Mientras Callen y Sam están a bordo del USS Allegiance, el barco es puesto en cuarentena por una posible exposición al ébola. Además, Kensi y Deeks investigan el asesinato de un suboficial que recientemente abandonó el USS Allegiance y está relacionado con la exposición al ébola.
El equipo de NCIS vincula el robo de un prototipo de dron submarino a una elaborada fiesta de jugadroes de videojuegos en streaming. Además, Callen y Sam se cruzan de nuevo con la responsable de seguros Katherine Casillas, quien asegura la propiedad y las posesiones del jugador.
Cuando un teniente de la Armada desaparece de la escena de un accidente de coche, el equipo de NCIS procesa la escena del crimen y descubre que su portátil también ha desaparecido con información confidencial a la que se accedió recientemente para los Navy SEAL retirados.
Mientras el equipo investiga el robo de un virus informático, Callen y Sam consideran su futuro en la agencia, Kensi y Deeks discuten sobre tener hijos, y Eric y Nell analizan el impacto de la misión encubierta de Eric en su relación. Además, el equipo rastrea a Mara, una sospechos banquera de alto rango.
El NCIS ayuda a un ex operador de tecnología del equipo a buscar a su ex compañero desaparecido, cuando temen que pueda estar trabajando con los traficantes de armas que no lograron atrapar hace años. Además, Callen le revela a Sam que está a punto de echar raíces con Anna, y Deeks se tambalea cuando su bar recibe una crítica negativa.
S11E01 29/09/2019
Que decida el destino
VotarCallen y Sam trabajan con el capitán de la Armada, Harmon Rabb, Jr. para capturar espías a bordo del USS Allegiance. Además, Hetty se asocia con la Teniente Coronel de la Infantería de Marina Sarah Mackenzie para neutralizar un ataque con misiles en Oriente Medio, y Kensi y Deeks están atrapados en una unidad móvil de la CIA en Irak mientras son atacados por el ISIS.