Tras los eventos de Los Vengadores, el agente Phil Coulson reúne a un pequeño grupo de agentes para investigar a un misterioso grupo conocido como Rising Tide. En el proceso se cruza con Mike Peterson, un hombre aparentemente ordinario que ha adquirido poderes sobrehumanos.

Coulson y sus agentes de SHIELD viajan a Perú para investigar un objeto de origen desconocido, con nombre en código 0-8-4. Pero cuando se encuentra con la Comandante Camilla Reyes, saltan más que chispas a 9.000 metros de altura.

Cuando el brillante científico Franklin Hall es secuestrado, el agente Coulson y sus agentes de S.H.I.E.L.D. deben ir contrarreloj para encontrarle. Skye es la única vía para llevar al equipo a su límite cuando el plan se vuelve en su contra.

El agente Coulson y su equipo de S.H.I.E.L.D. tratan de localizar a una misteriosa mujer que ha realizado numerosos robos de alto riesgo en solitario. Sin embargo, cuando la identidad de ella es revelada, un secreto inquietante significa la ruina de Coulson.

Una escurridiza joven con un traje de flores puede ser la clave para permitir a Phil Coulson y su equipo viajar a Asia y rescatar a un joven con un inusual y peligroso poder. Por otro lado, Skye tiene un secreto que pone en peligro su relación con el grupo justo cuando más la necesitan.

Tras aparecer unos cuerpos flotando, Phil Coulson y los agentes de S.H.I.E.L.D. deben dar caza a un escurridizo asesino en serie; sin estar a salvo nadie, incluso dicho equipo.

Unos peligrosos secretos permanecen ocultos por poarte de Phil Coulson y su equipo, trabajando éste en un sistema para salvar a Grant Ward y Leo Fitz, cuando estos son enviados a una misión clasificada de nivel 8 que puede terminar en tragedia.

A raíz de los acontecimientos descritos en la película de Marvel Thor: The Dark World, Coulson, y los agentes de S.H.I.E.L.D. recogen los restos, uno de los cuales amenaza con destruir a un miembro del equipo.

Coulson y su equipo son perseguidos por un fantasma que amenaza con destruirlos a todos, y sólo un secreto del pasado de May podrá salvarlos.

En un episodio de suspenso impactante, Coulson lleva la guerra a ciempiés, y esta vez hace entrar a Michael Peterson para un poco de apoyo del supersoldado. Como se acercan a la verdad, asombrosos secretos son revelados y un giro inesperado amenaza del equipo.

Coulson revela información vital sobre el misterio de su muerte, pero con ciempiés sediento de sangre, este conocimiento puede venir a costa de un miembro del equipo.

Coulson y May destapan información alarmante sobre el pasado de Skye, mientras que el equipo es arrastrado por una tormenta en la Academia de Ciencias y la tecnologías de S.H.I.E.L.D.

Tras la pista del clarividente, Coulson y su equipo abordan en un tren misterioso que parece dirigirse a una muerte segura.

Coulson continúa el ataque para salvar Skye - consiguiendo la ayuda del Ex maestro de Ward, John Garrett y descubre terribles verdades sobre su propia vida y a S.H.I.E.L.D.

Cuando Coulson y su equipo son atacados por Lorelei, una seductora mortal que escapó de la asgardiana Lady Sif, su némesis desde hace mucho tiempo, viaja a la tierra para tratar de salvarlos.

Los agentes Garrett y Triplett están de vuelta para ayudar al Equipo de Coulson a detectar al enemigo infame de S.H.I.E.L.D., El Clarividente. ¿Pero destruirá Deathlok a todos ellos para proteger la personalidad de su maestro?

Coulson y su equipo se encuentran sin nadie en que puedan confiar, sólo para descubrir que se encuentran atrapados con un traidor en medio de ellos.

Con el coronel Glenn Talbot acechándolos, Coulson y su equipo se refugian y comienzan a revelar los secremos más peligrosos de S.H.I.E.L.D.

Cuando la vida del verdadero amor de Coulson es amenazada por HYDRA, el equipo lleva a cabo una peligrosa misión para salvarla.

Cuando ya no hay nadie en quien confiar, la Agente María Hill se une a Coulson. Por otro lado, Skye se encuentra con Ward y descubre que está con HYDRA, advirtiendo al equipo en un mensaje.

La traición de Ward y secretos impactantes de HYDRA se revelan mientras el equipo de Coulson se infiltra en una misión secreta.

Oscuros secretos se revelan mientras Coulson y su equipo ponen todo en juego para detener a Garrett, Ward y a las fuerzas de HYDRA. Pero Coulson no será el único en perseguirlos, ya que contará con la ayuda de un antiguo aliado.