Hanna regresa a La Pradera con su tapadera como leal aprendiz intacta gracias a su director John Carmichael, que ayuda extorsionado por Marissa. Mientras las aprendices se preparan para las primeras misiones, Marissa le saca información a un analista de la CIA en Viena que está en la lista de objetivos. En París, Hanna conoce a su blanco, Abbas, un carismático y joven activista.

Incapaz de olvidar a Abbas, Hanna rompe el protocolo y le visita en el piso franco. El mundo de Marissa queda patas arriba al reconocer al director en la foto de Hanna. Mientras ambas planean el sabotaje del siguiente crimen, un error despierta sospechas. Hanna intercepta al agente de Utrax enviado a investigar, pero la traición de Carmichael hace que Hanna y Marissa caigan en una emboscada.

Hanna y Marissa se mueven deprisa ahora que han sido descubiertas. Pretenden llegar a Viena, creyendo que es el cuartel general de los Pioneros y la base de asignación del programa de asesinatos, pero Hanna parte antes en busca de Abbas. Marissa sigue camino de Viena y ninguna de las dos sabe que van hacia una trampa.

Hanna y Marissa entran en el cuartel de los Pioneros y descubren la terrible oculta tras la lista de asesinatos y cómo se crea. En el interior, Marissa se enfrenta a Evans, el director, permitiendo que Hanna escape con las pruebas para acabar con el programa.

Hanna y Marissa casi han perdido. Hanna ha sido capturada por Evans y las pruebas que Marissa necesita para acabar con el programa están encriptadas y son inservibles. Cuando Hanna intenta escapar descubre la que puede ser la clave para acabar con los Pioneros, pero el brutal interrogatorio de Evans podría romper la voluntad de Hanna antes de que pueda aprovecharla.

Hanna y Marissa regresan al cuartel general de los Pioneros como prisioneras, pero con la misión de lograr las pruebas que necesitan para acabar con el programa. Cuando descubren que Abbas y su hija corren peligro, parten a rescatarlos. Hanna debe salvar a Abbas en los bosques de las afueras de Viena mientras Marissa se enfrenta a Evans una última vez.