En las afueras de Charleston, El Clan Mason y la 2nd Mass se enfrentan a una amenaza mortal: el ataque de una nueva máquina de guerra Espheni. Pero el enemigo más peligroso podría no tratarse de un alien.

Los Espheni revelan su nuevo plan a Tom, y se enfrenta a una decisión imposible. Mientras tanto, Weaver y Pope investigan una manera de salir de la prisión Espheni, mientras que Matt se esfuerza por ocultar su verdadera lealtad a los "líderes de equipo" del Campamento de la Juventud Espheni. Por otra parte, Anne conduce una búsqueda agotadora tras su hija Lexi, mientras que las preocupaciones de Ben acerca de los poderes de Lexi, aumentan cuando descubre un devastador secreto que ha estado manteniendo oculto.

Tom y la 2nd Mass preparan un elaborado plan para escapar de los confines del Ghetto Espheni. Mientras tanto, en Chinatown, después de saber por Ben que Lexi ha estado guardando un secreto terrible, Maggie se enfrenta a Lexi públicamente. En el Campamento de la Juventud Espheni, Matt intenta mantener alejada a Mira de un peligroso plan de escape. Mientras que en los senderos del bosque junto a sus guerrilleros, Anne tiene un recuerdo de su tiempo en la Torre Espheni con Karen, donde se revela un terrible secreto sobre Lexi.

Después de escapar del Ghetto Espheni, Tom y la 2nd Mass buscan refugio en un escondite Volm, donde las tensiones se incrementan entre los Volm y los humanos. Tom se pone en marcha junto con Weaver y Cochise para encontrar a Matt, dejando a Hal al mando. Mientras tanto, en Chinatown, Anne se reencuentra con Lexi, y se da cuenta de que la niña que vio hace 6 meses es ahora una mujer adulta.

Tras liberar a Matt del Campamento de la Juventud Espheni, Tom se encuentra con dos misteriosos desconocidos en el bosque, que atacan a su familia antes de embarcarse con él en una violenta lucha. Hal se enfrenta a dificultades casi insuperables en su intento de llevar a los restantes Volm y la 2nd Mass a un lugar más seguro. Lexi y Anne tienen diferencia de opiniones, con consecuencias peligrosas.

Después de meses de separación, Tom finalmente se reúne con su familia y la 2nd Mass. Pero la alegre reunión es interrumpida cuando Lexi sufre una crisis de salud a causa de su ADN híbrido. La crisis enfrenta a los miembros de la familia unos contra otros en su lucha sobre cómo lidiar con la enfermedad de Lexi. Anne hace todo lo posible para salvar a su hija.

Lexi resurge más poderosa y despiadada que nunca. Tom y la 2nd Mass deben trabajar junto con los Volm para mantener a raya las fuerzas invasoras, desencadenando la batalla más sangrienta de toda la ocupación Espheni.

La 2nd Mass intenta reagruparse después del ataque extraterrestre que deja a Maggie luchando por su vida, y Hal luchando por ella. Mientras tanto, Tom y Dingaan son separados del grupo después de quedar enterrados bajo toneladas escombro, debiendo confiar en una nave enemiga para mantenerse con vida.

Mientras los miembros de la 2nd Mass intentan desenterrar un Beamer derribado, Tom y un pequeño grupo siguen a los Volm a un punto de suministro en busca de equipo para acelerar el proceso. Durante el camino, se encuentran con una amiga, y deben decidir si confiar o no en ella. De regreso al campamento, Maggie y Ben se unen más cuando él la enseña a perfeccionar sus nuevas habilidades, mientras que Pope y Sara siguen enfrentándose, lo que resulta en una lucha de la que nunca se recuperarán.

Tom y la 2nd Mass aprenden a pilotar un Beamer como parte de su plan para destruir la torre de energía Espheni y el grupo echa a suertes para ver quién se embarcará en la peligrosa misión. La amenaza de muerte que pesa sobre todos desencadena enfrentamientos que persisten durante largo tiempo entre varios de los miembros de la resistencia, lo que en última instancia hace que se vuelvan más cercanos.

La misión de Tom para destruir la torre de energía Espheni se complica por el regreso de Lexi. Lexi se ve obligada a tomar medidas extremas para salvar la vida de su padre -y la suya propia- después de un mal funcionamiento del Beamer.

Tom y Lexi deben encontrar una manera de destruir el núcleo de energía Espheni; mientras la 2nd Mass teme ser el blanco de un ataque inminente Espheni liderado por el Jefe Supremo quemado.