Brennan ha sido secuestrada por su antiguo ayudante Zack, siendo buscada desesperadamente por Booth y el resto del equipo. Sin embargo, el rescate de Brennan solo es el comienzo de sus problemas.

Después de descubrir el cuerpo de un hombre involucrado en la creación de bots de inteligencia artificial, el equipo debe averiguar si el propio bot de la víctima estaba programado para matarlo. Mientras tanto, Bones planea una sorpresa especial para todos por su 40 cumpleaños.

Cuando el cuerpo de un anciano es encontrado en una zona de vertidos de ácido, el equipo se sumerge en un drama de un hogar del jubilado. Mientras exploran el caso, el matrimonio y los niños empieza a dominar como tema de conversación en el laboratorio.

El equipo investiga el asesinato de alguien perteneciente al pasado de Booth y Brennan. Mientras tanto, Aubrey se enfrenta a un dilema moral cuando descubre que su padre está de vuelta.

Cuando un tutor de estudiantes privilegiados muere, el equipo visibiliza a todos los posibles culpables, desde padres descontentos hasta el compañero de cuarto del tutor con antecedentes penales. Mientras tanto, Bones se siente frustrada con la voz de su audiolibro e intenta probar que puede grabarla ella misma.

El cuerpo desmembrado del exitoso golfista convertido en leñador, Phyllis Paul, lleva el rumbo de la investigación al Campeonato Regional de Deportes de Madera. En esta competición, Booth y Brennan descubren numerosos secretos que podrían ser el móvil del asesinato de Phyllis, incluyendo un romance con un rival casado. Mientras tanto, Hodgins secretamente analiza la bacteria en el hueso de una víctima anterior que cree que absolverá al asesino, Zack Addy.

Booth revisa su pasado cuando empiezan a aparecer cadáveres cerca de Washington DC conectados con su antigua unidad militar. Brennan sufre una crisis con su padre, no sabe si puede confiar en él o no en cuanto a un procedimiento médico.

Una pérdida reciente crea una brecha entre Booth y Brennan, ya que ambos hacen frente a su tristeza de forma diferente. Mientras tanto, resurge una vieja llama del pasado de Brennan.

Cuando un joven muere en un horrible accidente en una embaladora de heno, Booth, Brennan y Aubrey se enfundan unos disfraces peculiares y van encubiertos a una competición de camiones de demolición para investigar el caso. Mientras tanto, el Dr. Gordon Wyatt regresa y ayuda a Hodgins y Cam cuando el caso abierto "Gormogon" llega a un callejón sin salida.

Cuando el cuerpo quemado y magullado de un aspirante a escritor/director cae sobre un automóvil en marcha, el equipo investiga una serie de lugares extraños y personajes que están conectados a su película. Mientras tanto, Bones pide consejo al Dr. Mayer sobre el significado de la pasión en el trabajo y Booth le permite a Aubrey tomar las riendas en el caso.

En el penúltimo episodio de la serie, la historia final de cada personaje principal comienza a desarrollarse. Brennan testifica por Zach en el juicio y Angela tiene grandes noticias, mientras que Aubrey y Jessica llegan a un acuerdo sobre su futuro juntas. Durante este tiempo, el equipo descubre que Kovac ha escapado, dejando a Booth en una carrera contrar reloj para protegerse a sí mismo y a los suyos de lo que puede ser el plan más peligroso de Kovac hasta la fecha.

Con Kovac todavía en libertad, el equipo busca pruebas para localizarlo. Pero cuando Brennan es víctima de una ataque, el resto del equipo debe averiguar cómo encontrar a Kovac sin ella, poniendo a prueba todo lo que han aprendido de ella. Finalmente, cuando todas las señales apuntan a que que Kovac tiene ayuda externa, así como un escondite, Booth y Brennan van a por él.