Tras siete meses separados, el equipo del Jeffersonian vuelve a juntarse para ayudar a Cam con un caso de un niño desaparecido.

Cuando aparecen los restos de una pareja en una cueva de un parque nacional, el equipo tiene que identificar al hombre y la mujer y resolver el asesinato; y la novia de Booth, la corresponsal de guerra en Afganistán Hannah Burley, lo visita por sorpresa, lo que lleva a Brennan a reflexionar sobre la relación que tiene con Booth.

El cuerpo en descomposición de Ritchie, un joven aficionado al culturismo y a las fiestas y muy conocido en la costa de Nueva Jersey, aparece en una playa de la zona.

Una pareja encuentra una calavera y dos manos en estado de descomposición en un contenedor. La Policía traslada los restos al Jeffersonian, donde la doctora Brennan trata de obtener alguna pista sobre la identidad de la víctima.

La calavera de una joven y prometedora bailarina aparece entre el cemento de una obra; cuando descubren que la víctima había dejado el ballet para dedicarse al hip hop, las pruebas empiezan a señalar a un sospechoso que tenía una relación secreta con la víctima; Hannah tiene que trabajar en una zona peligrosa de la ciudad, lo que pone en peligro su vida.

Angela y la doctora Brennan acuden a un club afroamericano donde pincha el DJ más conocido de la ciudad. Brennan habla de música tribal para denominar el hip hop, lo que disgusta a un grupo de gente.

Aparecen restos humanos en la tableta de chocolate más grande del mundo, fabricada por un chocolatero muy excéntrico; a Cam le cuesta aceptar la decisión de su hija de estudiar en una universidad que no cumple sus elevadas expectativas; y Hodgins le pide a Angela que organice una fiesta para anunciar su embarazo, que ya no es tan secreto.

Se produce el incendio de un camión en una carretera nacional, los bomberos acuden a sofocar el fuego, cuando entre los escombros encuentran un esqueleto retorcido y recurren a Booth para que investigue el suceso. La víctima era un trabajador de un taller con problemas económicos y su esposa, una profesora de instituto, es sospechosa de mantener una aventura con uno de sus alumnos, la trama se complica.

Brennan recibe una visión de su propia vida cuando el cuerpo de la mejor cardióloga del país se encuentra en un barrio peligroso, con múltiples fracturas en su cráneo y ninguna indicación de cómo o por qué estaba allí.

Bones regresa con reencuentros en su sexta temporada después de que Booth se tomara un año sabático para entrenar a francotiradores y Brennan partiera hacia Indonesia.

Heather Taffet, alias "El sepulturero", realiza su última apelación tras ser condenado a muerte, pero alguien le dispara. El equipo de Jeffersonian debe reconstruir la ubicación exacta del francotirador, y las sospechas recaen sobre el padre de Max Brennan y Booth. Mientras tanto, Sweets intenta poner buena cara después de haber tenido un encuentro con el frío del sepulturero.

El equipo investiga el asesinato de un hombre encontrado en un maizal. Al contactar con la familia, Bones y Brennan descubren asombrados que la víctima tenía tres mujeres y que todas ellas eran hermanas.

Un cuerpo disfrazado de espantapájaros es herido de bala, y el equipo debe trabajar contra reloj para averiguar quién es el responsable. La víctima tenía tres esposas que también eran hermanas, y los celos entre ellas y su deseo de llamar la atención de su marido habían causado una ruptura importante en la familia. Mientras tanto, Cam pierde la confianza en su novio, médico de guardia, pero ambos se dan cuenta de que se necesitan.

El día de San Valentín lleva el estrés al Jeffersonian de distintas maneras. Cam pide a su equipo que ponga todo su empeño en resolver el asesinato de una organizadora de bodas cuyo cadáver ha sido hallado en su máquina de rayos UVA.

El francotirador Jacob Broadsky, el asesino de “La Sepulturera”, regresa con su particular sentido de la justicia después de asesinar a un hombre que cargaba con una importante suma de dinero blanqueado.

Durante una increíble tormenta de nieve en Washington, la Doctora Brennan y Booth quedan atrapados en un ascensor. La larga espera propiciará que ambos hablen por fin de lo que sienten el uno por el otro después de la ruptura del agente con Hannah.

El equipo de Brennan colabora con un podólogo forense para identificar siete pares de pies.

El presentador de un programa de sucesos sobrenaturales aparece asesinado aparentemente por el mítico Chupacabra.

Booth y Brennan investigan el asesinato de un guarda tras el intento de robo de una carta de navegación obsoleta.

Aparece asesinado un miembro de Apoyo a la Honestidad. Mientras, Hodgins insta a Ángela a hacer frente a su embarazo.

Un sordomudo de identidad desconocida, ensangrentado y armado con un cuchillo es el sospechoso del reciente asesinato.

El francotirador Broadsky se cobra otra víctima , esta vez la bala iba dirigida a Booth pero mató a otra persona.

El equipo investiga los restos no identificables de un jugador que son encontrados entre la maquinaria de la bolera.