Naruto y Killer Bee van hacia el campo de batalla, donde se topan con algunos shinobis que en realidad son Zetsus blancos, entonces se inicia el combate, donde Naruto utiliza diferentes técnicas derivadas del rasengan además de convertir a los Zetsus blancos en árboles cuando son golpeados, mientras que Madara está al tanto de la situación y concluir que Naruto siente la maldad del enemigo. La división médica descubre la verdad de los Zetsus blancos por lo que informan al cuartel general. Otros shinobis se encuentran con un usuario del Jiton de Kumogakure el cual los pone en aprietos pero Naruto lo vence con rasengan y es sellado, Mientras que Gaara y ?noki se preparan para pelear contra los cuatro kages pasados.

El pasado es contado a Gaara por su padre, lo cual hizo que creyera que no fue amado por su madre mediante una misión mandando a Yashamaru. Gaara puede controlar muy fácilmente la batalla contra el Cuarto Kazekage, viéndose creándose una forma humana sobre el, la cual es la madre de Gaara, Karura. El difunto Kazekage se da cuenta de lo que se ha formado por la arena, diciendo la verdad, que el si fue amado por su madre y aunque haya muerto ella lo sigue queriendo.

Naruto y killer Bee se encuentran con Nagato e Itachi, todos empiezan a hablar, Kabuto al ver lo que pasa obliga a los dos miembros de Akatsuki a pelear Naruto contra Nagato y Killer Bee contra Itachi, Nagato invoca a Cancerbero y un ave gigante mientras que Itachi decide usar su Mangekyo Sharingan entonces de la boca de Naruto sale un cuervo con un Mangekyo Sharingan en su ojo izquierdo, Naruto recuerda como Itachi le dio ese "poder" que esperaba no utilizarlo, Itachi conecta su Mangekyo con el del cuervo, así se libera del Edo Tensei y con el Amaterasu quema a Cancerbero, el ave gigante y a Nagato. Kabuto se sorprende de lo que Itachi ha hecho, Naruto le pregunta que ha pasado e Itachi responde que el ojo del cuervo es de Shisui Uchiha quien poseía el Genjutsu más poderoso de todos logrando liberarse de Kabuto. Mientras que Nagato recupera el color de su cabello y ataca a Naruto y Bee.

Nagato le está quitando el alma a Naruto quien se da de cuenta que puede utilizar los poderes de todos los "Caminos". Nagato usa el Camino Infierno, Killer Bee llega en el auxilio de Naruto pero Nagato lo atrapa usando el Camino Asura antes de que ataque en ese momento llega Itachi quien utiliza el Susano para salvarlos, Nagato usa el Chibaku Tensei para acabar con todos, Itachi dice que hay que atacar todos al tiempo con la mejor técnica para destruir el núcleo, cuando todos atacan hay una gran explosión, después de eso Nagato es atravesado por la Espada Totsuka del Susano la cual lo va a sellar, en sus últimas palabras Nagato le dice a Naruto que será el volumen final de la trilogía. Una vez que Nagato ha sido sellado, Kabuto sacara su carta de triunfo, Itachi le dice a Naruto y Killer Bee que detendrá el Edo Tensei y a Naruto que no tiene que parar la guerra el solo sino que tiene que confiar en sus amigos para ser reconocido. Itachi les encarga a Madara, se despide y se marcha.

Los antiguos Mizukage, Tsuchikage y Raikage hacen sus movimientos, desligándose del sello, y pasan a enfrentarse a la fuerza aliada mientras el Tsuchikage se enfrenta a ?noki. El Mizukage de naturaleza Inton invoca a una almeja gigante llamada Oohamaguri que hace que se cree espejismo, donde ningún arma le hace daño alguno. Mientras la pelea entre los dos Tsuchikages comienza Naruto llega al campo de batalla con un Wakusei Rasengan y en cooperación con ?noki logran vencerlo, lo cual se dirigen al próximo rival, el Mizukage donde Gaara llega y pierde su defensa ante el poder de este, viéndose como ?noki intenta romper la almeja gigante con Doton: Chokajugan no Jutsu lo cual la rompe, resultando ser otra ilusión, al ver esto el Kage revivido usa Mizudeppo no Jutsu en el Tsuchikage.

El tercer Raikage, usuario del Raiton, se enfrenta a los aliados. Este dice que deben usar el Fuuton para detenerlo y Temari, al oírlo, decide usar junto con otros dos shinobis el Fuuton Kakeami pero sin lograr resultados. Dodai le dice al grupo que el tercer Raikage tenía una resistencia extrema; en ese momento Naruto llega y realiza el F?ton: Rasen Shuriken pero el Raikage lo esquiva dos veces. Sin embargo el tercer ataque consigue golpearlo generando una explosión pero cuando van a sellarlo el Raikage se recupera y utiliza el Jigokutsuki Yonhon Nukite, una de sus técnicas más poderosas. Al ver la magnitud del ataque Dodai y Naruto se alejan mientras los shinobis son eliminados y Naruto decide usar la Bijuu Dama. Naruto se comunica con el Hachibi y le pregunta por la cicatriz del pecho del Raikage; Naruto usa el Modo Sennin y un rasengan con el cual impacta en la cicatriz deteniendo al Raikage y permitiendo su sellado.

El segundo mizukage usa su jutsu en Onoki pero resulto ser un clon de arena creado por Gaara justo después de que el Tsuchikage venciera a Oohamaguri, los shinobis tratan de sellarlo pero no pueden. Entonces Gaara utiliza el Sabaku Sotais? pero el Kage usa la técnica Joki Boi la cual uso con M? en el pasado. De repente empieza a caer granizo y aparece un clon del mizukage, ?noki explica todo acerca de esta técnica y empiezan a buscar al Kage cuando Gaara lo encuentra usa su jutsu de sellado pero el clon lo libera y ataca a Gaara explotando nuevamente, de repente deja de llover y empieza la verdadera batalla, el clon ataca con todo entonces es atrapado con arena del campo donde están y cuando explota solo libera vapor, entonces el clon se ha convertido en oro, ya que Gaara mezclo el jutsu de su padre con su arena para hacerlo más pesado y así derrotarlo. Mientras que Mu se levanta de los escombros y se muestra que sellaron a una división que el hizo cuando Naruto lo ataco. Mientras que Gaara sella al Mizukage, mientras que todas la divisiones están alertas por los Zetzuz blancos que se siguen haciendo pasar por shinobis de la alianza.

En la costa la división de Darui se encuentran en un dilema por los Zetsuz blancos en ese momento los cuatro del sonido hacen su aparición, los shinobis se enfrentan con los ninjas resucitados pero no tienen oportunidad, entonces Shikamaru y los demás se preparan para pelear de nuevo contra ellos, Choji contra Jirobo, Neji contra Kidomaru, Kiba contra Zakon y Shikamaru contra Tayuya. Todos recuerdan aquella batalla difícil en la que los shinobis de Konoha ganaron. En su nueva batalla los cuatro del sonido vuelven a perder, y cuando parece que la victoria es de los Shikamaru y los otros, los del sonido realizan el Jiku Jusshiki no jutsu llevándose sus almas.

Neji, Kiba, Shikamaru y Choji están en una muerte aparente, los demás tratan de ayudarlos dándoles Chakra pues apenas están con vida, mientras que Kabuto explica que los cuatro del sonido realizaron el Yomi Tenshin no Jutsu llevándose sus almas a una barrera donde deberán pelear para escapar y regresar en sus cuerpos, en la barrera los shinobis de Konoha están confusos y aparecen los del sonido explicándoles donde están, acercándose una batalla los cuatro del sonido hacen sus invocaciones mientras que Shino e Ino se esfuerzan por mantenerlos con vida, en otro lugar Naruto se encuentra con unos shinobis de los cuales uno resulta ser un Zetsus blancos. Desde el cuartel general le dicen a Ino que los de solo podrán escapar luchando, en la barrera Shikamaru y los otros están en un dilema por lo que pasa.

Naruto pide ayuda a Shikaku para ayudar a Shikamaru y los otros, Shikaku le dice que se centre en su misión. Mientras que Shikamaru y los demás siguen su pelea contra los del sonido y con una estrategia logran acabar con la invocación de Zakon y Ukon, pero los del sonido recuerdan cuando Orochimaru les puso el sello maldito y para liberar más poder cuando ellos murieran debían odiar al que los asesino. En ese momento los cuatro del sonido liberan un aura oscura incrementando su poder causándoles daño a los de Konoha, de repente la barrera se sacude al preguntarse que pasa se muestra a Naruto golpeando la barrera con un rasengan, Shikamaru les dice que cayeron en una trampa. Cuando Naruto rompe la barrera las almas de Shikamaru y los otros son liberadas regresando a sus cuerpos y las almas de los ninjas del sonido se disipan.

Neji y Hinata pelean contra los Zetsus blancos cuidándose ambos las espaldas, entonces Hinata recuerda cuando entrenaron el Sembon Kumite con Neji durante varios días, Sakura la invita a festejar el ascenso de Tsunade como el Quinto Hokage, donde se celebrara con fuegos artificiales. El entrenamiento es tan duro que Hinata no puede mas y cae inconsciente, cuando el doctor la examina dice que tendrá que guardar reposo pues utilizo demasiado el Byakugan, Neji se encuentra con Naruto y Sakura y le comentan que Hinata quiere estar en los fuegos artificiales, Neji habla con el doctor para saber cuando se recuperara Hinata por completo le dice que tardara un tiempo. Así que le dice que existe una planta que cura la vista cansada pero para conseguirla tendrán que luchar con ayuda de Kakashi y Guy.

La división medica está ayudando a los shinobis heridos, en otro lugar Kabuto que con el Edo Tensei resucita a Hayate Gekko el ninja de Konoha, este se pregunta donde esta y por que ha resucitado. Kabuto le explica lo que está pasando, entonces recuerdan los exámenes Chunnin tres años atrás, y cuando Hayate descubre el plan de la aldea de la arena con el sonido y como murió a manos de Baki. Los Ninjas médicos sellan a los shinobis caídos con habilidades especiales para que el enemigo no los resucite. Entonces aparece Hayate con otros dos shinobis los cuales roban el pergamino para entregárselo a Kabuto, la división medica tratan de detenerlos pero huyen, se forma entonces un grupo de ninjas que son: Sakura, Io, Yozake y Yugao los cuales salen en su búsqueda para detenerlos.

Yugao, Sakura y los otros shinobis alcanzan a Hayate y los dos ninja de la arena, allí se forma una batalla en la que logran sellar a dos ninjas quedando solo Hayate quien escapa, Yugao no puede atacarlo pues ambos juraron protegerse en el pasado, y como ella entreno para ser un ANBU, Hayate es obligado a atacarla, al ver que Yugao es incapaz de atacar a Hayate, Sakura se marcha sola para detenerlo, entonces Yugao se arma de valor para tomar su espada y detenerlo. Cuando nuevamente se encuentran ambos utilizan el estilo de la hoja en la que Hayate falla a propósito para que sea sellado al final se despide de Yugao y así recuperan el pergamino.

Naruto se encuentra con Tatewaki un ex-samurai del país del hierro el cual ha sido revivido y lucha contra los shinobis, al ver a Naruto le pregunta como le ha estado desde aquella misión, entonces se remontan tres años atrás cuando Tsunade les asigna una misión de rango A, en la que Shikamaru, Choji, Ino y Naruto deberán secuestrar al heredero de un pequeño país, pero no son los únicos pues los Akatsuki: Deidara y Sasori también tendrán una misión en la harán una guerra. Choji entra en un concurso de comida en el que tendrá que quedar en segundo lugar, Tatewaki entonces vivo entrena al heredero. Más tarde Ino usa su jutsu de transferencia de mente para controlar al heredero y Naruto usa el jutsu de transformación para sustituirlo.

Shikamaru y los otros escoltan al heredero del país de KA, Mientras que Naruto sigue sustituyéndolo en el castillo, el heredero conoce el pequeño país pues no le permitían salir del castillo. Ch?ji sigue comiendo con sus dos competidores en todas los puestos de comida que encuentran, en el castillo Tatewaki entrena con el supuesto heredero el cual descubre que es Naruto entonces se da la alarma del intruso y una persecución por encontrarlo. En ese momento Deidara y Sasori van a atacar el pequeño país bombardeándolo, Tatewaki y Naruto hablan por un momento el que se ponen de acuerdo a sacar al heredero del país, Tatewaki se enfrenta contra las marionetas de Sasori quien las destruye, pero el miembro de Akatsuki usa tubos los cuales tenían agujas con veneno acabándolo. De vuelta en la guerra Naruto cuenta que lograron la misión con éxito, así Tatewaki queda en paz consigo mismo y se desvanece.

Este es un capítulo especial, previo a la sexta película de la segunda parte de la serie Naruto Shippuden 6: El camino ninja en el que se cuenta como los once de Konoha se disfrutan su último día de vacaciones en la que tomaran un baño para relajarse ideado por Lee pero este caerá en el baño de mujeres, Mientras que Tobi lee el corazón de Naruto y se prepara para utilizar el Gentei Tsukuyomi con los otros miembros de Akatsuki. (En la que se desarrollara la trama de la película). Nota: Este capítulo no tiene que que ver con la historia principal como tal, pero si es adaptada de un capítulo manga creado por Masashi Kishimoto

Guy pelea contra el Maestro Chen el cual solo pelea con Taijutsu lo que lo hace muy poderoso, Lee va en su ayuda y al ver a Chen este recuerda como años atrás le pidió que le enseñara el Konoha Ryuujin una técnica muy poderosa, pero este se niega y le dice que renuncie a ser shinobi, Lee sigue persistente por varios días hasta que es golpeado con esta técnica y cae inconsciente. De vuelta en la guerra el maestro Chen nuevamente utiliza el Konoha Ryuujin pero Lee sabe que los ojos del dragón es el mismo remolino por lo que utiliza el Loto Primario acabando con la técnica de Chen que queda impresionado y felicita a Lee por no rendirse.

Shikamaru, Choji e Ino se encuentran con Yota un niño que según sus sentimientos hace que cambie el clima, pero también Sakura y Kiba se encuentran con el, siendo tres Yotas en total cada una con diferentes tipos de clima: lluvia nieve y relámpago. Entonces cada uno recuerda años atrás como fue que conocieron a este niño especial, pero de vuelta en la guerra saben que deben detenerlo y sellarlo pues es manipulado por el Edo Tensei.

Los recuerdos continúan entre los ninjas de Konoha de como cuidaron de Yota, los cambios de clima repentinos que habían según sus emociones, pero en la guerra están teniendo problemas pues no saben que hacer, Ino por medio de su padre habla con Sakura y le comenta la situación. En otro lugar Naruto se encuentra con un cuarto Yota pero este silba y crea remolinos de viento, Naruto recuerda entonces como lo conoció y le enseño a silbar y como jugaban todos juntos, hasta que los cazadores ANBU encuentran al pequeño y se lo llevan para interrogarlo.

Naruto le dice a sus compañeros que los Yotas que enfrentan en realidad son Zetsus blancos no siendo entonces un revivido por el Edo Tensei, armándose de valor los ninjas de Konoha acaban con sus contrincantes. Por su parte Naruto recuerda como rescataron a Yota en el pasado y trataron de llevarlo a un lugar seguro, de vuelta en el presente Yota explica quien es en realidad, un niño revivido por Orochimaru el cual murió por usar tanto sus habilidades, en la guerra el verdadero Yota esta feliz de volver a ver a sus amigos y le pide que lo no olviden y su alma es liberada.

Kabuto decide ir a recuperar a los mejores shinobis los cuales ya fueron sellados tales como el tercer Raikage y Toroi usuario del Jiton, por lo que envía peones los cuales recuperen los cuerpos. Pero la alianza al enfrentarse a ellos descubren que son débiles y no son gran amenaza, Kabuto recuerda como Orochimaru le platico acerca del Kuchiyose Edo Tensei no jutsu y la finalidad de tal jutsu, hasta tal punto que Kabuto quiso ser mejor que Orochimaru y empieza a revivir a shinobis poderosos pero a su vez cometiendo graves errores. La alianza sella a todos los peones revividos quedando solo Torune miembro de raíz de Konoha.

Shino se entera por medio del cuartel de la alianza que Torune anda suelto, por lo que sale en su búsqueda, cuando lo encuentra, Torune acaba de realizar el Kodoku no jutsu en el cual utiliza insectos venenosos que luego explotan y acaban con cualquiera que huela el mortal gas. Shino recuerda como Torune le inculcaba el hacer amigos para las futuras misiones, y como Danzo se lleva al pequeño para Raíz donde Torune acepta y conoce a Fu con el cual se hacen amigos y se hace un experto en jutsus prohibidos, de vuelta en la guerra Torune pregunta por su amigo sin saber nada de él, al ver que los insectos de Shino no hacen efecto este decide hacer un combate cuerpo a cuerpo donde Torune tiene la ventaja pero llega un clon de Naruto el cual ayuda en la batalla, Shino logra sellar a Torune gracias a unos insectos especiales los cuales no mueren por el veneno.

Killer Bee se encuentra con Motoi, mientras que algunos Zetsus blancos blancos se preparan para atacarlo pero son derrotados, Kabuto invoca entonces a Fukai el antiguo Jinch?riki del Hachibi, este al ver a Bee recuerda como hace treinta años, el sentía como su corazón estaba vació, pero para sorpresa de Bee, Fukai puede usar el chakra del Hachibi y se transforma en el la segunda etapa del Bij? gracias a que Kabuto tenía células del Hachibi, por lo que Killer Bee decide hacer lo mismo, Fukai les explica entonces que el pasado Orochimaru el cual se infiltró en Kumogakure fue quien libero al Bij? en aquella ocasión, así de vuelta en la guerra, Bee intenta escapar de él y planear a como sellarlo con ayuda de Motoi, Bee y Fukai chocan puños en donde este le dice que el logro llenar el vació de su corazón gracias a que encontró amigos y al vació de Fukai, así al oír esto el alma de Fukai es liberada y Killer Bee prosigue su camino.

Chiyo se enfrenta con los samurais del País del Hierro y a Mifune, Chiyo utiliza sus hilos para controlar a los samurais, llega entonces Kankuro y saca a la marioneta Sasori, Chiyo al verlo recuerda hace mucho tiempo en Sunakagure, como el pequeño al no tener padres empezó con su obsecion de crear marionetas las cuales les dieran amor, pero además de crear otras para el que le pidiera, pero Chiyo observa que Sasori está tramando algo desde que muere su único amigo. Así nace su interés de que el alma de la gente exista dentro de una marioneta. Pero devuelta en la guerra Kankuro le revela a Chiyo las dos marionetas que son padres de Sasori en las cuales yace el alma del mismo por lo que Chiyo al final queda feliz porque Sasori tuvo una familia.

Omoi se entera de que unos niños de Kumogakure están en problemas por los Zetsus blancos así que parte en busca de ellos, mientras que en el cuartel se enteran de lo que está pasando y le ordenan no apartarse de su división. Omoi entonces se topa con muchos Zetsus blancos a los cuales hará batalla con ayuda de un clon de Naruto, pero Omoi por accidente lo corta con su espada quedando solo, los Zetsus blancos entonces exhalan un gas rojo venenoso cubriendo todo el lugar, pero Omoi ingeniosamente logra salir adelante y encontrar a los niños y con ayuda de estos realizan ataques combinados con los cuales pueden derrotar a todos los Zetsus blancos.