con la pandilla de Levchenko en su viaje a Mongolia.

En busca del Spirit Banner, Simon intenta hacer un trato, sin saber que Lexi, Danny y Shaw están detrás de él. Lo que descubren los lleva a Hong Kong mientras Danny se preocupa cada vez más por el control de Violet sobre Lexi.

Danny, Lexi y Violet viajan a través de un peligroso páramo químico en Kazajstán hasta una instalación de armas biológicas abandonada. Mientras tanto, Chuck comienza su investigación sobre cómo están conectados el Vaticano y el Spirit Banner.

Patrick, el padre separado de Danny, se une al equipo en su búsqueda del Spirit Banner. Patrick lleva a Danny y Lexi a un viejo amigo en una base secreta en Laos, donde le cuenta un importante secreto personal a Lexi. El ejército de Khan se acerca al equipo.

Después de un aterrizaje forzoso en la jungla, Danny y su padre llevan a Lexi herida a la ciudad perdida de Sana. Mientras tanto, el padre Chuck y Kate descubren más sobre el Arcanum Gladio. Simon recluta a un sombrero blanco para piratear la CIA para Khan, con resultados devastadores. El padre de Danny le dice la verdad sobre su salud.

La búsqueda de Danny, Lexi, Aidan y Kate del Spirit Banner los lleva a un templo budista Shaolin. El acero tambaleándose por el asunto del sombrero blanco, Khan obliga a Simon a completar otra tarea, donde se sorprende al encontrarse con un fantasma. Danny se ve obligado a elegir bando entre Lexi y Kate.

Violet sorprende a Danny, Kate y Lexi en el apartamento de Aidan. Los cuatro llevan el pergamino recuperado a Praga, donde el contacto de Danny se lo traduce. Simon se convierte en el segundo al mando de Khan. Kate investiga en secreto a Violet, con resultados desastrosos. Finalmente se encuentra el bastón espiritual.

Después de que secuestran a Lexi, Danny convence a Shaw de usar sus antiguos contactos en el inframundo para encontrar su ubicación. Simon intenta sacarle información a Lexi, quien a su vez descubre el gran plan de Khan. El padre Chuck descubre al topo en el Vaticano y lo sigue hasta Hong Kong.

Las piezas del juego final de Kahn encajan cuando Danny y Lexi deben dejar de lado sus diferencias para detener a Kahn y Simon antes de que sea demasiado tarde.

Al darse cuenta de que han mordido el anzuelo de los Kahn, y poniendo en peligro la vida de millones, Danny y Lexi se enfrentan cara a cara con los Kahn en una batalla final sobre Hong Kong.