Los tripulantes de una nave espacial a la deriva se despiertan de golpe sin saber quiénes son y cómo han llegado hasta allí. A partir de ese momento, tendrán que colaborar entre ellos para sobrevivir a un viaje en el que cada minuto supone un nuevo peligro.

Mientras la tripulación empieza a aceptar el sorprendente descubrimiento que acaban de hacer, se enfrentan a un dilema: ayudar a los mineros a enfrentarse a la situación imposible en la que se encuentran o abandonarlos a una muerte segura.

La nave deja de poder ir por delante de la velocidad de la luz y surgen sospechas de sabotaje, lo que alimenta la paranoia a bordo. Para reparar la nave es necesario un peligroso paseo espacial. Además, Cinco hace un sorprendente descubrimiento.

El pasado vuelve a asediar a los miembros de la tripulación durante una parada en una estación espacial, en la que Cuatro hace un descubrimiento sorprendente, mientras que Dos y Cinco aprenden que algunos juegos de azar vienen con riesgos sorprendentes. En otro lugar, Seis recibe una atención no deseada en una clínica local; y el intento de Uno y Tres de vender las armas de su bodega de carga les deja en una desventaja peligrosa.

Los miembros de la tripulación se encuentran atrapados en un carguero con las víctimas de una plaga. ¿Se infectará alguien del equipo por esa terrible plaga?

La hipnosis química y enlace neuronal de la nave se utilizan para explorar los recuerdos ocultos, en el subconsciente de los Cinco, durante la sesión se descubre la oscura verdad sobre los pasados violento de Cuatro y Seis. Ella también aprende acerca de las circunstancias que la llevaron a la nave y adquiere una idea de la infancia idílica de un niño misterioso.

La tripulación finalmente consigue acceder a la habitación secreta en el hangar de la nave y entre los artículos que se encuentran en el interior hay un androide de servicio y una mujer gravemente enferma que revela una conexión con Tres.

La tripulación para en una estación espacial para repostar y descansar, pero Seis tiene una agenda diferente, que tiene que ver con la venganza. Mientras tanto, Uno se sorprende por una revelación no deseada.

Cuatro abandona la nave para embarcarse en una misión temeraria para recuperar su pasado y la tripulación se preguntan si deben rescatarle o dejar que el destino siga su curso mortal.

El comandante Truffault ayuda a la tripulación a salir de una situación complicada, pero les mete en otra, haciendo que se alíen con otra tripulación para llevar a cabo una peligrosa misión.

La tripulación debe actuar contrarreloj para tratar de recuperar la nave.

Una operación de rescate en una remota instalación de investigación se convierte en un peligroso y sorprendente regreso de un miembro de la tripulación.

En el final de temporada de Dark Matter hay choques entre los miembros del equipo, se revelan antiguos secretos y la tripulación sufre una impactante traición.