Kakashi le da el golpe final a Kakuzu y todos regresan a Konoha. Shikamaru se encuentra con Kurenai en el cementerio, donde tras una conversación se da a entender que Kurenai está embarazada de Asuma. Tsunade, al ver las heridas de Naruto, le ordena a Kakashi que no permita que Naruto vuelva a utilizar su técnica, pues ésta le daña incluso a él y ni ella puede curarlo. Mientras tanto, en la guarida de Orochimaru, éste le ordena a Kabuto que llame a una misteriosa mujer llamada Guren.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru llegan al lugar pero se encuantran con una trampa creada para destruir cualquier evidencia de allí. Guren es atacada por algunos miembros del grupo que querían escapar de Orochimaru, pero son derrotados con facilidad. Mientras tanto Naruto comienza su entrenamiento con Jiraiya.

Guren llega con Orochimaru y muestra celos hacia Sasuke, por ser éste el favorito de Orochimaru. Naruto tiene problemas en su entrenamiento por no considerarse compatible con Gamariki y entonces invoca a Gamakichi y Gamatatsu con su brazo totalmente recuperado.

Naruto muestra avances en su entrenamiento. Sin embargo, llega un mensaje a Jiraiya que hace que éste se deba ir. Mientras tanto, el grupo de Kakashi sigue las pistas que ha dejado Guren, pero uno de los subordinados se entera de la presencia de éstos. Naruto se da cuenta que tanto Gamakichi como Gamatatsu no pueden realizar técnicas Suiton.

Kabuto encarga a Guren el cuidado de Y?kimaru, éste enferma en el viaje y Guren debe cuidarlo. Mientras tanto, Shino encuentra una especie de insecto que sobrevivió a los cristales, y se dispone a empollar más. Tsunade ordena a Yamato unirse al equipo de búsqueda de Kakashi junto con Sai y Sakura.

Guren llega con sus subordinados junto con Y?kimaru y le informan de la presencia del equipo de búsqueda. Ella ordena el ataque inmediato. Mientras tanto, Naruto descubre la misión que se le había ocultado y convence a Tsunade que lo deje ir, por lo cual acelera su entrenamiento con Gamakichi y Gamatatsu.

Sakura interrumpe a Naruto en su entrenamiento para que puedan partir. Mientras tanto, los subordinados de Guren atacan al equipo de búsqueda separándolos, en una clara ventaja, se retiran tras descubrir la técnica que preparaba Shino. Ya habiendo analizado las habilidades de los enemigos, Guren se prepara para atacar.

Guren logra encerrar al equipo de búsqueda en una bóveda de cristal. Luego con la ayuda de unas copias ataca y logra capturar a Hinata como rehén en su técnica de cristal. Mientras tanto el equipo de refuerzo llega a la bóveda creada por Guren, sin medios para atravesarla, Naruto decide utilizar su nueva técnica con Gamatatsu.

El equipo de Kakashi llega para ayudar al equipo de Kurenai y recuperar a Hinata. Guren decide retirarse y va al punto de reunión con sus hombres en su base. Después de que Hinata es liberada, Kakashi dice a Sakura y Sai que permanezcan con ella hasta que ella este mejor, así los demás persiguen a sus enemigos. En la base de Guren, Kabuto llega y lleva a todos al lago de antes. Él ata con una correa a Y?kimaru a su máquina y Guren crea cinco pilares cristalinos alrededor de ellos. Cuando la máquina amplifica el chakra de Y?kimaru, la bestia de tres colas comienza a emerger.

Y?kimaru se debilita al no poder contener al Biju, y Guren se dispone a luchar con el Sanbi, mientras Kabuto escapa. Guren ataca con múltiples ataques pero no tienen efecto en la bestia, Mientras tanto Naruto se acerca al lago y ve al Sanbi. Kakashi, Yamato, Shino y Kiba están sumidos en el humo, y los subordinados de Guren se disponen a atacarlos, pero Hinata advierte de esto gracias a su Byuakugan. Mientras tanto, Y?kimaru se coloca el casco y detiene al Biju, y salva a Guren.

Dentro de la Poderosa Niebla, los ninjas de Konoha gestionan una cita con Naruto. Los ninjas refuerzan la guardia cuando se dan cuenta de que la niebla causa ilusiones. Naruto y sus amigos descubren que su enemigo es el poderoso Sanbi, ante esto, Kakashi decide pedir ayuda a la Aldea de Konoha.

Naruto entra en la niebla para buscar a Y?kimaru mientras Guren sigue alerta para proteger a Y?kimaru que se encuentra muy débil sin poder moverse. Cuando ambas partes de encuentran Guren termina muy confundida por las palabras de Naruto.

Los refuerzos de Konoha llegan al equipo de Naruto quien traen consigo una nueva misión: sellar al Sanbi para que no caiga en las manos equivocadas y llevarse a Y?kimaru quien posee un poder extraño que se vincula con el poderoso Sanbi.

Se forman 3 equipos: el equipo que sellará al Sanbi, formado por Hinata, Sakura, Hino y Mitzuki, el equipo de protección: Lee, Ten Ten, y Kiba con Akamaru, y el equipo que peleará con Guren, formado por Kakashi, Naruto, Sai y Shino.

Hinata, Sakura y las demás, logran formar el sello, mientras un miembro de Akatsuki las espía, los insectos de Shino están listos, y ahora son invulnerables al ataque de Guren, mientras Lee, Ten Ten y Kiba con Akamaru logran vencer fácilmente a los esclavos de Orochimaru.

Kabuto planea romper la barrera de sellado de Konoha desde dentro usando el Poder de Y?kimaru para así poder tener al Sanbi bajo control.

Y?kimaru decae y el Sanbi ataca a Guren. Y?kimaru usa su poder para contener al Sanbi, pero agota su chakra y es incapaz de hacerlo. Guren deja su posición y protege Y?kimaru con un escudo de cristal. Naruto sale a buscar a Y?kimaru, pero termina luchando contra el Sanbi con Guren. A pesar de sus esfuerzos para derrotarlo, la bestia los domina, y luego procede a tragarlos. Mientras tanto, Kakashi, Shino, y Sai encuentran a Y?kimaru inconsciente y huyen con él, dejando frustrado a Kabuto.

Guren trata de atacar a Naruto dentro del Sanbi, pero, en su debilitado estado, es incapaz de hacerlo y se desmaya. Mientras tanto, Kakashi le dice a Sakura y a Ino que sanen a Y?kimaru mientras él, Shizune, Kiba, Sai, e Hinata buscan a Naruto. Naruto y Guren pronto encuentran una horda de mini-sanbi que tratan de atacarlos, pero ellos los eluden y comienzan a discutir sobre Y?kimaru. Mientras Y?kimaru despierta, Naruto llama a un montón de clones de sombra para buscar una salida al estómago de la bestia. En otro lugar, Kabuto da Marcas de Maldición a los hombres de Rinji.

Naruto y Guren se ayudan el uno al otro de los hambrientos mini Sanbi cuando el equipo de Rinji ataca al grupo de Lee. Y?kimaru y Kakashi idean un plan para rastrear al Sanbi con el poder del chico y sacar a Naruto y a Guren. Después Naruto y Guren se escapan de una ilusión que hace la niebla, Naruto comienza a comprender las buenas intenciones de Guren. Y?kimaru entonces toca la canción que su madre le enseñó directamente encima donde el Sanbi está sumergido y Kakashi hace una grieta en la barrera de la bestia; Naruto y Guren oyen la melodía y vuelan a su salida.

El Equipo de sellado se dispone a contener el tres colas otra vez, y decide a Sai tomar Yukimaru en algún sitio la caja fuerte, pero él es atacado por los hombres de Kabuto. Rinji los encuentra, pero ellos deciden no trabajar para Orochimaru más. Ellos de repente comienzan a sufrir efectos secundarios de sus poderes, y Rinji les da un antídoto después de la fabricación de ellos promete no traicionarlo. El Equipo de Sellado es atacado por los hombres de Rinji, pero es defendido por Kakashi, Yamato y Shino. Rinji hace a Yukimaru comer más píldoras para controlar al Sanbi.

El Equipo de sellado sigue sellando al Sanbi con la ayuda de Katsuyu mientras que Kakashi, Yamato y Shino derrotan a los hombres de Rinji y se disponen a encontrar a Y?kimaru. Mientras tanto, Naruto y Guren encuentran a Rinji con Y?kimaru, y Rinji le revela que Guren fue la que mató a su madre. Y?kimaru perdona a Guren, sin embargo Rinji trata de atacarla, pero es parado por Naruto. Entonces se revela que Rinji es Kabuto disfrazado, quien amenaza con matar a Naruto si él se mete en su camino.

Kabuto explica que él mató a Rinji, y que Orochimaru quiere al Sanbi para prepararse para la guerra próxima. Él revive el cadáver de Rinji, el cual usa para atacar a Guren y a Y?kimaru. Guren logra aguantar cristalizándose ella misma con Rinji. La profunda pena de Y?kimaru hace que él use su poder en el Sanbi, rompiendo el Jutsu del equipo de sellado. Naruto usa su Jutsu de clones para atacar al Sanbi, forzándolo debajo del agua y parando su rabia. Naruto va a donde se encuentra Y?kimaru y le dice que ellos se irán a casa juntos.

Gozu rescata Guren y Y?kimaru, que ha perdido su capacidad de controlar el tres colas,. Tsunade ordena a los equipos volver a Konoha para reagruparse debido a sus heridas y porque Orochimaru no es capaz de controlar la bestia, y envía ANBUs para mantener el lago. Tobi y Deidara vuelven al lago, y después Deidara mata a los miembros de ANBU, los dos Akatsuki capturan fácilmente al Sanbi.