Sweets certifica que Booth puede volver al trabajo después de permanecer convaleciente seis semanas tras la operación. Mientras, la doctora Temperance ha estado en el extranjero alejada de su compañero.

Brennan y Booth investigan la muerte de un hombre de nacionalidad rusa que portaba un maletín, ahora desaparecido.

Booth y Brennan investigan el asesinato de un joven pianista Amish que desapareció unos dos meses antes de su «Rumspringa» (su exploración del mundo exterior). Mientras, Cam se enfrenta al estrés de su recién estrenada maternidad y Booth le ayuda a mantener a raya a su hijastra Michelle.

Los restos de Kurt, un vecino de un barrio residencial, aparecen en una barbacoa durante una fiesta. El espeluznante hallazgo conmueve a los vecinos, que deben prestar declaración sobre su relación con la víctima.

Los restos de una momia que el Gobierno de Egipto había prestado al Jeffersonian para una exposición aparecen en las afueras de un edificio, con restos de sangre reciente. Brennan está entusiasmada con el caso, ya que podría tratarse de un gran descubrimiento histórico.

Los restos de un hombre cuyo rostro guardaba gran parecido con una gallina son encontrados en un río. El retrato que realiza Angela de la víctima coincide con el de un hombre que regentaba una granja de pollos.

Booth debe volver a superar las pruebas de tiro del FBI, pero no tiene la misma puntería que tenía antes de la operación. Por otro lado, el equipo investiga el asesinato de una personita que practicaba la lucha libre con el apodo de «El Duende de Hierro».

Brennan y Booth investigan la muerte de un enano que se dedicaba a la lucha y cuyo cadáver ha aparecido en una zanja de la carretera. El equipo analiza los objetos encontrados en el mismo lugar, pero serán las relaciones amorosas de la víctima las que les conduzcan hasta el culpable.

Hank, el abuelo de Booth, se muda a casa de su nieto una temporada. El hombre entabla muy buena relación con Brennan, a la que decide desvelar un secreto familiar muy importante para él.

El campeón mundial de Punky Pong, un clásico videojuego, es hallado muerto en un bidón lleno de aceite. Booth y Brennan interrogan a sus fans y detractores en busca de alguien que tuviera motivos para matarle.

En Nuevo Méjico aparecen unos restos humanos con características extraterrestres. La víctima era una habitante de la zona, fanática de los OVNIS, cuya incansable búsqueda de vida extraterrestre ha conseguido pruebas que incluso Brennan y Booth encuentran convincentes. Y Angela y Wendell hablan claro acerca de su relación.

El equipo de la doctora Brennan es retenido en el Jeffersonian por un grupo de agentes del Gobierno que tiene una misión para ellos. El trabajo consiste en analizar unos restos óseos y determinar la causa de la muerte de una víctima a la que en ningún caso podrán identificar.

Aparece un esqueleto humano en las trincheras de un viejo campo de batalla de la Guerra de la Secesión y se descubre que se trata de un dentista de la zona. Y el hermano de Booth, Jared, regresa de sus viajes para dar una noticia sorprendente.

Brennan y Booth investigan unos restos humanos extrañamente desfigurados que imitan un texto bíblico. La víctima había sido paciente de un sanatorio y los sospechosos son difíciles de catalogar como buenos o malvados. Por otro lado, el becario del Jeffersonian Arastoo Varizi revela un secreto sobre su pasado.

Un leve terremoto provoca la rotura de una tubería en una estación de metro de Washington. El accidente se cobra la vida de un joven pasajero y saca a la superficie un cadáver que había permanecido oculto en el túnel.

El Capítulo número 100 remonta a los espectadores seis años atrás, para recordar el primer caso en el que Brennan y Booth trabajaron juntos.

Brennan y Booth se hacen pasar por matrimonio en la reunión del instituto de Brennan, a la que acuden para investigar el asesinato de uno de sus antiguos compañeros. Incluso ahora, de adulta, Brennan sigue siento una incomprendida, y su único amigo es un conserje siniestro y estrafalario. Mientras, Hodgins descubre un secreto del laboratorio.

Aparecen restos humanos en el estómago de un tiburón y las pruebas indican que la víctima fue presa de varios peces, por lo que el equipo investiga el Acuario del Atlántico, donde ha desaparecido un famoso gurú de la autoayuda que había ido a dar una charla sobre el poder curativo del océano. Mientras, Brennan y Booth tienen que analizar su propia relación porque una bióloga marina se muestra interesada en Booth.

El cadáver de un rockero es hallado en el interior de una lavadora en un hotel. Brennan y Booth descubren que la víctima era uno de los alumnos de un campamento para jóvenes promesas de este estilo musical, en el que el guitarrista Erik Dalton (Josh Todd, líder de la banda americana Buckcherry) era la estrella invitada.

Los cadáveres de dos mujeres aparecen entre los restos de una cabaña incendiada en mitad de un bosque.

El juicio contra la Sepulturera toca de cerca de los miembros del equipo, así que todos los que trabajan en el Jeffersoninan hacen horas extras para descubrir pruebas forenses que consigan una condena.

Para aclarar el misterio de la muerte de una persona con síndrome de Diógenes el equipo intenta hallar pistas entre todas las cosas que había ido acumulando a lo largo de su vida. La última visita del padre de Angela tiene un objetivo concreto. Y Brennan y Booth tienen ante sí oportunidades únicas.