A Mac le cuesta aceptar la noticia de que Clayton Webb realmente está muerto y corre riesgos al investigar su supuesta muerte. Luego del retiro del almirante A. J. Chegwidden, el comandante Sturgis Turner es nombrado juez militar.

Cuando un infante de marina es asesinado en Iraq por sus compañeros de bando como consecuencia de un disparo accidental, la investigación que realizan Harm y Mac demuestra que es posible que un contratista militar privado esté involucrado.

Harm defiende a un marinero acusado erróneamente de haber asesinado a un travesti que trabajaba de la prostitución, hace veintidós años. Mac está decidida a llevar a juicio a un suboficial por practicar la bigamia.

Un coronel de la marina que se encuentra entre los candidatos principales del Presidente para ser elegido como el nuevo juez militar genera controversia, mientras Harm y Mac investigan el caso de un alférez de la armada acusado de haberle disparado a un pescador canadiense.

Cuando un senador de los Estados Unidos es asesinado en Baghdad, las acusaciones apuntan al escuadrón que había sido enviado para protegerlo; por lo que Mac y Harm pretenden descubrir lo que sucedió en realidad.

Cuando un equipo de marineros de la Academia Naval de los Estados Unidos queda atrapado en una tormenta breve pero terrible y uno de sus miembros muere ahogado, Mac y Turner deben determinar si su comandante, de carácter compulsivo, los puso en riesgo a propósito.

Cuando a un soldado estadounidense que realiza un trabajo encubierto por el que se hace pasar por un criminal detenido lo golpean hasta dejarlo en coma en la bahía Guantanamo, Harm y Mac son enviados al lugar para hacer de jurado en una corte marcial; mientras que Bud debe ir a juicio por cargos de agresión y afrontar la amenaza de perder el trabajo.

Coates recibe una inesperada visita, cuando un amigo de su pasado criminal aparece en busca de un lugar en el que quedarse. Un aviador de la Unidad se encuentra con un problema cuando tiene que dar lecciones de vuelo a su padre, un civil que simplemente compró un F-18. Bud interviene en su nombre.

El automóvil perteneciente a un comandante de la armada que trabaja para el laboratorio de defensa biológica aparece abandonado en un puente sobre el río Potomac. Harm y Mac investigan junto a agentes del FBI.

Es Nochebuena. El coronel MacKenzie se estrella el auto en el camino a casa y, mientras está inconsciente a través de una serie de flashbacks de episodios y discusiones con un terapeuta básico, trata muchos de sus problemas, como infertilidad, insomnio, soledad, Webb y daños.

Harm investiga el caso de un F-14 que se estrelló misteriosamente cerca del predio de una escuela de California.

A Harm y Mac se les asigna un caso del sur de Florida sobre la muerte del hijo de un vendedor de autos local, al que le dispararon afuera de un bar popular. El general pide que lleven a la suboficial de marina Coates para que ayude a Mac. El jurado, formado por el personal de la base, se va reduciendo con rapidez porque la mayoría conoce a la acusada, que había sido la novia del asesinado y era muy popular, o porque ya tienen una opinión formada sobre el caso. Como consecuencia, Coates se ve forzada a ser el sexto jurado.

Un capitán de la marina que trabaja con el Mujhahadin se ausenta sin permiso y lo acusan del asesinato de varios civiles afganos. Harm y Mac son enviados a la escena del crimen para detenerlo. Mientras tanto, el gordo Bud es asignado para prestar sus servicios en Iraq, pero no quiere ir y le pide ayuda a Bud.

Una psiquiatra de la armada que está trabajando en Afganistán es acusada de mala praxis cuando un soldado que estaba tratando muere en batalla. Bud maneja una demanda por discriminación de un comandante de la armada.

Cuando Harm es forzado a dispararle a un avión de civiles que sobrevuela una zona prohibida sobre el golfo persa, Harm se vuelve a encontrar del lado equivocado en la corte.

Mac y el teniente Vukovic van a Indonesia a hacer negociaciones con un pirata moderno para que libere a rehenes de la armada. Mientras tanto, Bud y Harriet hacen una fiesta en la casa para celebrar el nacimiento de sus bebés gemelos.

Parte del equipo de los jueces militares va a San Diego. Harm se queda allí más tiempo para trabajar como juez militar. Mientras está allí, aparece una tormenta de nieve espantosa y Mattie se hiere en un accidente. Mientras tanto, Mac y Vukovic trabajan juntos en un caso en el campamento Pendleton.

En medio de una invasión, un soldado de la marina asesina a un civil que, al parecer, no estaba armado, en una mezquita en Karbala, Iraq. El teniente Vukovic va a Iraq para defenderlo, lo que resulta difícil porque un periodista de la ZNN filmó todo el incidente. Mientras tanto, Cresswell le pide a Mac que hable con su hija para convencerla de no abandonar la carrera militar y Harm se queda junto a cama de Mattie, que está convaleciente.

Mac va a Iraq para investigar el caso de un bombardeo que mató a un grupo de infantes de marina reservistas, mientras Harm y Bud se dirigen a Oklahoma para acompañar a las familias, pero terminan demandando al único sobreviviente, al que se lo acusa de haber provocado un incendio que destruyó el centro de reservas de la marina.

El hermano del general Cresswell cree que los restos encontrados de un soldado vietnamita pertenecen al piloto del helicóptero que salvó su vida durante la guerra. Vukovic y Graves terminan yendo al sur de Vietnam para buscar a algún pariente del soldado y así poder realizar una prueba de ADN.

Cuando Vukovic se enfrenta a un abogado importante en un caso de homicidio sin premeditación, Cresswell le asigna a Harm la tarea de ayudar a Vukovic y empiezan a llamar al dúo "el equipo de los sueños" para cargarlos. Mientras tanto, Mac defiende al aprendiz de marinero Charles Bander (Wil Bethel), que liberó a dos delfines entrenados de la marina de los Estados Unidos.

El general Cresswell les informa a Harm y a Mac que van a reasignarlos. Harm será enviado a Londres y Mac, a San Diego. Como la fecha en que deben partir se acerca, Harm y Mac deberán decidir qué van a hacer con sus vidas y cuáles son sus sentimientos por el otro. - Este es el episodio final de la serie -