Gintoki, Shinpachi, Kagura y el resto del elenco se presenta. Mientras tanto, algunos villanos planean la destrucción de Edo.

Gintoki logra escapar del ataque de Shishimura. Luego de reunirse con Kagura y los demás, descubrie que su cliente, Katoken, abandonó su entrenamiento. Luego de ir a buscarlo, entre copas Katoken le confiesa a Gintoki cuál es su verdadero problema.

Se cuenta cómo Gintoki y Shinpachi se conocieron por primera vez, para más tarde unirse a la hora de salvar a la hermana de Shinpachi: Otae.

Tras un accidente con su motocicleta, Gintoki y Shinpachi conocen a Kagura, una amanto de 14 años perteneciente a la poderosa raza del clan Yato. Sola y hambrienta, Kagura se une a una organización criminal para poder subsistir en Edo, pero la situación termina por commplicarse y es salvada gracias a la ayuda de Gintoki y Shinpachi. Kagura posteriormente pasa a formar parte de la Yorozuya Gin-chan.

Después de que un repartidor se accidenta fuera de la tienda, este le entrega a Gintoki un paquete pidiéndole que por favor lo entregue en su lugar o será despedido. Sin embargo, el propio paquete era una bomba que tenía como objetivo atentar contra los Amanto en un plan llevado a cabo por el líder de una facción terrorista independentista, Katsura; un viejo amigo de Gintoki quien le pide que se una a su causa.

Se narra el escape de un presunto terrorista que tiene una misteriosa promesa que cumplir, la que involucra a una joven cantante de pop llamada Otsuu. Se descubre que Shinpachi es el líder de los animadores de Otsuu-chan, entre ellos hay un Amanto que terminará ocasionando un incidente. Gintoki y sus amigos deberán ayudar a resolver lo que se termina convirtiendo en un drama familiar.

Gintoki y sus amigos son contratados por oficiales del gobierno para encontrar la mascota de un príncipe extraterrestre, la cual tiene un inesperado secreto que pondrá en peligro la vida de Shinpachi. Gintoki no lo duda y lo salva, a riesgo de despertar la ira del príncipe.

Se presenta a los Shinsengumi, la policía imperial de Edo, cuyo líder, Isao Kondo, se enamora de manera obsesiva de Otae, la hermana mayor de Shinpachi. Para sacárselo de encima, Otae involucra a Gintoki forzándolo a tener un duelo en contra de Kondo por intereses amorosos.

Gintoki es retado por Hijikata Toshiro, el vicecomandante de los Shinsengumi, quien busca limpiar el honor y la deshonra vivida por Isao en el capítulo anterior.

Kagura adopta a un "perro muy grande" y le da el nombre de Sadaharu, en honor de una mascota anterior muerta 'trágicamente'. La Yorozuya Gin-chan acepta a este nuevo miembro problemático.

Gintoki y sus amigos conocen a un anciano moribundo en el hospital, el cual tiene como deseo final antes de morir volver a encontrarse con un antiguo amor, el cual resulta ser una vieja conocida de los protagonistas.

Otose conoce a una amanto con orejas de gato llamada Catherine, la cual resulta ser una peligrosa ladrona. En este episodio se da a conocer como se conocieron Gintoki y su casera, y la promesa de este de protegerla en gratitud de un favor recibido en un momento difícil para él.

La Yorozuya Gin-chan es contratada para encontrar a la hija de un alto funcionario del shogunato, la cual resulta ser adicta a una droga llamada Tenseikyou que es traficada por el poderoso grupo de los piratas espaciales, Harusame. Durante la investigación, capturan a Shinpachi y Kagura. Gintoki, tras rescatar a la hija del político, termina herido, pero es rescatado por Katsura, quien termina ayudando a Gintoki a salvar a sus amigos.

El Shinsengumi debe proteger a un funcionario amanto corrupto involucrado en el tráfico de las drogas de los piratas espaciales Harusame.

Katsura recibe una extraña mascota extrarrestre llamada Elizabeth. Catherine, la extraterrestre con orejas de gato, regresa a trabajar junto a Otose, la casera de Gintoki. Entretanto, Gintoki y sus amigos deciden participar en el 7mo Grand Prix de mascotas únicas y extrañas con Sadaharu, pero no cuentan con que Katsura y Elizabeth se enfrentarán a ellos por un lugar en la gran final.

Se narra la historia de Taizou Hasegawa, un ex-agente del Departamento de Asuntos Alienígenas que perdió su empleo durante los hechos sucedidos en el capítulo 7, y que ahora es un MADAO (abreviatura para un sinfín de frases con que es relacionado Hasegawa, pero cuyo significado general es "bueno para nada") y que busca dar nuevamente sentido a su vida. En este capítulo aparecen todos los personajes principales que se han observado hasta ahora en la serie.

Aparece Shinsuke Takasugi, el miembro más radical de la facción nacionalista y peligroso rival de Gintoki. También se conoce a Hiraka, un vecino del distrito de Kabuki, el cual es el inventor más famoso de Edo, pero tiene un doloroso pasado. Al conmemorarse los 20 años del fin del aislamiento de Edo, se organiza un festival en el que participa Hiraka, manipulado por Takasugi para ralizar un atentado contra el Shogunato, pero Gintoki y sus amigos intervienen para salvar la situación.

Un ladrón de ropa interior ataca a Otae, lo cual hace que esta arme un plan para atraparlo con la ayuda del Yorozuya y del Shinsengumi.

Un monstruo extraterrestre causa problemas en la playa, por lo que Gintoki y sus amigos, junto con la ayuda de Hasegawa, buscarán la manera de capturarlo para así poder cobrar una recompensa.

Un presunto fantasma aparece en el cuartel del Shinsengumi, por lo que estos se ven forzados a contratar a unos exorcistas que terminan siendo unos viejos conocidos de los policías de Edo: Gintoki, Shinpachi y Kagura. El fantasma de una mujer es la sospechosa de ser la responsable del incidente, pero la verdad no es lo que parece.

Un viejo amanto que llegó a la Tierra antes de la invasión extraterrestre y que es confundido por un kappa (criatura mitológica que vive en los lagos) trata de ser desalojado, pero conoce a Gintoki y a sus amigos, los cuales le ayudarán a proteger su hogar.

Sacchan es una ninja perteneciente a un grupo élite del shogunato, sin embargo, al fracasar en una misión esta debe huir, pero accidentalmente termina conociendo a Gintoki, del cual ella se enamora y termina siendo su 'prometido' bajo extrañas circunstancias. Para terminar su misión, Sacchan contará con la ayuda de su nuevo 'prometido'.

Kagura gana unos boletos para poder viajar gratis al espacio junto a sus amigos, pero la nave es atacada por unos ladrones y terminan perdidos en un planeta desértico. Gintoki se encuentra entre los pasajeros con Tatsuma Sakamoto, un antiguo compañero de la época de la guerra contra los amanto, el cual posee una flota comercial que ayuda a los viajeros perdidos. El ataque de un monstruo pone en peligro a Sakamato, quien termina siendo rescatado por Gintoki.

Tras insultar a quien no debía, Gintoki es obligado a trabajar como okama (travesti) en el negocio de Mademoiselle Saigou. En ese lugar se encuentra con Katsura, quien también está en la misma situación que él, sin embargo, cuando el hijo de la jefa se mete en problemas, Gintoki y Katsura (ahora conocidos como Paako y Zurako respectivamente) irán a rescatarlo de un monstruo que habita en una antigua casa samurái, propiedad del príncipe Hata.

Se libra una "batalla" por comer sukiyaki (lujosa comida japonesa en base de ternera) haciendo una clara parodia a Death Note.

Hazegawa pide a la Yorozuya Gin-chan que lo reemplacen en un trabajo que ha conseguido en un supermercado. En ese lugar, Shinpachi se reencuentra con Tekaya Hachihie, un viejo amigo del colegio-templo, que se ha metido en una banda de pandilleros conocida como los Bulldogs. Shinpachi decide ayudar a su viejo amigo a dejar el mal camino, él y sus amigos terminan participando en una carrera para decidir el destino de Tekaya.

Por medio de Sougo Okita, el Yorozuya conoce "el purgatorio", un lugar donde se realizan peleas ilegales a muerte. Allí conocen a Kodoumario, el campeón, quien resulta ser un antiguo samurái dedicado a cuidar de unos niños huérfanos, pero quien es chantajeado para participar en el purgatorio por una poderosa mafia que maneja el shogunato. Gintoki convence a Kodoumario de dejar las peleas, pero este termina siendo asesinado. El Yorozuya decidirá vengar la muerte de este con la ayuda de Sougo e Hijitaka.

Kondo debe responder ante el Tendoushu (el poder detrás del gobierno de Edo) por el incidente ocurrido en el purgatorio, pero para hacerlo, tendrá que sobrevivir al presagio de muerte que da el horóscopo de la televisión para todos los nacidos bajo el signo zodiacal de Virgo. Entra en escena Matsudaira Katakuriko, director del departamento de policía de Edo y benefactor de Kondo, quien es un maniático que ve asesinos por todas partes. En este episodio aparecen la mayoría de personajes principales vistos hasta ahora en la serie.

Un ladrón de espadas busca la legendaria Youtuo Hoshikudaki, la cual parece pertenecer a Gintoki, pero que ha sido robada por Kagura quien busca poder obtener algo de dinero para gastar en compras de teletienda.

Otsuu Terakado, la popular cantante idol de la cual Shinpachi es el capitán de su club de fans, ha recibido amenazas por parte de una "sombra misteriosa", por lo que Otsuu pide ayuda al Yoruzuya para resolver su problema. Este capítulo es una parodia a los manga, anime, programas policíacos y de misterio de Japón.

Gintoki sufre un accidente al ir a comprar la Jump, por lo que pierde la memoria totalmente. Sus amigos intentarán hacerle recordar, pero nada funciona, por lo que Gintoki decide abandonar todo e iniciar una nueva vida por considerar que su pasado era un desastre y que solo ha traído problemas a todas las personas que ha conocido.

Continuación del capítulo anterior, donde Gintoki, Kondo y Yamazaki han ido a trabajar en la fábrica de un ex-samurái que planea atacar al shogunato, por lo que el Shinsengumi va tras su captura encontrándose a los antes mencionados, sin embargo el uso de un arma secreta obliga a los amigos de Gintoki a luchar desesperadamente por salvarlo.

Gintoki ha recuperado la memoria, pero el hogar de la Yorozuya está destruido, por lo que Sakamato, el amigo de Gintoki que viaja por el espacio y es causante de la destrucción de la casa, manda a dos carpinteros amanto al domicilio de Gintoki, llamados Unkei y Kaikei. Al ver la oportunidad de hacer mejoras a su casa, Gintoki motivará a los carpinteros con las historias ficticias de un tal Mokichi, lo cual traerá inesperadas consecuencias.

Shinpachi rescata a una amanto con orejas de gato de un acosador en el tren, de la cual se enamora completamente. La chica por agradecimiento invita a Shinpachi a una cita, este hecho desencadenará una serie de diversos sucesos que conducirán a Shinpachi a tomar una decisión muy importante.

Conclusión del capítulo anterior, donde se descubren las reales intenciones de la amanto con orejas de gato.

Otae, junto a la Yorozuya, decide ayudar a una amiga del trabajo a recuperar su dinero perdido en manos de una especie de culto religioso que hace creer a la gente que puede hacer sus sueños realidad.

Gintoki conoce a un Santa Claus, quien debe cumplir el deseo de al menos un niño en Navidad.

Otose organiza el primer festival de esculturas de nieve del distrito de Kabuki, en el cual se presentan varios personajes a concursar, pero todo terminará en una guerra campal.

Katsura resulta herido tras un ataque de Sougo y encuentra refugio en un restaurante. La dueña del lugar, Ikomatsu, le acoge mientras Katsura se hace pasar por aprendiz de cocina. Ikomatsu perdió a su marido por culpa de los nacionalistas, grupo al cual pertenece Katsura, lo que afecta la relación entre estos dos personajes.

Aparece Omibozu, el legendario cazador de alienígenas que viene a la Tierra a llevarse a su hija consigo, que resulta ser Kagura. Omibouzu le explica a Kagura que los Yato (clan al que pertenecen) no pueden vivir en tierras pacíficas sino cazar alienígenas de un planeta a otro, pero Kagura se opone porque desea cambiar su naturaleza y quedarse en la Tierra junto a Gintoki y Shinpachi, sin embargo, Gintoki le dice a Kagura que haga caso a su padre y que se marche de la Tierra.

Kagura está a punto de marcharse de la Tierra junto a su padre, pero Shinpachi trata de impedirlo. Sin embargo, el parásito que había derrotado Omibozu se ha recuperado y ha tomado el control de la terminal, alimentándose de su gran fuente de energía, lo cual pone en serio peligro a Edo. Gintoki, junto a Sadaharu, decide luchar contra el alien.

La pelea se vuelve encarnizada y tanto Kagura como Omibouzu están heridos, sin embargo la ayuda de Gintoki logra salvar la situación. El alien captura a Kagura y Gintoki va a su rescate internándose dentro del alien, mientras la flota del shogunato acude a terminar con el alien, lo cual pone en peligro a todos. Con la ayuda de dos inesperados aliados, finalmente Kagura se repone, el alien es derrotado y Omibuzu decide dejar a Kagura en la Tierra hasta que ella haya madurado lo suficiente y esté lista para acompañarlo en sus viajes por el espacio.

Todos en la Yorozuya piensan que Kagura se ha marchado con su padre, por lo que aparecen varias candidatas que quieren obtener el papel de "heroína" de la serie. Todo esto sucede bajo la atenta mirada de Kagura.

Katsura, la Yorozuya y Sa-chan van en rescate de Elizabeth, pero para hacerlo tendrán que enfrentarse a 5 ninjas de élite, cuyo líder es Hattori Zenzou, el rival de Gintoki en la compra de la Jump.

Sadaharu se ha vuelto gigante, lo cual pone en problemas a la Yorozuya. Las hermanas Ana y Mona aparecen y explican que ellas son las sacerdotisas encargadas de cuidar del Inugami, real identidad de Sadaharu. Sin embargo, Sadaharu se ha convertido en una bestia por culpa de la leche de fresa y comienza a destruir la ciudad, por lo que la Yorozuya junto a las sacerdotisas deben buscar la manera de volver a Sadaharu a la normalidad.

Ana la sacerdotisa, compite con Otae por ser la empleada que más ventas realiza en el bar donde trabajan, viéndose involucrados en la batalla Gintoki, Madao, Kondo y Matsudaira.

La Yorozuya tiene un nuevo vecino amanto llamado Hedoro, el cual tiene una apariencia monstruosa y hace sospechar a Gintoki que éste trata de conquistar el mundo. En realidad, Hedoro es un florista de buen corazón que busca encontrar nuevos amigos que no lo juzguen solo por su apariencia. El episodio es una parodia de Mi vecino Totoro.

Un grupo de nacionalistas planean asesinar a Hijikata, pero sus pretensiones se verán frustradas por coincidir la accidental presencia de Gintoki en todos sus ataques.

Gintoki y Hazegawa conocen en un casino a Kambei "el afortunado", un legendario jugador que realiza fraude para ganar. Gintoki y Hazegawa son involucrados en el fraude y junto a Kambei tendrán que ganar en una partida contra un jugador experto, y en la que la apuesta será nada menos que sus vidas.