Harm y Mac investigan el descubrimiento del cuerpo de un piloto a bordo de un portaviones en desuso, lo cual les lleva a descubrir una lista de MIAs (militares desaparecidos) y de POWs (prisioneros de guerra) en la que aparece el nombre del padre de Harm, que supuestamente sigue con vida y bajo el control de la KGB en Rusia. La lista desaparece antes de que ellos puedan actuar en consecuencia.

Una mujer piloto del Barco cañonero Cobra es acusada por su Comandante por desobedecer su orden de dejar de confraternizar con su jefe de tripulación, un soldado casado. A Mac se le asigna la fiscalía mientras que Harm será el abogado defensor de Susan, la piloto acusada.

Un Coronel desafía las órdenes de un superior y del Departamento de Estado y decide rescatar a sus hombres que habían sido secuestrados y torturados por un comandante en Jefe haitiano.

Harm y Bud investigan un accidente ocurrido durante un entrenamiento en el cual una mujer resultó muerta al caer sobre ella los escombros arrojados por un F-15. El avión estaba efectuando unas maniobras de entrenamiento dirigidas por el Capitán Hochausen, instructor y mentor de Harm. Mac será la encargada de defender al piloto del avión derribado pero junto a Harm descubrirán que el Capitán ha estado ocultando sus problemas de visión y el piloto en prácticas estaba a su vez encubriendo al Capitán. Este echo terminará con la carrera como piloto del Capitán.

Willie un veterano de Vietnam que había sido prisionero de guerra y que ahora estaba atado a una silla de ruedas llega al JAG para denunciar el asesinato que acababa de cometer. Durante el interrogatorio Harm y Mac llegan a la conclusión de que se trata de un hombre cautivador pero problemático, arrogante y embaucador. El caso se complica para Harm cuando Willie afirma haber conocido al padre de Harm y dice tener información que apoya su declaración, finalmente Harm logra que Willie confiese que la historia sobre su padre es falsa y que el hombre que asesinó era el Comandante del campo de prisioneros el cual había ordenado que se mataran a todos los prisioneros excepto Willie. A pesar de los engaños Harm se compromete a ser el abogado defensor de Willie.

Tras la misteriosa desaparición de un F-14 durante una tormenta conducen la investigación de Harm a pensar en multitud de posibilidades, desde el suicidio del piloto a un acto terrorista pasando por el mito del triángulo de las Bermudas o incluso la intrusión de un OVNI. Finalmente Mac, Harm y Bud descubren que la desaparición es parte de un complot llevado a cabo por paramilitares cuya intención es la de asesinar a los miembros de la organización PLO (Organización para la Liberación de Palestina). Los paramilitares habían secuestrado a la mujer del piloto y a su hijo obligando al piloto "desaparecido" a atacar al avión diplomático cuando este se aproximase a los Estados Unidos, pero Harm, Mac y Bud rescatarán a la familia del piloto antes de que el plan se lleve a efecto.

Harm, Mac y Bud son enviados a un portaviones en el mar de Japón para investigar un disparo accidental llevado a efecto por cazas del ejército americano y que derribó un avión de pasajeros civiles de Corea del Norte. Todo parece indicar que el accidente fue negligencia por parte de los aviones militares pero Mac y Harm encuentras pruebas de que había un espía a bordo del portaviones y que el avión obligado a descender era en realidad un avión espía Coreano cuyo radar causó el disparo prematuro del misil que lo derribó.

Harm, Mac y Bud deberán inspeccionar al Teniente Vermon River, un SEAL candidato a la medalla del honor por un rescate realizado por el solo. River resulta ser un afro americano bastante complejo y poco comunicativo devoto de su trabajo pero según los hombres que dirige es una persona a la que no le importa la seguridad de su equipo. Finalmente River acepta colaborar si Harm soporta un día de entrenamiento de los SEAls. Después de experimentar el arduo entrenamiento físico Harm consigue que los hombres de River modifiquen su versión y admitan que en realidad ellos desobedecieron las órdenes para completar el rescate. Finalmente se le otorgará a River la medalla del honor.

Harm y Bud investigan la colisión de un helicóptero en una base militar. Un testigo afirma que el helicóptero colisionó con un OVNI pero Harm y Bud descubrirán una instalación en las cercanías donde se desarrolla un avión secreto para los militares. Mac tomará una importante decisión, dejar el JAG y el ejército para formar parte de un prestigioso buffet de abogados en el que trabaja su novio.

Harm es arrestado por el FBI acusado del asesinato de Konaplanik, un ruso que supuestamente le había vendido a Harm información sobre el paradero de su padre desaparecido El asesino pasará a ser el Coronel Tomashevsky, un agente ruso que seguía la pista de Konaplanik un conocido falsificador de arte. Clayton Webb, el agente de la CIA que ocasionalmente trabaja con Harm arregla la huida de este esperando que Tomashevsky trate de contactar con él. Cuando Harm es llevado a juicio opta por no obtener los servicios del JAG para que sea Mac quien le defienda, la cual es ahora una abogada civil. Harm será absuelto y Mac le pedirá al Almirante Chedwiggen su reincorporación al JAG.

Harm es encomendado a la defensa de una Alférez que declara haber matado a un oficial turco porque tuvo el presentimiento de que el oficial intentaba hacerla daño cuando este entró en su apartamento. Harm logra la absolución de su cliente pero, sin saberlo, ayudará a encubrir una operación del Departamento de Estado de la cual no tiene conocimiento.

Annie Pendry, la viuda del mejor amigo de Harm que murió en un accidente con su Tomcat, le pide ayuda a Harm porque Josh, su hijo de 10 años, quien no es propenso a inventarse historias, la dijo que había sido testigo de un secuestro y posible asesinato cuando estaba visitando la base de las fuerzas aéreas Andrews Durante la investigación Harm y Josh serán blanco de un tiroteo, por lo que Harm trasladará a Josh y Annie a su apartamento, mientras que Mac, Bud y Harriett se vuelcan en ayudarles. Harm descubre que el crimen original y el posterior tiroteo están relacionados con el robo de armamento secreto llevado a cabo por unos importantes traficantes de armas. Cuando Josh es secuestrado por el comerciante de la banda Harm, Mac y Bud idearán un plan para liberarle y atrapar a los traficantes.

Con la ayuda de Harm, Mac, Bud y Harriett, el Almirante Chedwiggen investiga el aparente suicidio de su mentor, el Almirante Clancy, quien por lo visto se pegó un tiro mientras disfrutaba de una jornada de cacería con sus amigos. Mientras que todo apunta a que el asesino podría ser alguno de los amigos que participaron en la cacería, finalmente se descubrirá que el asesino es el guía, quien había planeado el asesinato para vengar la muerte de su hijo el cual murió en prisión después de haber sido erróneamente acusado de sabotear el barco que capitaneaba Clancy hacía años.

Dac y Harm deben defender a un joven marine incapaz de conseguir la custodia de su hijo después de perderla tras haber sido acusado en un consejo de guerra de desertar.

El misterioso hundimiento de un lujoso yate perteneciente a un conocido traficante de drogas sudamericano llevan a Mac, Harm y Bud hasta Miami. Su investigación les conduce a tres veteranos retirados cuya causa es la de emprender una guerra privada contra los traficantes de la zona.

Harm, Mac y Bud investigan como fiscales una demanda de acoso sexual a bordo de un portaviones debiendo enfrentarse con Dalton Lowne, el novio de Mac y abogado defensor en el juicio. Mac tendrá que retirarse del caso aunque será de gran ayuda para Harm a la hora de coseguir pruebas, además romperá su relación con Dalton cuando descubre que este copiaba material de sus expedientes para usarlos contra Harm en el juicio. Harm también recibirá ayuda de la congresista Bobbi Latham.

Mac tiene razones para creer que su ex novio la está acechando y aunque sus recientes acciones certifican las sospechas de Mac, Dalton lo niega. De camino a encontrase con Mac para para aclarar las cosas Dalton es asesinado en un aparente robo de coche. El stress por el asesinato de Dalton y el hecho de que aún está siendo acechada conducen a Mac a recaer en la bebida para desasosiego de Harm. Finalmente Mac es secuestrada cuando se da cuenta de que la persona que le acechaba no era otra que el detective de la policía que se había enamorado de Mac cuando se conocieron en un caso anterior. Mientras Harm con la ayuda del acusado al que estaban defendiendo rastrea la pista de Mac y consigue encontrarla antes de que el detective logre dañarla.

Harm lleva a Josh a un fin de semana para familias del ejército a bordo de una fragata de la marina. Cuando la fragata es tomada por unos terroristas cuyo propósito es el de lanzar misiles contra Cuba Harm y Bud deberán intervenir para evitar que el plan se lleve a cabo.

Harm es arrestado acusado del asesinato de Diane Schonke, una oficial de la marina con la que Harm mantenía una relación y que guarda un asombroso parecido físico con Mac. Mac será la encargada de defender a Harm.

Harm es secuestrado por Palmer, un renegado agente del gobierno con quien Harm se había cruzado hacía unos meses. Palmer le explica a Harm como va a matar al testigo principal del juicio que Mac y Harm están investigando, haciéndose pasar por Harm con la ayuda de una máscara. Cuando Harm no se presenta a tiempo para el juicio Mac se hace cargo de su puesto mientras que Bud y Harriett se encargan de buscarle. Palmer deja a Harm maniatado en su apartamento y se encamina hacia el cuartel general del JAG mientras tanto Bud logra encontrar a Harm y llegar a tiempo al trubunal para atrapar a Palmer.

Una forense del ejército une sus fuerzas con Mac, Harm, Bud y Harriett en su intento por verificar que el cuerpo recientemente exhumado son los de un heroico navajo que había desaparecido tras la Segunda Guerra Mundial. Su mayor obstáculo es que la tribu a la que pertenecía prohíbe que sus huesos sean tocados, lo cual es necesario para realizar el test de ADN.

Tras el accidente de un helicóptero italiano de excursión Harm, Mac y Bud son enviados a Italia para emprender un juicio en el que un piloto del ejército estadounidense está acusado del accidente. Harm deberá ser el abogado defensor mientras que Mac se encargará de la acusación. Presionados por el gobierno italiano, la Casa Blanca y la congresista Bobbi Latham ponen a Harm y Mac bajo una extrema seguridad. Finalmente será Harm quien descubra que un tercer avión sin identificar fue el causante del accidente.

Los tres días antes de la boda de Bud y Harriett se convierten en una auténtica pesadilla. Mac ayudará a Bud en su primer caso pero él está distraído con la llegada de su padre con quien no parece mantener buenas relaciones, por otra parte, Harm pierde el uniforme blanco para la boda que termina en manos del boy de una sala de strip-tease. Además de los problemas en la fiesta de despedida de soltero de Bud, Harriett tendrá dudas sobre la boda pero finalmente todos estos problemas se solucionarán.

Tras conseguir una evidencia que parece probar que el padre de Harm se encuentra aún con vida en Siberia Harm convence al Almirante para que le de unos días libres y poder ir a Rusia con Mac de acompañante para que le haga de intérprete. Cuando llegan a Moscú son entrevistado por Mark Falcon, el agente de la KGB que había robado para Harm una lista de prisioneros de guerra y recibirán información adicional de manos del Coronel Parlovsky que fue el primero en entregarle a Harm la primera evidencia de que su padre se encontraba aún con vida en 1980. Con los Rusos bloqueando cualquier acceso a Siberia a través de tierra o de aire, con la ayuda de Alexi, un operario del mercado negro, consiguen robar un caza para lograr llegar a Siberia. Nada más aterrizar Falcon y Parlovsky abandonan a su suerte a Mac y Harm mientras que oficiales del ejército del aire ruso les esperan para matarles paro Mac y Harm logran hacer despegar al avión antes de que les alcancen los misiles.