El equipo Taka se reúne nuevamente donde Suigetsu le entrega el pergamino a Sasuke, y J?go carga a Anko, al leer el pergamino Sasuke decide resucitar al "Hombre que los sabe todo" por lo que toman un pedazo del cuerpo de Kabuto y lo fusionan con el sello maldito de Anko donde Sasuke realiza el Kaija Houin donde una serpiente aparece y de la boca sale Orochimaru el cual esta al tanto de la guerra ya que su conciencia estaba en el sello pero no tiene la intención de participar en esta. Tras una charla donde Sasuke quiere saber que es la aldea, el clan y las demás cosas, después que Orochimaru recupera su poder al absorber el de Kabuto deciden partir al lugar que Sasuke conoce. En otra parte el Gedo Maz? sigue alborotándose después de abrir sus nueve ojos, Tobi alega que el J?bi esta por renacer donde Kakashi deduce que el Maz? es el recipiente de este. Kurama cambia con Naruto y explica lo sucedido las armas del Rikud? Sennin, los hermanos Ginkaku y Kinkaku y el porque tenían su chakra, Naruto sin saber nada conoce acerca de el J?bi el cual es la creación y destrucción de todo, Tobi replica que su objetivo es cumplir el Tsukuyomi Infinito cueste lo que cueste por lo que la resurrección no debe ser perfecta, donde Naruto y los demás hablan de sus sueños los cuales pueden cumplirse sin mas este se lanza al ataque.

La pelea entre Tobi contra Naruto, Kakashi Guy y Killer Bee continua, los shinobis de Konoha trabajan en equipo pero no logran hacerle daño a Tobi, y cuidándose las espaldas este tampoco los afecta, tras una deducción de Kakashi al intentar desaparecer al Gedo Mazo con el Kamui y fracasar y mas adelante al lanzar un Kunai justo en el momento que Tobi usa su ninjutsu la mascara de este sufre una grieta. El Gy?ki intenta golpear al Maz? pero Tobi usa el Uchiha Kaenjin. Mientras que Kakashi planea como golpearlo donde todos toman parte y Kakashi envía a otra dimensión el Rasengan de Naruto en el mismo momento que Tobi usa su ninjutsu en esta ocasión el Rasengan golpea en el hombro derecho de Tobi. Kakashi finalmente ha deducido que el ninjutsu de Tobi es el mismo que usa tanto para absorber las cosas y desmaterializarse y no dos como antes creían así, Kakashi se pregunta como obtuvo el Sharingan donde Tobi responde que fue en la ultima gran guerra ninja en la batalla del puente Kanabi donde Kakashi queda pasmado pensando en quien podría ser Tobi. Kurama se hace parte donde alega que Naruto no fracasara en sus sueños y entra en el modo Bij?.

Naruto en su modo Bij? ataca con todo a Tobi, pero este sigue usando el Kamui, mientras que Kakashi distraído piensa en la posible persona que puede ser y con ayuda de Guy, Tobi lanza Shurikens gigantes pero Naruto las repele todas, como alternativa despide unas estacas para suprimir el poder de los Bij?s, pero Naruto usa los clones de sombra y Kakashi lo teletransporta, Mientras que el otro clon usa la Bij?dama, para protegerse del impacto Tobi se refugia en su otra dimensión, pero en ese lugar Naruto con su Rasengan el cual gracias a Kakashi, finalmente logra destruir la máscara de Kakashi, Después del impacto los recuerdos de Obito Uchiha son revelados de cuando se presentaron al examen Chunnin con Kakashi, Rin y otros de aquella generación, finalmente se muestra la misión de destruir el puente Kanabi donde este supuestamente había perdido la vida tras rescatar a Rin y obsequiarle su Sharingan izquierdo. De vuelta en la guerra Kakashi y Guy atónitos de lo que ven se preguntan como es que este sigue vivo. Mientras que Obito explica que su odio contra Kakashi es por la muerte de Rin y que pronto el mundo estará bajo el dominio del Tsukuyomi, sin más este lanza el Rakuf? Rambu pero es repelado por las colas de Kurama, en ese momento Madara llega a la batalla donde la situación se complica aún más.

Madara que ha llegado a la batalla se prepara para capturar al Gyuki y Kurama, mientras que los Kages están gravemente heridos, Tsunade la única con pocas fuerzas invoca a Katsuyu para ayudar a los demás, Naruto libera a Gyuki de las estacas y su clon se lanza contra Madara lanzándole una Bijudama pero Madara la absorbe con su abanico y usando el Uchihagaeshi le regresa el potente ataque. Kakashi le pregunta a Obito que es lo que le ha pasado, donde este empieza a recordar los momentos de cuando conoció a Madara y le salvo la vida, Obito aun débil decide volver a la aldea junto con los demás pero Madara alega que debe devolverle el favor pero Obito insiste en marcharse aun muy débil por perder medio cuerpo. Madara le explica que el quiere crear un mundo donde exista la verdadera paz, pero Obito no presta atención ya que su meta es volver a reunirse con Kakashi y Rin.

Obito se sigue recuperando en el escondite de Madara, allí se acostumbra poco a poco a el brazo implantado a partir del árbol de Hashirama por Zetsu y Zetsu remolino , ademas forja una amistad con ambos, pasado algún tiempo Obito recupera la mayoría de sus habilidades y su cabello crece, a este no le interesa el plan de Madara sobre el Tsukuyomi infinito. En algún momento Zetsu blanco le avisa que Kakashi y Rin están en gran peligro al enfrentarse a shinobis de Kirikagure, enseguida Obito intenta salir golpeando la roca pero no puede, Zetsu remolino lo envuelve y con ayuda de clones salen en la ayuda de Kakashi y Rin. Durante el camino Obito experimenta visiones de Rin y observa explosiones, cuando llega a la batalla conmocionado descubre que Kakashi con su Chidori asesina a Rin, ante esto Obito despierta su Kamui y también Kakashi pero este cae inconsciente y en un ataque de furia acaba con todos los shinobis de la neblina, una vez que termina todo se torna de sangre con lo que Obito alega que se encuentra en el infierno.

Una vez que Obito logra acabar con los shinobis enemigos, se acerca al cuerpo de Rin sin vida donde tras llorar, recuerda las palabras de Madara acerca del mundo que desea crear donde todo el mundo vivirá en paz, de vuelta en el escondite, le pide a Madara que le explique el plan de sumir a todo el mundo, Madara entonces usa su Genjutsu y le explica que a través de los poderes Uchiha y Senju logro despertar el Rinnegan y así obtener la muda del J?bi al que llamaría Gedo Mazo y con el inmenso Chakra de este lograría proyectar el genjutsu en la luna donde todo el mundo lo vería. Después de ello en Amegakure Zetsu le presenta a Nagato quien posee los ojos originales de Madara y el único que puede controlar al Mazo. Es allí donde Obito se hace pasar por Madara y le habla del mismo sueño de la paz mundial, donde Yahiko no cree en sus palabras, "Madara" alega que Nagato con el tiempo entendería, des pues de ello en una aldea unos shinobis de Hanzo intentan atacar pero Nagato, Yahiko y Konan la defienden sin asesinar a nadie, poco tiempo después los tres huérfanos ya poseen bastantes seguidores y deciden llamar a la organización Akatsuki.

En Konoha el joven Kakashi le pregunta a Jiraiya acerca de los tres huérfanos de la lluvia, ante esto el Sannin le habla acerca de cada uno cuando el fue su maestro hace tantos años, allí este recuerda cuando le hablo a Nagato a cerca de conseguir la paz mundial, mientras que en Amekagure la naciente Akatsuki sigue dando el mensaje de la paz sin la violencia, cuando se cruzan por una aldea devastada y confirmar que han sido shinobis de la Aldea de la Roca, Yahiko, Nagato y Konan deciden hablar con los responsables pero en el camino son atacados allí Nagato pierde el control y ante el temor de perder a sus amigos libera al Gedo Mazo el cual acaba con los shinobis enemigos y este cae inconsciente. Después de ello Danzo que observo la pelea decide llevarle los cuerpos caídos a Hanzo y hacerle creer que Akatsuki hará un golpe de estado y controlar toda la aldea.

La organización Akatsuki logra hacer un acuerdo con Hanzo para la paz en Amekagure, pero es una trampa para acabar con Yahiko el cual es el líder, los demas miembros de Akatsuki salen en su ayuda pero Obito y Zetsu aparecen y acaban con todos, tras reunirse Hanz? y Yahiko, este le pide a Nagato matar a su líder ya que Konan fue capturada, tras la muerte de su amigo, Nagato invoca al Gedo Mazo donde acaba con todos los subordinados de Hanz?, así después de ello la nueva Akatsuki nace donde Yahiko con el Rinnegan se convierte en el primer camino del dolor.

En el grupo de los ANBU se ha unido un miembro del clan Uchiha, se trata de Itachi Uchiha el cual se convierte en el integrante más joven con solo once años. Por otra parte el tercer Hokage envía a Gui llevar un pergamino al país de los bosques y que el traiga uno por parte de ellos, pero aparte de eso envía a Kakashi e Itachi como escoltas secretos. Cuando Gui llega al punto de encuentro los shinobis del país de los bosques los traicionan con un pergamino bomba, del cual salen ilesos, allí Kakashi e Itachi intervienen, donde logran acabar con todos. Después de aquella misión, este le pregunta a Kakashi como obtuvo su Sharingan y si es miembro del Clan Uchiha, donde Kakashi afirma que no y el sharingan es un obsequio de un amigo. En una reunión secreta del clan Uchiha el padre de Itachi le pide contar que ha podido averiguar de los altos miembros de la aldea, pero Itachi observa la piedra con el grabado y se pregunta que significa.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Ky?bi, Danz? es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danz? quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

Itachi es asignado como el líder de los ANBU a la edad de trece años, mientras que el Hokage es informado de que alguien ha estado pasando la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha a investigar que pasa, una vez allí con Guy se dan de cuenta de la desconfianza del clan Uchiha. Por otra parte Itachi le informa a Danz? todo lo que el clan pretende hacer, entre eso el inminente golpe de estado, Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de que Itachi se una a Akatsuki, después de llegar al acuerdo y lograr su cometido Itachi se convierte en un ninja desertor. Pasado algunos días el Hokage le pide a Kakashi abandonar a los ANBU y entrar a ser supervisor en la academia ninja.

Kakashi ahora como supervisor Jonin, pone a prueba a dos equipos distintos con el objetivo de trabajar en equipo y lograr que le quiten los dos cascabeles, recordando como fue su experiencia con el Cuarto Hokage. Estos dos equipos reprueban y tienen que regresar a la academia, ya que siguen las reglas de un shinobi, y se olvidan del trabajo en equipo, pero Gui nota que Kakashi es el mismo de siempre, pero el tercero tiene un plan que hará cambiar a Kakashi pues le asignara tres gennin especiales.

Kakashi y el tercer Hokage conocen los hogares de Naruto, Sasuke y Sakura los cuales serán su próximo equipo, este recuerda el trabajo en equipo con sus compañeros Obito y Rin el cual es más importante que seguir las reglas. El equipo siete logra superar la prueba de los cascabeles ya que trabajaron conjuntamente al darle de comer a Naruto, siendo el primer equipo aprobado por Kakashi.