Naruto y Killer Bee salen de la barrera, Zetsu encuentra a los señores feudales pero es interceptado por la Mizukage entonces se genera una batalla, en ese momento Zetsu siente el Chakra del Ky?bi y el Hachibi por lo cual le informa a Madara quien se dispone a participar también en la guerra, mientras que la primera división de Darui logran atrapar a Dan, Kakuzu y logran derrotar a todos los Zetsus blancos cuando parece que la victoria es de la alianza aparece Madara el cual invoca al Gedo Mazo. Ch?ji y su padre tratan de detenerlo pero no pueden el Gedo Mazo libera su poder acabando con todo, entonces Madara se dispone a tomar el Benihisago y el Kohaku no J?hei donde los hermanos Ginkaku y Kinkaku están sellados pero Shikamaru trata de detenerlo sin éxito. Por la noche toda la alianza tendrá que estar alerta por los Zetsus blancos que se han infiltrado

Naruto y Killer Bee se dirigen al campo de batalla, entonces el Ky?bi empieza una charla con Naruto donde ambos recuerdan cosas del pasado, el Ky?bi le dice que no puede borrar el odio de todas la personas y más en tiempos de guerra pero Naruto está decidido a acabar con la guerra ya que no es el mismo de antes y dice que le gustaría acabar con el odio que hay en el Ky?bi.

Neji llega al centro medico agotado el cual es atendido por Sakura, pero entonces empiezan a asesinar a los ninjas médicos, el caos se apodera de todos y todos empiezan a sospechar ya que no se sabe quien es el infiltrado, mientras siguen los asesinatos, Neji llega donde esta Sakura y tras hablar por un rato Sakura lo golpea resultando ser un que dreno el Chakra de Neji en la batalla, ya sabiendo esto le informan a la base la situación pero también en otros lugares se reporta lo mismo, lo cual hace que Shikaku piense de una forma rápida y calmada de resolver el problema.

Hinata, Kiba y Shino entran a una cueva y se encuentran con unos Zetsu blancos los cuales le tienden una trampa con explosivos. Sabiendo que la especialidad que tiene Zetsu de copiar la imagen del rival absorbiendo el Chakra; hace que cree un dilema entre los shinobis pero Shino logra descubrir al Zetzu y acabarlo.

Deidara sale de su encierro en una de las marionetas de Kankur?, lo cual también es avisado que Sasuke no ha muerto. El Akatsuki muerto tiene que librar una batalla contra los nijas aliados. Deidara hace frente a ellos, explotando, pero se da cuenta que no puede morir, y que va contra su "estética" viendo a Sasuke en el río logra seguirlo pero se trataba de Kurotsushi quien le tendió una trampa y lograr encerrarlo nuevamente.

En Konoha todas las madres se reúnen con Koharu Utatane, Homura Mitokado y Ebisu, donde discuten la posibilidad de ser atacados por asaltantes. Konohamaru se entera por sus amigos que van a ser atacados por unos ninjas gigantes que en realidad son Sumos los cuales al intentar invadir la aldea son vencidos por las madres y el rasengan de Konohamaru.

Naruto y Killer Bee se encuentran con Tsunade y el Raikage, que no desean que sigan avanzando hacía la guerra pues esta se inició para protegerlos, entonces se inicia una contienda entre Naruto y el Raikage, donde interviene Killer Bee. Con su intervención le hace recordar cuando formaron el equipo más fuerte juntos hace mucho tiempo y aquella pelea que tuvieron contra Minato en la cual supero la velocidad del Raikage y este le dice que el también tenía sus responsabilidades como Hokage.

Naruto ataca al Raikage pero este lo esquiva con facilidad Tsunade decide apoyar a Naruto y confiar en el, el Raikage le pide una explicación a Tsunade por estar del lado de Naruto con lo cual Tsunade responde que Naruto será el salvador del mundo, Killer Bee le dice que su fuerza brilla como el sol, lo cual el Raikage le pregunta a Naruto cuales son sus dos soles, respondiendo que son sus dos padres. Para comprobar la convicción en el ninja de Konoha el Raikage lo ataca con su máxima velocidad pero Naruto logra antes de ser golpeado poder esquivar el ataque, justo como su padre en aquella batalla, el Raikage deja ira a Naruto y Killer Bee a la batalla, ya amaneciendo se muestra a Madara sobre el Gedo Mazo junto con los seis Jinch?rikis resucitados diciendo que son lo nuevos seis caminos del dolor, cada uno de ellos con un Sharingan y un Rinnegan en cada ojo listos para la guerra.

Los espadachines de la niebla atacan nuevamente siendo Akebino Jinin su oponente usuario de la espada Kabutowari, ahora Kakashi, Lee y Sai deben enfrentarlo y sellarlo, pero Sai aun no ha dominado su técnica de sellado que le enseño Danz?, pero con ayuda de Lee logra dominarla y sellar al espadachín.

Sunagakure celebre su victoria sobre al aldea de la Piedra y toman a Pakura como su héroe. Maki, una shinobi de la arena la alaba por su desempeño, entre tanto la aldea desea hacer una alianza con los de la Niebla y sugieren a Pakura para que resuelva el problema así que envían a Pkura para que haga las pases pero en el camino es asesinada. Ahora en la Guerra Ninja, Maki y el usuario de Shokuton se enfrentan, donde la shinobi revivida por el Edo Tensei culpa a su aldea por su muerte.

Karai, un ninja acompañante del Raikage: A, ha sido herido por un bicho explosivo y Amai escucha que Tsunade está cerca así que van en su ayuda para salvar al subordinado del Raikage cuando la encuentran, Amai le dice que su Ninjutsu medico es débil. Pero Tsunade y el Raikage deberán hacer una competencia de fuerza donde le raikage resulta vencedor.

El Raikage cuenta como fueron atacados por el grupo Nokizaru mientras que Tsunade analiza lo que paso, lo cual deben curar a Karai, Tsunade prepara todo para salvarle la vida peo antes de que empiece pide a Shizune que lo cure pues no ha superado su fobia a la sangre y dice al Raikage que ella también ha perdido a personas importantes en su vida, Shizune logra extraer el bicho y salvarlo.

Kakashi se encuentra en un árbol y llega un Shinobi y le da información sobre los Siete Espadachines de la Niebla. En ese momento Kakashi se prepara para pelear contra el Jinpachi y Kushimaru en lo que aparece Guy. Comienza la batalla, Jimpachi y Kushimaru usan el poder de sus armas para acabar con Kakashi y Guy. Kakashi en ese momento recuerda una misión del pasado que tuvo con Rin y Guy, de nuevo en la batalla los dos shinobis de Konoha trabajan juntos para vencer a los espadachines.

Unas explosiones se oyen en el bosque se trata de la espadachín de la neblina Ameyuri Ringo portadora de las espadas eléctricas de corte perfecto quien lucha contra la división de Omoi y sus compañeros quienes huyen de la espadachín mientras que Kakashi y Guy están en camino para ayudar en su batalla, pero Omoi la vence al llevarla a una trampa que le tendieron sobre unas arenas movedizas.

Tsunade envía al equipo Kakashi a una aldea cerca del país del fuego donde se encuentra el "Agujero". La misión en averiguar las causas de porque todos sus habitantes han sido asesinados y desaparecido un tesoro. El equipo se encuentra con Kabuto, quien realiza el Edo Tensei para invocar a los miembros de Akatsuki y otros shinobis, pudiendo solamente controlar a Hidan y Deidara. Comienza la batalla.

Kabuto se retira de la batalla, Kabuto y Shin investigan más acerca del "Agujero" y les explican sus orígenes, mientras Naruto y Sakura se encuentran con Dokku y los pequeños los cuales se reúnen con Sisseru. Kabuto trata de perfeccionar el Edo Tensei mientras charla con alguien a través de un pergamino.

Naruto se siente enfermo, los niños quieren que el los entrene, mientras que Kabuto está realizando el Edo Tensei, Miina le dice a Naruto que se vaya pues al verlo observa algo extraño en el. Más tarde, el líder del pueblo Tonika llega pidiéndole el tesoro a Dokku que le dejo a guardar pero Miina se percata de que no es su abuelo, luego aparece Kabuto e invoca a unos Shinobis de Konoha, se libra una batalla pero Naruto esta débil para pelear el cual escupe unas serpientes pequeñas que se transformarían en un tipo de Ky?bi de cuatro colas el cual Kabuto trata de tomar el control pero no puede. El clon del Ky?bi se dispone a atacar a todos.

El clon del Ky?bi, lo cual ha Naruto ha expulsado, intenta atacar a los que presentes, llegando el resto de los ninjas de Konoha uniéndose a la pelea. Este clon roba el chakra de Naruto lo cual incrementa su fuerza y tamaño considerablemente dañando a la villa Hach?. Dokku salva a Naruto antes de ser pisoteado por la enorme bestia, lo cual Kabuto invoca a una enorme serpiente tragando a los dos. En la aldea a salvo Shiseru recuerda una conversación con Dokku, lo cual eran los pro y contra de adoptar a los huérfanos. Dokku le pregunta a Naruto, la razón por la cual quiere poder y ser más fuerte, lo cual en Genin recuerda a sus amigos, apareciendo en escena Disonasu con ello la muestra de su traición enseñando un pergamino con la palabra Saezuri.

Disonasu hace saber sus planes de destruir a la aldea, mientras Minna y los demás se van al "Agujero" a dar los barrotes siendo interceptados por Kabuto, lo cual Disonasu teniendo esos barrotes convoca lo que el sería "el poder".Tarareando la música, Saezeru se activa elevando el lugar, mientras los ninjas de Konoha pelean con los revividos y Naruto con el clon del Ky?bi logrando vencer en primera instancia y arrojándolo donde Saezeru se ha elevado. El gran obelisco que se ha formado lanza un rayo potente formando una gran nube roja, mientras Naruto intercepta a Disonasu, ve que el clon se ha transformado en una criatura parecida a la Hidra.

Naruto se enfrenta al clon del Ky?bi ahora transformado, este con una de sus colas golpea a Disonasu matándolo, Naruto no parece tener posibilidades de ganar entonces el clon lo atrapa y de su boca dispara un rayo el cual lo atraviesa, mientras que Kakashi observa lo que pasa, el Ky?bi al ver lo que pasa decide prestarle más poder a Naruto, trasnformandose en el mismo Ky?bi bajo su control, Naruto sigue luchando mientras que Dokku y Shiseru deciden acabar con Saezeru entonces se despiden de los niños, Naruto pierde el control del poder del Ky?bi y se empieza a transformar, Yamato al ver lo que pasa aprisiona a Naruto por un poco tiempo, mientras que el clon sigue destruyendo todo, Shiseru cae por un precipicio pero Dokku la atrapa, en una charla ambos dan a conocer sus sentimientos, mientras que Miina le dice a Naruto que tome el control entonces este toma otra apariencia (igual a la que obtuvo después de vencer al Ky?bi) y salva a Shiseru mientras que Dokku pone el último "sonido", Naruto por fin vence al clon con un Rasengan, en los créditos finales se observa que Saezeru se detiene, Kabuto se marcha y Dokku y Shiseru se reencuentran.